Труды сотрудников ИВМ СО РАН

w10=
Найдено документов в текущей БД: 22

    How much non-coding DNA do eukaryotes require?
[Текст] : статья / S. Ahnert, T. Fink, A. Zinovyev // Journal of Theoretical Biology. - 2008. - Vol. 252, Iss. 4. - p. 587–592DOI 10.1016/j.jtbi.2008.02.005 . -

Кл.слова (ненормированные):
Genetic networks -- Accelerated networks -- Prokaryotes -- Minimum

Аннотация: Despite tremendous advances in the field of genomics, the amount and function of the large non-coding part of the genome in higher organisms remains poorly understood. Here we report an observation, made for 37 fully sequenced eukaryotic genomes, which indicates that eukaryotes require a certain minimum amount of non-coding DNA (ncDNA). This minimum increases quadratically with the amount of DNA located in exons. Based on a simple model of the growth of regulatory networks, we derive a theoretical prediction of the required quantity of ncDNA and find it to be in excellent agreement with the data. The amount of additional ncDNA (in basepairs) which eukaryotes require obeys Ndef=1/2 (Nc/Np) (Nc−Np), where Nc is the amount of exonic DNA, and Np is a constant of about 10 Mb. This value Ndef corresponds to a few percent of the genome in Homo sapiens and other mammals, and up to half the genome in simpler eukaryotes. Thus, our findings confirm that eukaryotic life depends on a substantial fraction of ncDNA and also make a prediction of the size of this fraction, which matches the data closely.

Полный текст на сайте издательства


Доп.точки доступа:
Fink, Thomas M.A.; Zinovyev, Andrei; Зиновьев, Андрей Юрьевич

    THE COMPARATIVE REDUNDANCY OF GENES OF VARIOUS ORGANISMS AND VIRUSES
[Текст] / A. N. GORBAN [и др.] // Genetika. - 1993. - Vol. 29, Is. 9. - С. 1413-1419. - Cited References: 20 . - ISSN 0016-6758
РУБ Genetics & Heredity

Аннотация: This paper is devoted to the comparative stude of redundancy of genetic texts of various organisms and viruses. To determine the tedundance of a gene, we have introduced the strict measure for that latter. The measure for a text's redundance is the length of restriction of Frequence/Correlation Dictionary of a given genetic text. Frequence/Correlation Dictionary is the ser of all subsequences belang to a given genetic text, accompanied by the frequencies of their occurrence. The restriction length is defined as that one, for which all the subsequences (of that length) are unique. We have found, that genes of human viruses are less redundant, in comparison to those of human genes. Other aspects of a comparative redundance invastigations of the genes are discussed. The problem of the determination of <> intron could be treated by this methodology, as well, as the evolution of genome.

WOS,
Scopus

Держатели документа:
RUSSIAN ACAD SCI,CTR COMP,KRASNOYARSK,RUSSIA
ИВМ СО РАН
Institute of Biophysics, Siberian Division, Russian Academy of Sciences, Krasnoyarsk, Russian Federation

Доп.точки доступа:
GORBAN, A.N.; Горбань, Александр Николаевич; MIRKES, E.M.; POPOVA, T.G.; SADOVSKY, M.G.; Садовский, Михаил Георгиевич
577.29
Ф 94

    Функционализированные аптамерами магнитные нанодиски для нанохирургии опухолей
[Текст] : статья / С. С. Замай [и др.] // Сибирское медицинское обозрение. - 2015. - № 6. - С. 48-54 . - ISSN 1819-9496
   Перевод заглавия: Functionalized by the aptamers magnetic nanodiscs for nanosurgery of the tumors
УДК

