Труды сотрудников ИЛ им. В.Н. Сукачева СО РАН

: материалы временных коллективов / А. Н. Кравченко, А. К. Экарт, А. Я. Ларионова // Хвойные бореальной зоны. - 2012. - Т.30, №1-2. - С. 97-101. - Библиогр. в конце ст.
Аннотация: Проведено исследование генетической изменчивости, структуры и степени дифференциации популяций ели сибирской из Бурятии и Монголии. Установлено, что монгольская популяция ели характеризуется крайне низким для вида уровнем генетического разнообразия и существенно отличается по генетической структуре как от популяций из близкой ей географически Бурятии, так и от популяций из других районов Сибири, изученных по идентичному набору изоферментных локусов. Популяции из разных районов Бурятии дифференцированы в гораздо меньшей степени. Самыми близкими по генетической структуре оказались популяции из Северобайкальского и Кабанского районов Бурятии. Обнаружено, что бурятские популяции имеют более низкие в среднем показатели генетической изменчивости по сравнению с популяциями, расположенными на территории Средней Сибири.

Полный текст

Держатели документа:
Институт леса им. В.Н. Сукачева Сибирского отделения Российской академии наук : 660036, Красноярск, Академгородок, 50/28

Доп.точки доступа:
Экарт, Александр Карлович; Ekart, Alexandr Karlovich; Ларионова, Альбина Яковлевна; Larionova, Al''bina Yakovlevna; Kravchenko, Anna Nikolayevna

: материалы временных коллективов / Т. Н. Орешкова, М. М. Белоконь, С. Жамъянсурен // Хвойные бореальной зоны. - 2012. - Т.30, №1-2. - С. 145-151. - Библиогр. в конце ст.
Аннотация: Генетическая изменчивость ядерных микросателлитных маркеров изучалась в 2 популяциях лиственницы Гмелина и 4 популяциях лиственницы камчатской. 180 особей двух видов генотипировали по 7 полиморфным микросателлитным локусам. Проведенный генетический анализ показал, уровень генетического разнообразия лиственницы Гмелина из Монголии более высокий, по сравнению с камчатскими выборками. Дифференциация изученных популяций по ядерным микросателлитным маркерам составляет 7%, обнаружена слабая достоверная корреляция генетических дистанций с географическими расстояниями между популяциями двух видов (r=0,909, P=0,04).

Держатели документа:
Институт леса им. В.Н. Сукачева Сибирского отделения Российской академии наук : 660036, Красноярск, Академгородок, 50/28

Доп.точки доступа:
Белоконь, М.М.; Belokon' M.M.; Жамъянсурен, С.

[Текст] : материалы временных коллективов / А. К. Экарт [и др.] // Сибирский экологический журнал. - 2014. - Т. 21, № 1. - С. 69-78. - Библиогр. в конце ст.
Аннотация: В статье представлены результаты исследования генетического разнообразия, структуры и степени дифференциации островных популяций сосны обыкновенной (Pinus sylvestris L.),произрастающей на территории Южной Сибири (юг Красноярского края, республики Хакасия, Тыва, Бурятия) и в северо-восточной части Монголии, полученные на основании анализа 20 изоэнзимных локусов.

ИНФОРМАЦИЯ О ПУБЛИКАЦИИ

Держатели документа:
Институт леса им. В.Н. Сукачева СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок 50/28

Доп.точки доступа:
Экарт, Александр Карлович; Ekart, Alexandr Karlovich; Ларионова, Альбина Яковлевна; Larionova, Al''bina Yakovlevna; Зацепина, К.Г.; Zatsepina K.G.; Кравченко, Анна Николаевна; Kravchenko, Anna Nikolayevna; Жамъянсурен, С.; Тихонова, Ирина Васильевна; Tikhonova Irina Vasil'yevna; Тараканов, Вячеслав Вениаминович; Tarakanov Vyacheslav Venniaminovich

[Текст] : материалы временных коллективов / А. К. Экарт [и др.] // Сибирский лесной журнал. - 2014. - № 4. - С. 84–91. - Библиогр. в конце ст.

