[Текст] : научное издание / С. В. Новикова, Н. В. Орешкова, В. В. Шаров, В. Л. Семериков, К. В. Крутовский // Сибирский экологический журнал. - 2023. -
Т. 30,
№ 5. - С. 675-691,
DOI 10.15372/SEJ20230509
. - ISSN 0869-8619
Перевод заглавия: GENETIC STRUCTURE AND GEOGRAPHICAL DIFFERENTIATION OF SIBERIAN LARCH (LARIX SIBIRICA LEDEB.) POPULATIONS BASED ON GENOME GENOTYPING BY SEQUENCING
Аннотация: Приведены результаты исследования генетической дифференциации популяций лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) в широтном градиенте климатических условий, полученные на основе генотипирования генома с помощью высокопроизводительного секвенирования геномных районов ДНК, ассоциированных с сайтами рестрикции (ddRADseq). Изучена также корреляция пяти основных климатических переменных с изменчивостью 47 929 генетических маркеров - однонуклеотидных полиморфизмов или “снипов” (от английского SNPs - single nucleotide polymorphisms). Всего изучено 125 деревьев: 61 дерево в четырех популяциях вдоль западной географической трансекты и 64 дерева в четырех популяциях вдоль восточной географической трансекты. Выявлен 21 SNPs с признаками отбора, включая 9 SNPs аутлайеров, чья изменчивость не может быть объяснена селективно-нейтральными процессами, и 12 SNPs, чья изменчивость коррелировала с изменчивостью некоторых климатических факторов. Семь SNPs расположены в интронах митохондриальных генов, три расположены вблизи митохондриальных генов, кодирующих NAD2 и рибосомальные белки S7 и S11, один на отдалении от ядерного гена, кодирующего белок, гомологичный связанному с микротрубочками futsch-подобному белку Arabidopsis thaliana, два в белковых генах неизвестной природы и три в контигах, не содержащих гены, и для которых не найдены гомологичные последовательности в NCBI GenBank.
The genetic differentiation of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) populations in the latitudinal gradient of climatic conditions was studied based on high-throughput double digest restriction-site associated DNA sequencing (ddRADseq) data. We studied the correlation of five main climatic variables with the variability of 47,929 single nucleotide polymorphisms (SNPs). A total of 125 trees were studied: 61 trees in four populations along the western geographic transect and 64 trees in four populations along the eastern geographic transect. 21 SNPs with signatures of selection were identified, including 9 outlier SNPs whose variability cannot be explained by selectively neutral processes, and 12 SNPs whose variability correlated with the environmental factors. Seven SNPs are located in the introns of mitochondrial genes, three are located relatively close to the mitochondrial genes encoding NAD2 and ribosomal proteins S7 and S11, one is located at a distance from the nuclear gene encoding a protein homologous to the microtubule-associated futsch-like protein of Arabidopsis thaliana, two in the protein genes of an unknown nature and three in contigs containing no genes, and for which no homologous sequences were found in the NCBI GenBank.
РИНЦ Держатели документа: ИЛ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, 50, стр. 28
Доп.точки доступа: Орешкова, Наталья Викторовна; Шаров, В.В.; Семериков, В.Л.; Semerikov V.L.; Крутовский, Константин Валерьевич; Krutovsky, Konstantin V.