Аннотация: Цель исследования. Определение перспектив использования функционализированных ДНК-аптамерами магнитных никелевых нанодисков с золотым покрытием для адресной клеточной хирургии онкологических заболеваний. Матери алы и методы. В качестве модели опухоли была использована асцитная карцинома Эрлиха. Теоретически и экспериментально исследованы структуры магнитного поля пермаллоевых и кобальтовых дисков Au-Fe(20)Ni(80)-Au и Au-Co-Au. Результаты. Выполнены оценки механического воздействия нанодисков на клеточную мембрану в переменном магнитном поле. Определены оптимальные состав, геометрия и структура остаточной намагниченности нанодисков. Экспериментально in vitro и in vivo для асцитной карциномы Эрлиха показана возможность использования функционализированных ДНК-аптамерами трехслойных Au-Ni-Au нанодисков с дипольной структурой остаточной намагниченности для адресного разрушения клеток-мишеней. 3аключе-ие. На основании теоретических расчетов и экспериментальных данных сделано заключение о том, что нанодиски Au-Ni-Au, обладающие магнитными свойствами, могут быть использованы для разработки новых методов и препаратов для малоинвазивной клеточной нанохирургии, которая позволяет адресно и дозировано уничтожать только клетки опухоли, в том числе, и метастазы.
The aim of the research. Determination of the prospects of application the functionalized by DNA-aptamers magnetic nickel nanodiscs with gold coating for targeted cell cancer surgery. Materials and methods. As tumor model was used Ehrlich ascites carcinoma. Theoretically and experimentally were investigated the structures of the magnetic field of permalloy and cobalt disks Au-Fe (20) Ni (80) -Au and Au-Co-Au. Results. It were executed the estimation of the mechanical impact of nanodiscs to the cell membrane in an alternating magnetic field. It was determined the optimum composition, geometry and structure of the residual magnetization of nanodiscs. Experimentally in vitro and in vivo for Ehrlich ascites carcinoma was showed the use of functionalized DNA-aptamers three layer Au-Ni-Au nanodisks with dipole structure of the residual magnetization for address destruction of the target cells. Conclusion. On the basis of theoretical calculations and experimental data, it was concluded that nanodiscs Au-Ni-Au, with magnetic properties, can be used to develop new methods and products for minimally invasive cellular nanosurgery that allows targeted and dosed destroy only tumor cells, including metastasis.

РИНЦ

Держатели документа:
ГАОУ ВПО Сибирский федеральный университет
ГБОУ ВПО Красноярский государственный медицинский университет имени проф. В. Ф. Войно-Ясенецкого Министерства здравоохранения РФ
ГБОУ ВПО Красноярский государственный педагогический университет им. В. П. Астафьева Министерства образования и науки РФ
Институт вычислительного моделирования СО РАН
Красноярский научный центр СО РАН

Доп.точки доступа:
Замай, Сергей Сергеевич; Zamay Sergey Sergeevich; Прокопенко, Владимир Семенович; Prokopenko Vladimir Semenovich; Замай, Анна Сергеевна; Zamay Anna Sergeevna; Денисенко, Валерий Васильевич; Denisenko V.V.; Ким, Петр Дементьевич; Kim Petr Dementievich; Орлов, Виталий Александрович; Orlov Vitaly Alerksandrovich; Замай, Галина Сергеевна; Zamay Galina Sergeevna; Иванченко, Татьяна Ивановна; Ivanchenko Tatiana Ivanovna; Замай, Татьяна Николаевна; Zamay Tatiana Nikolaevna

    Seven-Cluster Structure of Larch Chloroplast Genome
[Text] : статья / M. G. Sadovsky [et al.] // Журнал Сибирского федерального университета. Серия: Биология. - 2015. - Т. 8, № 3. - P268-277, DOI 10.17516/1997-1389-2015-8-3-268-277. . - ISSN 1997-1389
   Перевод заглавия: Семикластерная структура генома хлоропласта лиственницы
УДК

Кл.слова (ненормированные):
Chloroplast genome -- complexity -- frequency dictionary -- order -- phase -- triplet -- сложность -- частотный словарь -- порядок -- фаза -- триплет