Полный текст

Держатели документа:
Институт леса имени В.Н. Сукачева СО РАН : 660036, г.Красноярск, Академгородок №50, стр.28

Доп.точки доступа:
Экарт, Александр Карлович; Ekart, Alexandr Karlovich; Семерикова, С. А.; Semerikov S. A.; Семериков, В. Л.; Semerikov V.L.; Кравченко, Анна Николаевна; Kravchenko, Anna Nikolayevna; Дымшакова, О. С.; Dymshakova, O. S.; Ларионова, Альбина Яковлевна; Larionova, Al''bina Yakovlevna

[Текст] : материалы временных коллективов / И. В. Тихонова [и др.] // Сибирский лесной журнал. - 2014. - № 4. - С. 99–109. - Библиогр. в конце ст.

Полный текст

Держатели документа:
Институт леса имени В.Н. Сукачева СО РАН : 660036, г.Красноярск, Академгородок №50, стр.28

Доп.точки доступа:
Тихонова, Ирина Васильевна; Tikhonova Irina Vasil'yevna; Семериков, В. Л.; Semerikov V.L.; Семерикова, С. А.; Semerikov S. A.; Дымшакова, О. С.; Dymshakova, O. S.; Зацепина, К. Г.; Zatsepina K.G.

[Текст] : статья / Н. В. Орешкова [и др.] // Генетика. - 2019. - Т. 55, № 4. - С. 418-425, DOI 10.1134/S001667581904009X . - ISSN 0016-6758
   Перевод заглавия: Development of Nuclear Microsatellite Markers with Long (Tri-, Tetra-, Penta-and Hexanucleotide) Motifs for Three Larch Species Based on the de novoWhole Genome Sequencing of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.)

УДК

575.113

582.475.4

Аннотация: Лиственница сибирская Larix sibirica Ledeb. является одной из преобладающих бореальных пород в Евразии и имеет высокую экономическую и экологическую ценность. Однако, несмотря на это, разработка и использование микросателлитных маркеров для ее исследования остаются недостаточными. Микросателлитные маркеры уже долгое время являются признанным инструментом для оценки популяционной изменчивости и структуры видов. В настоящей работе был проведен поиск простых три-, тетра-, пента- и гексануклеотидных тандемных повторов в геномной референсной de novo сборке лиственницы сибирской, локусы которой легко генотипируются даже путем простого гель-электрофореза. Всего было найдено более тысячи предположительных микросателлитных локусов. На основе этих данных были разработаны и проверены 60 пар олигонуклеотидных ПЦР праймеров. По итогам тестирования праймеров на образцах ДНК из трех видов лиственницы (L. sibirica Ledeb., L. gmelinii (Rupr.) Rupr. и L. cajanderi Mayr.) были отобраны 14 наиболее перспективных полиморфных локусов, которые могут успешно применяться для изучения и идентификации не только лиственницы сибирской, но также лиственниц Гмелина и Каяндера.
Siberian larch Larix sibirica Ledeb. is one of the major boreal tree species in Eurasia and has a considerable economic and ecological value. Despite that importance, the development and use of microsatellite markers in this species remain limited. Microsatellite markers are considered to be a valuable tool for estimation of population diversity and structure. Availability of draft reference assembly of the Siberian larch genome allowed us to identify 1015 microsatellite loci or simple sequence repeats (SSRs) with tri-, tetra-, penta- and hexa-nucleotide motifs. For 60 of them PCR primers were designed and tested for amplification in L. sibirica and for their cross-genus transferability to L. gmelinii (Rupr.) Rupr. and L. cajanderi Mayr. Here we present a set of 14 reliable and polymorphic nuclear SSR markers that can be used for further population genetic studies, breeding programs and timber origin identification.

