Труды сотрудников ИЛ им. В.Н. Сукачева СО РАН

[Текст] / К. В. Крутовский [и др.] // Сибирский лесной журнал. - 2014. - № 4. - С. 79–83. - Библиогр. в конце ст.

Полный текст

Держатели документа:
Институт леса имени В.Н. Сукачева СО РАН : 660036, г.Красноярск, Академгородок №50, стр.28

Доп.точки доступа:
Крутовский, Константин Валерьевич; Krutovsky, Konstantin V. ; Орешкова, Наталья Викторовна; Путинцева, Юлия; Ибе, Алексей Александрович; Ibe Aleksey Alexandrovich; Дейч, Ксения Олеговна; Deych K.O.; Шилкина, Е. А.; Shilkina Ye.A.

[Текст] : статья / Н. В. Орешкова [и др.] // Генетика. - 2019. - Т. 55, № 4. - С. 418-425, DOI 10.1134/S001667581904009X . - ISSN 0016-6758
   Перевод заглавия: Development of Nuclear Microsatellite Markers with Long (Tri-, Tetra-, Penta-and Hexanucleotide) Motifs for Three Larch Species Based on the de novoWhole Genome Sequencing of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.)

УДК

575.113

582.475.4

Аннотация: Лиственница сибирская Larix sibirica Ledeb. является одной из преобладающих бореальных пород в Евразии и имеет высокую экономическую и экологическую ценность. Однако, несмотря на это, разработка и использование микросателлитных маркеров для ее исследования остаются недостаточными. Микросателлитные маркеры уже долгое время являются признанным инструментом для оценки популяционной изменчивости и структуры видов. В настоящей работе был проведен поиск простых три-, тетра-, пента- и гексануклеотидных тандемных повторов в геномной референсной de novo сборке лиственницы сибирской, локусы которой легко генотипируются даже путем простого гель-электрофореза. Всего было найдено более тысячи предположительных микросателлитных локусов. На основе этих данных были разработаны и проверены 60 пар олигонуклеотидных ПЦР праймеров. По итогам тестирования праймеров на образцах ДНК из трех видов лиственницы (L. sibirica Ledeb., L. gmelinii (Rupr.) Rupr. и L. cajanderi Mayr.) были отобраны 14 наиболее перспективных полиморфных локусов, которые могут успешно применяться для изучения и идентификации не только лиственницы сибирской, но также лиственниц Гмелина и Каяндера.
Siberian larch Larix sibirica Ledeb. is one of the major boreal tree species in Eurasia and has a considerable economic and ecological value. Despite that importance, the development and use of microsatellite markers in this species remain limited. Microsatellite markers are considered to be a valuable tool for estimation of population diversity and structure. Availability of draft reference assembly of the Siberian larch genome allowed us to identify 1015 microsatellite loci or simple sequence repeats (SSRs) with tri-, tetra-, penta- and hexa-nucleotide motifs. For 60 of them PCR primers were designed and tested for amplification in L. sibirica and for their cross-genus transferability to L. gmelinii (Rupr.) Rupr. and L. cajanderi Mayr. Here we present a set of 14 reliable and polymorphic nuclear SSR markers that can be used for further population genetic studies, breeding programs and timber origin identification.

РИНЦ

Держатели документа:
Геттингенский университет им. Георга-Августа
Институт леса им. В.Н. Сукачева Сибирского отделения Российской академии наук : 660036, Красноярск, Академгородок, 50, стр. 28
Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук
Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета
Техасский АМ университет, Колледж Стейшн

Доп.точки доступа:
Орешкова, Наталья Викторовна; Бондар, Е.И.; Bondar E.I.; Путинцева, Ю.А.; Putintseva Yu. A.; Шаров, В.В.; Sharov V.V.; Кузьмин, Д.А.; Kuzmin D.A.; Крутовский, К.В.; Krutovsky K.V.

[Текст] : материалы временных коллективов / Е. Н. Муратова // Сибирский лесной журнал. - 2019. - № : 4. - С. 49-62. - Библиогр. в конце ст. . - ISSN 2311-1410
Аннотация: Сделан обзор основных плодовых древесных и древовидных растений тропической зоны. Дана их характеристика, рассмотрены биологические особенности, приведены данные о местах их происхождения, о регионах, где они культивируются. Представлена информация о результатах кариологических исследований этих видов, использовании методов молекулярной цитогенетики, сравнительной геномики и транскриптомики для некоторых из них. В тропических странах выращиваются такие культуры, как манго индийское - один из самых вкусных и популярных фруктов, хлебное дерево, индийское хлебное дерево (джекфрут), дынное дерево (папайя), сырное дерево (моринда цитрусолистная), томатное дерево (тамарилло), огуречное дерево (билимби), широко употребляемые в пищу. Приведена информация по таким интересным плодовым растениям, как дуриан, мангостин, питахайя, лонган, личи, рамбутан, пулазан, канистель, аки и др. Проведен обзор видов плодовых растений родов Annona , Psidium, Syzygium, Averrhoa, Ziziphus, Passiflora. Огромное значение в плодоводстве тропиков и субтропиков имеют разные виды цитрусовых и сорта бананов. Установлено, что среди тропических плодовых древесных и древовидных растений имеются ди-, три- и тетраплоиды, в кариотипах некоторых видов встречаются В-хромосомы. Многие тропические плодовые являются полиплоидными (манго, хлебное дерево, джекфрут, виды родов Psidium, Syzygium и Ziziphus ). Некоторые виды, возможно, древние полиплоиды, об этом свидетельствуют результаты секвенирования их геномов. У ряда тропических плодовых древесных растений наблюдаются явления каули- и рамифлории (джекфрут, чемпедак, папайя, дуриан), когда цветы и затем плоды образуются на стволе и крупных ветвях. Некоторые виды размножаются вегетативным путем. У рассматриваемых плодовых, как и у многих других растений, широко распространена гибридизация (мангостин, виды родов Citrus, Annona, Hylocereus, Musa ), встречается полиэмбриония

https://elibrary.ru/item.asp?id=40881972
: 660036, Красноярск, Академгородок, 50, стр. 28

Доп.точки доступа:
Муратова, Елена Николаевна; Muratova, Elena Nikolayevna