Аннотация: The paper presents a novel approach to study a nucleotide sequence structure with respect to the chloroplast genome DNA sequence analysis. A speci?c frequencies distribution pattern of the consecutive triple nucleotide fragments was identi?ed in the chloroplast genome DNA sequence, which demonstrated a non-degenerated pattern with seven clusters.
Проанализированы структуры, выделяемые в нуклеотидных последовательностях с помощью анализа распределений фрагментов генома. Показано, что последовательность генома хлоропласта обладает невырожденной семикластерной структурой в распределении таких фрагментов по частотам триплетов.

РИНЦ

Держатели документа:
Georg-August-University of Gottingen
Institute of Computational Modelling SB RAS
M University HFSB
N. I. Vavilov Institute of General Genetics RAS
Siberian Federal University Genome Research and Education Centre
Texas A&amp
V. N. Sukachev Institute of Forest SB RAS

Доп.точки доступа:
Sadovsky, M.G.; Садовский, Михаил Георгиевич; Bondar, Eugenia I.; Бондар Е.И.; Putintseva, Yulia A.; Путинцева Ю.А.; Oreshkova, Natalia V.; Орешкова Н.В.; Vaganov, Eugene A.; Ваганов Е.А.; Krutovsky, Konstantin V.; Крутовский К.В.

    Optimization of photothermal methods for laser hyperthermia of malignant cells using bioconjugates of gold nanoparticles
/ V. S. Gerasimov [et al.] // Colloid J. - 2016. - Vol. 78, Is. 4. - P435-442, DOI 10.1134/S1061933X16040050 . - ISSN 1061-933X
Аннотация: Selective action of laser radiation on membranes of malignant cells has been studied in different regimes using conjugates of gold nanoparticles with oligonucleotides by the example of DNA aptamers. Under the conditions of a contact between a bioconjugate and a cell surface and the development of substantial and rapidly relaxing temperature gradients near a nanoparticle, the membranes of malignant cells alone are efficiently damaged due to the local hyperthermia of a cellular membrane. It has been shown that employment of pulsed instead of continuous wave laser radiation provides the localization of the damaging action, which does not involve healthy cells. © 2016, Pleiades Publishing, Ltd.

Scopus,
Смотреть статью,
WOS

Держатели документа:
Siberian Federal University, Svobodnyi pr. 79, Krasnoyarsk, Russian Federation
Institute of Computational Modeling, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences, Akademgorodok 50/44, Krasnoyarsk, Russian Federation
Kirenskii Institute of Physics, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences, Akademgorodok 50/38, Krasnoyarsk, Russian Federation
Reshetnev State Siberian State Aerospace University, pr. Gazety “Krasnoyarskii rabochii” 31, Krasnoyarsk, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Gerasimov, V. S.; Ershov, A. E.; Karpov, S. V.; Polyutov, S. P.; Semina, P. N.

    New error tolerant method for search of long repeats in DNA sequences
/ S. P. Tsarev, M. G. Sadovsky // Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). - 2016. - Vol. 9702: 3rd International Conference on Algorithms for Computational Biology, AlCoB 2016; Trujillo; Spain; 21 June 2016 through 22 June 2016; Code 177079. - P171-182, DOI 10.1007/978-3-319-38827-4_14 . -

Кл.слова (ненормированные):
Fast search -- Genome -- Vernier pattern -- Bioinformatics -- DNA -- Gages -- Genes -- Biological applications -- Error tolerant -- Fast search -- Search procedures -- Sparse dictionaries -- Sub-strings -- Vernier pattern -- DNA sequences

Аннотация: A new method to identify all sufficiently long repeating nucleotide substrings in one or several DNA sequences is proposed. The method based on a specific gauge applied to DNA sequences that guarantees identification of the repeating substrings. The method allows the matching substrings to contain a given level of errors. The gauge is based on the development of a heavily sparse dictionary of repeats, thus drastically accelerating the search procedure. Some biological applications illustrate the method. © Springer International Publishing Switzerland 2016.