РИНЦ

Держатели документа:
Геттингенский университет им. Георга-Августа
Институт леса им. В.Н. Сукачева Сибирского отделения Российской академии наук : 660036, Красноярск, Академгородок, 50, стр. 28
Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук
Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета
Техасский АМ университет, Колледж Стейшн

Доп.точки доступа:
Орешкова, Наталья Викторовна; Бондар, Е.И.; Bondar E.I.; Путинцева, Ю.А.; Putintseva Yu. A.; Шаров, В.В.; Sharov V.V.; Кузьмин, Д.А.; Kuzmin D.A.; Крутовский, К.В.; Krutovsky K.V.

[Текст] : статья / Наталья Викторовна Орешкова, Тамара Станиславовна Седельникова, Станислав Петрович Ефремов, Александр Владимирович Пименов // Сибирский экологический журнал. - 2020. - Т. 27, № 6. - С. 677-688 . - ISSN 0869-8619

УДК

575.174.015.3

582.475.2

Аннотация: Исследован полиморфизм ДНК семи ценопопуляций сосны сибирской кедровой (Pinus sibirica Du Tour), произрастающих в характерном для горно-таежных кедровников регионе - северо-восточной части Кузнецкого Алатау. По 11 ядерным микросателлитным локусам выявлено 44 аллельных варианта, существенно отличающихся у изученных ценопопуляций по составу и частотам встречаемости. Самый высокий уровень аллельного разнообразия имеют локусы Ps _80612, Ps _1502048, в которых выявлено 8 и 7 аллелей соответственно. Расчет основных параметров генетического разнообразия показал в целом сравнительно невысокий уровень полиморфизма исследованных выборок ( NA = 3,078; NE = 1,877; HE = 0,445; HO = 0,401). Анализ степени подразделенности ценопопуляций выявил, что внутри популяций сосредоточено около 95 % всего генетического разнообразия, тогда как на межпопуляционную составляющую приходится всего около 5 % (F ST = 0,049). Диагностированные различия в уровне генетического полиморфизма P. sibirica определяются: наличием между ценопопуляциями орографических и фитоценотических барьеров, обусловливающих направления векторов распространения семян вдоль водотоков бассейнов рек, формирующих р. Чулым в восточном секторе Кузнецкого Алатау и р. Томь - в западном; значительным уровнем биоклиматической и экологической экстремальности местопроизрастаний ценопопуляций в соответствии с высотой над уровнем моря; антропогенной нагрузкой, включающей периодические рубки и рекреационное воздействие на расположенные вблизи населенных пунктов ценопопуляции. Данные факторы, имеющие выраженную микроэволюционную составляющую, детерминируют адаптивные тренды ценопопуляций P. sibirica, морфологическое своеобразие и репродуктивный потенциал деревьев и, в конечном счете, контролируют их генетический полиморфизм в исследованной части Кузнецкого Алатау.
The DNA polymorphism of 7 coenopopulations of Siberian stone pine ( Pinus sibirica Du Tour), growing in the region which is typical for mountain taiga pine forests - the north-eastern part of the Kuznetsk Alatau, was studied. According to the data of 11 nuclear microsatellite loci, 44 allelic variants, which significantly differed between the studied cenopopulations in composition and frequency of occurrence were identified. The highest level of allelic diversity is found in the Ps_80612, Ps_1502048 loci, in which 8 and 7 alleles were detected, respectively. The calculation of the main parameters of genetic diversity showed, on the whole, a relatively low level of polymorphism of the studied samples ( NA = 3,078; NE = 1,877; HE = 0,445; HO = 0,401). An analysis of the degree of subdivision of cenopopulations revealed that about 95 % of the total genetic diversity is concentrated within populations, while the interpopulation component accounts for only about 5 % ( FST = 0,049). The diagnosed differences in the level of P. sibirica genetic polymorphism are determined by several factors: the presence of orographic and phytocenotic barriers between the coenopopulations which defined the directions of seed propagation vectors along the watercourses of river basins that formed the Chulym river in the eastern sector of the Kuznetsk Alatau and Tom river in the western sector; a significant level of bioclimatic and environmental extremeness of habitats of coenopopulations in accordance with the height above sea level; anthropogenic pressure, including periodic deforestation and recreational impact on coenopopulations located near settlements. These factors, which have a significant microevolutionary component, determine the adaptation trends of cenopopulations of P. sibirica , morphological singularities and reproductive potential of trees and, ultimately, control their genetic polymorphism in the studied part of the Kuznetsk Alatau

