Труды сотрудников ИВМ СО РАН

[Текст] : статья / В.М. Садовский, О.В. Садовская, М.П. Варыгина // РЭНСИТ. - 2013. - Т. 5, № 1. - С. 111-118
Аннотация: В рамках математической модели блочной среды с упругими блоками, взаимодействующими через податливые вязкоупругие прослойки, и ее приближения на основе уравнений моментного континуума Коссера численно решается задача о периодическом возмущении слоя и полубесконечного массива среды под действием распределенных и локализованных поверхностных нагрузок. Применяются параллельные алгоритмы для многопроцессорных вычислительных систем кластерной архитектуры и для систем с графическими ускорителями. Используются простые формулы для определения коэффициентов упругости моментного континуума по заданным характеристикам материала блоков и межблочных прослоек, которые дают хорошее соответствие волновых полей, полученных в рамках точной и приближенной моделей. В результате анализа численных решений установлено, что многоблочная среда обладает резонансной частотой вращательного движения блоков, которая не зависит от размеров массива и граничных условий на его поверхности и является, таким образом, феноменологическим параметром материала.

Полный текст

Держатели документа:
ИВМ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, 50, стр.44

Доп.точки доступа:
Садовская, Оксана Викторовна; Sadovskaya O.V.; Варыгина, Мария Петровна; Varygina M.P.; Sadovskii V.M.

[Текст] : статья / Е. Ю. Бушмелев, Е. М. Миркес, М. Г. Садовский // Журнал СФУ. Математика и физика = Journal of Siberian Federal University. Mathematics & Physics. - 2012. - Т. 5, № 4. - С. 507-514
Аннотация: В работе рассмотрена проблема поиска и выделения структур в символьных последовательностях на примере генетических текстов. Показано существование нестрогой периодичности и асимметрии в распределении слов различной длины вдоль по последовательности, обсуждены возможные механизмы формирования такого рода структур.

Полный текст

Держатели документа:
ИВМ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, 50, стр.44

Доп.точки доступа:
Миркес, Е.М.; Садовский, Михаил Георгиевич; Sadovskii M.G.

[Текст] : статья / В. М. Садовский, Е. П. Ченцов // Вычислительные методы и программирование: новые вычислительные технологии. - 2015. - Т. 16, № 2. - С. 318-327 . - ISSN 1726-3522
   Перевод заглавия: Analysis of resonant excitation of layered and block media on the basis of discrete models

УДК

519.63

539.37

Аннотация: В рамках дискретных моделей исследуются резонансные процессы в структурно неоднородных материалах со слоистой и блочной микроструктурой. Вычислены собственные частоты продольного движения частиц в линейной моноатомной цепочке, имитирующей слоистую среду, с различными типами граничных условий. Для анализа поведения цепочки в окрестности резонансных частот построены спектральные портреты матриц. Показано, что при предельном переходе от модели моноатомной цепочки с упругими связями, учитывающей сопротивление вращению частиц, к модели моментного континуума выделяется характерная резонансная частота вращательного движения, не зависящая от длины цепочки.
Resonant processes in structurally inhomogeneous materials of layered and block microstructure are studied in the framework of discrete models. Natural frequencies of longitudinal motion in a linear monato\-mic chain modeling a layered medium are determined for various boundary conditions. In order to analyze the behavior of the chain near resonant frequencies, the spectral portraits of the corresponding matrices are specified. It is shown that a special resonant frequency of rotational motion is observed when passing to the limit from a model of a monatomic chain with elastic connections to a moment continuum model. The particle rotation resistance is taken into account in this passage to the limit. This special resonant frequency does not depend on the chain length.

РИНЦ

Держатели документа:
Институт вычислительного моделирования СО РАН

Доп.точки доступа:
Ченцов, Евгений Петрович; Sadovskii V.M.

[Текст] : статья / Е. П. Ченцов, В. М. Садовский // Численные методы решения задач теории упругости и пластичности : материалы XXIV Всероссийской конференции. - Омск, 2015. - С. 207-210 . - ISBN 978-5-8149-2019-5

УДК

539.37

Аннотация: В рамках дискретных и непрерывных моделей исследуются резонансные процессы в структурно неоднородных материалах со слоистой и блочной микроструктурой. Вычислены собственные частоты продольного и вращательно-поперечного движения частиц в линейной моноатомной цепочке, имитирующей слоистую среду, с различными типами граничных условий. Показано, что при предельном переходе от модели моноатомной цепочки с упругими связями, учитывающей сопротивление вращению частиц, к модели моментного континуума выделяется характерная резонансная частота вращательного движения, не зависящая от длины цепочки.