Scopus,
Смотреть статью

Держатели документа:
Siberian Federal University, Kirenskogo, 26, Krasnoyarsk, Russian Federation
Institute of Computational Modelling of SB RAS, Akademgorodok, Krasnoyarsk, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Tsarev, S. P.; Sadovsky, M. G.

    Revealing the Relation Between Structure of Chloroplast Genomes and Host Taxonomy
[Text] / M. Sadovsky, A. Chernyshova ; ed. S. . Battiston [et al.] // PROCEEDINGS OF ECCS 2014: EUROPEAN CONFERENCE ON COMPLEX SYSTEMS : SPRINGER, 2016. - European Conference on Complex Systems (ECCS) (SEP 22-26, 2014, IMT Sch Adv Studies Lucca, Lucca, ITALY). - P59-68. - (Springer Proceedings in Complexity), DOI 10.1007/978-3-319-29228-1_6. - Cited References:21 . - ISBN 978-3-319-29228-1; 978-3-319-29226-7
РУБ Computer Science, Theory & Methods + Mathematics, Applied
Рубрики:
SEQUENCE
   DNA

Аннотация: The distribution of chloroplast genomes in 63-dimensional space of triplet frequencies was studied, in connection to the taxonomy correlation to the clusters observed in the distribution. That latter was developed through K-means implementation, for the number of classes varying from 2 to 8. The clade composition of those clusters has been analyzed. Unexpectedly high regularity in clades occupation of different clusters has been found thus proving very high synchrony in evolution of two physically independent genetic entities (chloroplasts vs. nuclear genomes): the proximity in frequency space was determined over the organelle genomes, while the proximity in taxonomy was determined morphologically.

WOS,
Смотреть статью

Держатели документа:
Inst Computat Modelling SB RAS, Krasnoyarsk, Russia.
Siberian Fed Univ, Krasnoyarsk, Russia.

Доп.точки доступа:
Sadovsky, M.G.; Садовский, Михаил Георгиевич; Chernyshova, Anna
519.95
С115

    Связь между структурой и таксономией геномов хлоропластов хвойных
[Текст] : статья / Михаил Георгиевич Садовский, Анна Игоревна Чернышова // Образовательные ресурсы и технологии. - 2016. - № 2. - С. 250-253 . - ISSN 2312-5500
   Перевод заглавия: Towards the correspondence between structure of pine chloroplast genomes and their phylogeny
УДК

Кл.слова (ненормированные):
днк -- слово -- частота -- распределение -- корреляция -- эволюция -- порядок -- dna -- string -- frequency -- distribution -- correlation -- evolution -- order

Аннотация: В работе представлены предварительные результаты по изучению связи между структурой и таксономией геномов хвойных хлоропластов, полученные методом динамических ядер. Данная связь была выявлена. Показаны особенности применяемых методов, а также представлены выводы по полученным результатам
Some results are presented exploring the problem of the relation between the phylogeny of various species and taxa, and the structure of corresponding DNA sequences. The features of the methods used are shown in this work. And also presents conclusions on the results obtained

РИНЦ

Держатели документа:
Институт вычислительного моделирования СО РАН
Сибирский федеральный университет, ИФБиБТ

Доп.точки доступа:
Чернышова, Анна Игоревна; Chernyshova Anna Igorevna; Sadovskii M.G.