РИНЦ

Держатели документа:
Институт леса им. В. Н. Сукачева СО РАН
Сибирский федеральный университет
ФИЦ КНЦ СО РАН

Доп.точки доступа:
Орешкова, Наталья Викторовна; Седельникова, Тамара Станиславовна; Ефремов, Станислав Петрович; Пименов, Александр Владимирович

/ И. В. Тихонова, А. К. Экарт, А. Н. Кравченко, Н. А. Тихонова // Генетика. - 2021. - Т. 57, № 3. - С. 296-310, DOI 10.31857/S0016675821030139 . - ISSN 0016-6758

УДК	630*46:575.174.015.3:582.47

Аннотация: Исследована изменчивость полиморфных ферментных локусов у 1180 особей подроста в четырех популяциях Pinus sylvestris L., Picea obovata Ledeb. и Abies sibirica Ledeb., произрастающих в условиях южной тайги Средней Сибири, на участках, пройденных рубками разной интенсивности, и в контроле (в том числе, в 15 выборках сосны обыкновенной, 13 выборках ели сибирской и 16 выборках пихты сибирской). Результаты сравнительного анализа данных подтверждают существенное сокращение генетического разнообразия у молодого поколения деревьев трех хвойных видов на месте сплошных широколесосечных и выборочных вырубок высокой интенсивности (на 8–30% – по числу аллелей и уровню полиморфности, на 14–75% – по числу редких аллелей). Отмечено, что генофонды популяций темнохвойных видов более чувствительны к антропогенным воздействиям по сравнению со светлохвойным (сосной обыкновенной). Особенности генетической изменчивости изоферментов в популяциях пихты сибирской свидетельствуют о значительной утрате видом внутривидового аллельного разнообразия ферментных локусов, что требует особого подхода к анализу влияния лесопользования на популяции данного вида и сохранению его генетического разнообразия. Из использованных показателей генетической изменчивости наиболее информативны для целей генетического мониторинга хвойных лесов редкие аллели полиморфных локусов в целом и особенно аллели низкополиморфных локусов
We studied the variability of polymorphic isozyme loci in 1180 individuals of undergrowth in 4 populations of Scots pine (Pinus sylvestris L.), Siberian spruce (Picea obovata Ledeb.) and Siberian fir (Abies sibirica Ledeb.), growing in the southern taiga of Central Siberia, on the sites passed by logging of different intensities and in the control. In total, 15 samples of Scots pine, 13 samples of Siberian spruce, and 16 samples of Siberian fir were studied within the populations. A comparative analysis of the data confirms a significant reduction in genetic diversity of young generation of trees of three coniferous species (by 8-30% in the number of alleles and the level of polymorphism of loci, by 14-75% in the number of rare alleles) in the place of clear large-scale cuttings and selective cuttings of high intensity. It was noted that the gene pools of populations of dark coniferous species are more sensitive to anthropogenic impacts compared with light coniferous (Scots pine). Features of the genetic variation of allozymes in Siberian fir populations indicate a significant loss by the species of the intraspecific allelic diversity of the enzyme loci, therefore it is necessary to use another markers and approach to the analysis of the impact of forest management on the population of this species as well as greater care for the conservation of its genetic diversity. Of the used indicators of genetic variation the most informative for the genetic monitoring of coniferous forests are rare alleles of polymorphic loci in general, and especially rare alleles of loci characterized by a low level of polymorphism. Of the used indicators of genetic variability, the most informative for the purposes of genetic monitoring of coniferous forests are rare alleles of polymorphic loci in general, and especially alleles of low polymorphic loci

Держатели документа:
ИЛ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, 50, стр. 28

