Перевод заглавия: Spatial structure of genomes of cyanobacteria
| УДК |
Кл.слова (ненормированные):
геном -- триплет -- частота -- структура данных -- genom -- triplet -- frequency -- data pattern
Аннотация: Представлены результаты, полученные при изучении пространственной структуры геномов цианобактерий. В качестве структуры в нашей работе понимается расположение в пространстве частот триплетов точек, соответствующих выделенным участкам генома цианобактерий. Для каждого участка длины ? со сдвигом t вычислялся частотный словарь троек символов без пересечений. Частоты рассматривались как координаты в 64-мерном пространстве. Таким образом, каждому участку генома сопоставлялась точка в пространстве частот. Было проанализировано 7 геномов цианобактерий, размещенных в EMBL-банке. Одна координата (с минимальным стандартным отклонением) отбрасывалась и в дальнейшем рассматривалось 63-мерное пространство частот. Для визуализации полученного множества точек была использована программа VidaExpert. С ее помощью для каждого генома были построены проекции в пространство первых трёх главных компонент из 63-мерного пространства частот. Мы обнаружили, что геномы цианобактерий обладают одинаковой структурой, представляющей собой своеобразный клубок из нитей. Причем нити образованы точками, соответствующими последовательным участкам генома.
The results obtained in the study of the structure of the genomes of cyanobacteria are presented. By structure in our work is meant the location in space of triplet frequencies of points corresponding to fragments of the genome of cyanobacteria. For each length-shifted fragments, a frequency dictionary of symbol triples without intersections was computed. Frequencies were considered as coordinates in a 64-dimensional space. Thus, each point of the genome was compared with a point in the frequency space. Seven genomes of cyanobacteria located in the EMBL-bank were analyzed. One coordinate (with a minimal standard deviation) was discarded and a 63-dimensional frequency space was subsequently considered. For each genome in space of frequencies by means of program VidaExpert projections from 63-dimensional space in space of first three main components have been constructed. This allowed us to visualize the structure of genomes. It was found that the genomes of cyanobacteria have the same structure, which is a kind of tangle of filaments. And the threads are formed by points corresponding to consecutive fragments of the genome.
РИНЦ
Держатели документа:
ФГАОУ «Сибирский федеральный университет», институт фундаментальной биологии и биотехнологии
ФГБУН «Федеральный исследовательский центр “Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук”» - обособленное подразделение «Институт вычислительного моделирования» Сибирского отделения Российской академии наук»
Доп.точки доступа:
Сенашова, М.Ю.; Senashova M.Yu.; Садовский, М.Г.; Sadovskiy M.G.