    Noninvasive Microsurgery Using Aptamer-Functionalized Magnetic Microdisks for Tumor Cell Eradication
/ T. N. Zamay [et al.] // Nucleic Acid Therape. - 2017. - Vol. 27, Is. 2. - P105-114, DOI 10.1089/nat.2016.0634 . - ISSN 2159-3337

Кл.слова (ненормированные):
aptamer -- magnetic microdisks -- magnetodynamic therapy -- tumor eradication

Аннотация: Magnetomechanical cell disruption using nano- and microsized structures is a promising biomedical technology used for noninvasive elimination of diseased cells. It applies alternating magnetic field (AMF) for ferromagnetic microdisks making them oscillate and causing cell membrane disruption with cell death followed by apoptosis. In this study, we functionalized the magnetic microdisks with cell-binding DNA aptamers and guided the microdisks to recognize cancerous cells in a mouse tumor in vivo. Only 10 min of the treatment with a 100 Hz AMF was enough to eliminate cancer cells from a malignant tumor. Our results demonstrate a good perspective of using aptamer-modified magnetic microdisks for noninvasive microsurgery for tumors. © Mary Ann Liebert, Inc. 2017.

Scopus,
Смотреть статью,
WOS

Держатели документа:
Laboratory of Biomolecular and Medical Technologies, Krasnoyarsk State Medical University, 1, P. Zheleznyaka, Krasnoyarsk, Russian Federation
Siberian Federal University, Krasnoyarsk, Russian Federation
Krasnoyarsk Research Center, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Krasnoyarsk, Russian Federation
Institute of Computational Modeling, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Krasnoyarsk, Russian Federation
Institute of Semiconductor Physics, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russian Federation
Institute of Physics, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Krasnoyarsk, Russian Federation
Krasnoyarsk State Pedagogical University, Krasnoyarsk, Russian Federation
Department of Chemistry and Biomolecular Sciences, University of Ottawa, Ottawa, Canada

Доп.точки доступа:
Zamay, T. N.; Zamay, G. S.; Belyanina, I. V.; Zamay, S. S.; Denisenko, V.V.; Денисенко, Валерий Васильевич; Kolovskaya, O. S.; Ivanchenko, T. I.; Grigorieva, V. L.; Garanzha, I. V.; Veprintsev, D. V.; Glazyrin, Y. E.; Shabanov, A. V.; Prinz, V. Y.; Seleznev, V. A.; Sokolov, A. E.; Prokopenko, V. S.; Kim, P. D.; Gargaun, A.; Berezovski, M. V.; Zamay, A. S.

    In Vivo Cancer Cells Elimination Guided by Aptamer-Functionalized Gold-Coated Magnetic Nanoparticles and Controlled with Low Frequency Alternating Magnetic Field
/ I. V. Belyanina [et al.] // Theranostics. - 2017. - Vol. 7, Is. 13. - P3326-3337, DOI 10.7150/thno.17089. - Cited References:35. - The authors are grateful to George Y. Vorogeikin, Yuri I. Vorogeikin and "OKB ART". Andrey Barinov and "OPTEC Group" for help with 3D laser scanning imaging. Microscopic analyses using Carl Zeiss LSM 800 were done in the "Center for bioassay, nanotechnology and nanomaterials safety" ("Biotest-Nano") (Multiple-Access Center, Tomsk State University, Tomsk, Russia). Toxicity studies have been performed in Multiple-Access Center, Central Scientific Research Laboratory in Krasnoyarsk State Medical University named after prof. V.F. Voino-Yasenecky. This work was supported by the Russian Scientific Fund (grant #14-15-00805). . - ISSN 1838-7640
РУБ Medicine, Research & Experimental

Аннотация: Biomedical applications of magnetic nanoparticles under the influence of a magnetic field have been proved useful beyond expectations in cancer therapy. Magnetic nanoparticles are effective heat mediators, drug nanocarriers, and contrast agents; various strategies have been suggested to selectively target tumor cancer cells. Our study presents magnetodynamic nanotherapy using DNA aptamer-functionalized 50 nm gold-coated magnetic nanoparticles exposed to a low frequency alternating magnetic field for selective elimination of tumor cells in vivo. The cell specific DNA aptamer AS-14 binds to the fibronectin protein in Ehrlich carcinoma hence helps deliver the gold-coated magnetic nanoparticles to the mouse tumor. Applying an alternating magnetic field of 50 Hz at the tumor site causes the nanoparticles to oscillate and pull the fibronectin proteins and integrins to the surface of the cell membrane. This results in apoptosis followed by necrosis of tumor cells without heating the tumor, adjacent healthy cells and tissues. The aptamer-guided nanoparticles and the low frequency alternating magnetic field demonstrates a unique non-invasive nanoscalpel technology for precise cancer surgery at the single cell level.