Доп.точки доступа:
Тихонова, Ирина Васильевна; Tikhonova Irina Vasil'yevna; Экарт, Александр Карлович; Ekart, Alexandr Karlovich; Кравченко, Анна Николаевна; Kravchenko, Anna Nikolayevna; Тихонова, Наталья Александровна; Tikhonova Natal'ya Alexandrovna

[Текст] : научное издание / И. В. Тихонова, А. К. Экарт, А. Н. Кравченко, К. Г. Хомутова, Н. А. Тихонова // Сибирский экологический журнал. - 2023. - Т. 30, № 5. - С. 613-625, DOI 10.15372/SEJ20230504 . - ISSN 0869-8619

ГРНТИ

68.47.03

Аннотация: Представлены результаты анализа ядерных микросателлитных локусов (nSSR) для изучения генетического разнообразия естественных популяций сосны обыкновенной (Pinus sylvestris L.) в южной тайге и лесостепи Средней и Западной Сибири, подверженных влиянию пожаров и рубок разной интенсивности. Отобрано шесть полиморфных локусов, пригодных для изучения генетической изменчивости популяций вида в Сибири. Используемый нами набор генетических маркеров в сибирской части ареала вида ранее не исследовался. Проведены популяционно-генетические исследования 13 сибирских популяций сосны обыкновенной (26 выборок) на основе отобранных nSSR-маркеров (psyl57, PtTx2146, lw_isotig04195, lw_isotig04306. lw_isotig10603, lw_isotig21953), содержащих в сумме 62 аллеля, 15 из них встречались только в какой-либо одной (двух) популяции, и могут быть использованы для изучения пространственно-популяционной структуры вида и определения географических границ популяций. Установлено, что их изменчивость существенно выше по сравнению с изоферментными маркерами, они содержат значительное число редких и очень редких аллелей и достаточно информативны для целей генетического мониторинга и оценки влияния лесохозяйственной деятельности и других естественных и антропогенных повреждающих факторов на внутрипопуляционное генетическое разнообразие и устойчивость одного из основных лесообразующих хвойных видов Сибири. При анализе сходства популяций вида по исследуемым маркерам выявлена определенная связь между генетической дифференциацией популяций и их географическим положением, часто не обнаруживаемая при использовании изоферментных маркеров.
The results of the analysis of nuclear microsatellite loci (nSSR) for studying the genetic diversity of natural populations of Scots pine (Pinus sylvestris L.) in the southern taiga and forest-steppe of Middle and Western Siberia, affected by fires and logging of different intensity, are presented. Six polymorphic loci suitable for studying the genetic variability of the populations of the species in Siberia were selected. The set of genetic markers used by us has not been studied yet in the Siberian part of the species range. Population genetic studies were carried out in 13 Siberian populations of Scots pine (26 samples) based on selected nSSR markers (psyl57, PtTx2146, lw_isotig04195, lw_isotig04306, lw_isotig10603, lw_isotig21953), containing a total of 62 alleles. 15 of them were found only in any one (two) of the populations, and can be used to study the spatial and population structure of the species and determine the geographical boundaries of the populations. It has been established that their variability is significantly higher compared to isoenzyme markers, they contain a significant number of rare and very rare alleles and are quite informative for the purposes of genetic monitoring and assessment of the impact of forestry activities and other natural and anthropogenic damaging factors on intrapopulation genetic diversity and the sustainability of one of the main forest-forming coniferous species of Siberia. In the process of analyzing the similarity of populations of the species according to the studied markers, a certain relationship was revealed between the genetic differentiation of populations and their geographical location, which is often not detected when using isoenzyme markers.

РИНЦ

Держатели документа:
ИЛ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, 50, стр. 28

Доп.точки доступа:
Экарт, Александр Карлович; Ekart, Alexandr Karlovich; Кравченко, Анна Николаевна; Kravchenko, Anna Nikolayevna; Хомутова, К.Г.; Тихонова, Наталья Александровна; Tikhonova Natal'ya Alexandrovna; Tikhonova Irina Vasil'yevna