РИНЦ

Держатели документа:
Институт вычислительного моделирования СО РАН

Доп.точки доступа:
Садовский, Владимир Михайлович; Sadovskii V.M.; Численные методы решения задач теории упругости и пластичности (2015 ; 02.06 - 04.06 ; Омск)

[Текст] : статья / Михаил Георгиевич Садовский, Анна Игоревна Чернышова // Образовательные ресурсы и технологии. - 2016. - № 2. - С. 250-253 . - ISSN 2312-5500
   Перевод заглавия: Towards the correspondence between structure of pine chloroplast genomes and their phylogeny

УДК

519.95

Аннотация: В работе представлены предварительные результаты по изучению связи между структурой и таксономией геномов хвойных хлоропластов, полученные методом динамических ядер. Данная связь была выявлена. Показаны особенности применяемых методов, а также представлены выводы по полученным результатам
Some results are presented exploring the problem of the relation between the phylogeny of various species and taxa, and the structure of corresponding DNA sequences. The features of the methods used are shown in this work. And also presents conclusions on the results obtained

РИНЦ

Держатели документа:
Институт вычислительного моделирования СО РАН
Сибирский федеральный университет, ИФБиБТ

Доп.точки доступа:
Чернышова, Анна Игоревна; Chernyshova Anna Igorevna; Sadovskii M.G.

[Текст] : научное издание / М. Ю. Сенашова, М. Г. Садовский // Международный журнал прикладных и фундаментальных исследований. - 2016. - № 12-7. - С. 1167-1173 . - ISSN 1996-3955
   Перевод заглавия: 7-cluster pattern of chloroplast genomes correlates to phylogeny of their bearers

УДК

573.22

575.89

Аннотация: Представлены предварительные результаты исследования структуры геномов хлоропластов. Под структурой понимается кластеризация точек, соответствующих отдельным фрагментам генома хлоропласта (длиной порядка 200 нуклеотидов) в пространстве частот триплетов; частоты триплетов подсчитывались с пересечением, так, что каждый нуклеотид давал старт триплету. Было проанализировано 188 геномов хлоропластов растений самых разных таксономических уровней. Геном хлоропластов преобразовывался в частотные словари триплетов. Затем для каждого генома в 63-мерном пространстве этих частот при помощи программы VidaExpert были построены проекции данных, соответствующих выделяемым фрагментам генома, в пространстве первых трёх главных компонент. Было обнаружено, что подавляющее большинство геномов в пространстве первых трёх главных компонент имеет очень похожую пространственную структуру. Кроме того, для геномов вычислялся CG-контент, который является ведущим параметром классификации семикластерных структур геномов бактерий; ожидалось, что хлоропласты, ведущие своё происхождение от бактерий, будут также подчиняться этому правилу. Было установлено, что для хлоропластов данный параметр не является ведущим в классификации структур, наблюдаемых при анализе главных компонент распределения фрагментов геномов в пространстве частот триплетов.
Some preliminary results on the chloroplast genomes structure are provided. Structure here is an order observed within a set of points in 63-dimenstional metric space, where each point is the frequency dictionary of a fragment of a chromosome of the length app. 200 nucleotides; the fragments are identified with a step in 10 nucleotides. Frequency dictionary contains all triplets (with on exception), and the triplets have been counted so that these latter intersected, and each nucleotide gives a start for a triplet. Thus, about 15 000 fragments were identified, and converted into the points. The triplet yielding the least standard deviation over the set of the points has been eliminated. 188 chloroplast genomes of plants of various taxonomy were analyzed. Cluster stricture of the set of the points was elaborated with ViDaExpert software. It was found the genomes exhibit rather similar seven-cluster structure, especially apparent in principal component space; alongside the clusterisation, GC-content has been counted, for each genome, since it is suspected to be the key factor in pattern regulation. Unlike for bacterial genomes, GC-content was not found to be the key factor.