WOS,
Смотреть статью

Держатели документа:
Krasnoyarsk State Med Univ, Krasnoyarsk, Russia.
Russian Acad Sci, KSC Siberian Branch, Fed Res Ctr, Krasnoyarsk, Russia.
Siberian Fed Univ, Krasnoyarsk, Russia.
Univ Ottawa, Dept Chem & Biomol Sci, Ottawa, ON, Canada.
Inst Computat Modeling RAS SB, Krasnoyarsk, Russia.

Доп.точки доступа:
Belyanina, Irina V.; Zamay, Tatiana N.; Zamay, Galina S.; Zamay, Sergey S.; Kolovskaya, Olga S.; Ivanchenko, Tatiana I.; Denisenko, Valery V.; Kirichenko, Andrey K.; Glazyrin, Yury E.; Garanzha, Irina V.; Grigorieva, Valentina V.; Shabanov, Alexandr V.; Veprintsev, Dmitry V.; Sokolov, Alexey E.; Sadovskii, Vladimir M.; Gargaun, Ana; Berezovski, Maxim V.; Kichkailo, Anna S.; Russian Scientific Fund [14-15-00805]

    Fast algorithm for vernier search of long repeats in DNA sequences with bounded error density
/ S. P. Tsarev, M. Y. Senashova, M. G. Sadovsky // (25 June 2018 through 26 June 2018 : Springer Verlag, 2018. - Vol. 10849 LNBI. - P88-99, DOI 10.1007/978-3-319-91938-6_8 . -

Кл.слова (ненормированные):
Deletion -- Edit distance -- Gauge -- Insertion -- Multiple sequence alignment -- Mutation -- Repeat

Аннотация: A novel algorithm to find all sufficiently long repeating nucleotide substrings in one or several DNA sequences is proposed. The algorithm searches approximately matching strings very fast with given level of local error density. Some biological applications illustrate the method. © 2018, Springer International Publishing AG, part of Springer Nature.

Scopus,
Смотреть статью

Держатели документа:
Siberian Federal University, Svobodny prosp., 79, Krasnoyarsk, Russian Federation
Institute of computational modelling of SB RAS, Akademgorodok, Krasnoyarsk, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Tsarev, S. P.; Senashova, M. Y.; Sadovsky, M. G.

    Eight-cluster genome structure in chloroplasts of terrestrial plants
/ M. G. Sadovsky, M. Y. Senashova, A. V. Malyshev // Zhurnal Obshchei Biol. - 2018. - Vol. 79, Is. 2. - С. 124-134. - Cited References:14 . - ISSN 0044-4596
РУБ Biology

Аннотация: It is tested whether seven-cluster genome structure, detected in bacteria, is a universal one and whether all of its observed properties pertain to other genomes. Inner structuring of chloroplasts' and cyanobacteria's genome is studied, and it is found out that this structuring notably differs from what was earlier discovered in bacterial genomes. By structuring it is meant the clasterization of triplet frequency dictionary developed for different genome fragments which have regular allocation, independent of the fragment function. The clasterization has been executed by the method of elastic maps.

WOS

Держатели документа:
RAS, Inst Computat Modelling, Siberian Branch, Krasnoyarsk 660036, Russia.
Siberian Fed Univ, Sch Fundamental Biol & Biotechnol, Svobodny Pr 79, Krasnoyarsk 660041, Russia.