РИНЦ

Держатели документа:
ФГБУН «Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук»» — обособленное подразделение «Институт вычислительного моделирования Сибирского отделения Российской академии наук»

Доп.точки доступа:
Сенашова, М. Ю.; Senashova M. Yu.; Садовский, М. Г.; Sadovskiy M. G.

[Текст] : научное издание / Евгений Владимирович Бодякин, Константин Васильевич Симонов // Информатизация и связь. - 2017. - № 2. - С. 88-93 . - ISSN 2078-8320
   Перевод заглавия: Determination of fundamental resonance frequencies of site in seismic zonation using microtremor recordings

УДК

550.34

Аннотация: Представлена оценка методов, позволяющих оценить резонансные частоты площадки на основе регистрации микросейсмических колебаний. Показана возможность использования данных методов для опреде ления глубины осадочного слоя площадки, а также для проверки корректности задания модели среды при компьютерном моделировании реакции геологической среды на сейсмические воздействия.
This paper presents estimation of techniques that allow to evaluate fundamental resonance frequencies of the site using microtremor registration. It was shown possibility of using these methods to determine sediment thickness the site and to check rightness of the model environment in computer modeling of the geological environment reaction to seismic effects.

РИНЦ

Держатели документа:
Институт вычислительного моделирования Сибирского отделения Российской Академии Наук

Доп.точки доступа:
Симонов, Константин Васильевич; Simonov K.V.; Bodyakin E.V.

[Текст] : статья / М. Ю. Сенашова, М. Г. Садовский // Международный журнал прикладных и фундаментальных исследований. - 2017. - № 11-2. - С. 255-259 . - ISSN 1996-3955
   Перевод заглавия: Spatial structure of genomes of cyanobacteria

УДК

573.22

575.89

Аннотация: Представлены результаты, полученные при изучении пространственной структуры геномов цианобактерий. В качестве структуры в нашей работе понимается расположение в пространстве частот триплетов точек, соответствующих выделенным участкам генома цианобактерий. Для каждого участка длины ? со сдвигом t вычислялся частотный словарь троек символов без пересечений. Частоты рассматривались как координаты в 64-мерном пространстве. Таким образом, каждому участку генома сопоставлялась точка в пространстве частот. Было проанализировано 7 геномов цианобактерий, размещенных в EMBL-банке. Одна координата (с минимальным стандартным отклонением) отбрасывалась и в дальнейшем рассматривалось 63-мерное пространство частот. Для визуализации полученного множества точек была использована программа VidaExpert. С ее помощью для каждого генома были построены проекции в пространство первых трёх главных компонент из 63-мерного пространства частот. Мы обнаружили, что геномы цианобактерий обладают одинаковой структурой, представляющей собой своеобразный клубок из нитей. Причем нити образованы точками, соответствующими последовательным участкам генома.
The results obtained in the study of the structure of the genomes of cyanobacteria are presented. By structure in our work is meant the location in space of triplet frequencies of points corresponding to fragments of the genome of cyanobacteria. For each length-shifted fragments, a frequency dictionary of symbol triples without intersections was computed. Frequencies were considered as coordinates in a 64-dimensional space. Thus, each point of the genome was compared with a point in the frequency space. Seven genomes of cyanobacteria located in the EMBL-bank were analyzed. One coordinate (with a minimal standard deviation) was discarded and a 63-dimensional frequency space was subsequently considered. For each genome in space of frequencies by means of program VidaExpert projections from 63-dimensional space in space of first three main components have been constructed. This allowed us to visualize the structure of genomes. It was found that the genomes of cyanobacteria have the same structure, which is a kind of tangle of filaments. And the threads are formed by points corresponding to consecutive fragments of the genome.

РИНЦ

Держатели документа:
ФГАОУ «Сибирский федеральный университет», институт фундаментальной биологии и биотехнологии
ФГБУН «Федеральный исследовательский центр “Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук”» - обособленное подразделение «Институт вычислительного моделирования» Сибирского отделения Российской академии наук»

Доп.точки доступа:
Сенашова, М.Ю.; Senashova M.Yu.; Садовский, М.Г.; Sadovskiy M.G.