Доп.точки доступа:
Sadovsky, M. G.; Senashova, M. Yu.; Malyshev, A. V.
544.77+541.18+535.8+616-006.04
О-62

    ОПТИМИЗАЦИЯ ФОТОТЕРМИЧЕСКИХ МЕТОДОВ ЛАЗЕРНОЙ ГИПЕРТЕРМИИ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ КЛЕТОК С ПРИМЕНЕНИЕМ БИОКОНЪЮГАТОВ МНОГОСЛОЙНЫХ НАНОЧАСТИЦ С ДНК-АПТАМЕРАМИ
[Текст] : статья / А. С. Костюков [и др.] // Решетневские чтения. - 2018. - Т. 1, № 22. - С. 529-531 . - ISSN 1990-7702
   Перевод заглавия: OPTIMIZATION OF PHOTOTHERMAL METHODS OF HYPERTHERMIA OF MALIGNANT CELLS USING NANOPARTICLE CORE-SHELL BIOCONJUGATES WITH DNA APTAMERS
УДК

Аннотация: Изучение влияния высокой радиационной нагрузки на организм человека в условиях космического полета является важным направлением онкологии и космической медицины. В работе исследуются особенности импульсной лазерной гипертермии злокачественных клеток с помощью многослойных плазмонных наночастиц.
Effect of corpuscular radiation on a human organism during space flight is an important area of oncology and space medicine. Peculiarities of pulsed laser hyperthermia of malignant cells are studied using multilayer plasmonic nanoparticles

РИНЦ

Держатели документа:
Институт вычислительного моделирования СО РАН
Институт теплофизики имени С. С. Кутателадзе СО РАН
Институт физики имени Л. В. Киренского
Сибирский государственный университет науки и технологий имени академика М. Ф. Решетнева
Сибирский федеральный университет

Доп.точки доступа:
Костюков, А.С.; Kostyukov A.S.; Филимонов, С.А.; Filimonov S.A.; Ершов, А.Е.; Ershov A.E.; Герасимов, В.С.; Gerasimov V.S.; Карпов, С.В.; Karpov S.V.

    НАРУШЕНИЕ ВТОРОГО ПРАВИЛА ЧАРГАФФА В ГЕНОМАХ ВИРУСА ГЕПАТИТА B И С
[Текст] : доклад, тезисы доклада / Я. В. Гребнев, М. Г. Садовский // Информационные технологии в науке, управлении, социальной сфере и медицине : Сборник научных трудов V Международной научной конференции. В 2-х частях / Информационные технологии в науке, управлении, социальной сфере и медицине (2018 ; 17.12 - 21.12 ; Томск) : Национальный исследовательский Томский политехнический университет, 2018. - 1 . - ISBN 978-5-4387-0845-2
   Перевод заглавия: VIOLATION OF SECOND CHARGAFF RULE IN HEPATITIS B AND C GENOMA OF THE VIRUS

Кл.слова (ненормированные):
palindromes -- frequency -- classification -- correlation -- taxonomy -- evolution

Аннотация: Some preliminary results are studying the violation of supersymmetry in the genome of the hepatitis virus. In the framework of this paper, super-symmetry is the second Chargaff rule, which establish- es the equality of frequencies of oligonucleotides read equally in opposite directions, taking into account the replacement of nucleotides by the rule of complementarity. A measure of symmetry breaking within one DNA strand for the genomes of the hepatitis virus was calculated. Comparative intra-genomic analysis of data

РИНЦ,
Источник статьи

Держатели документа:
Институт вычислительного моделирования СО РАН

Доп.точки доступа:
Гребнев, Я.В.; Grebnev Ya. V.; Садовский, М.Г.; Sadovskiy M.G.; Информационные технологии в науке, управлении, социальной сфере и медицине(2018 ; 17.12 - 21.12 ; Томск)
Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден)

    Fast search of long approximate repeats in DNA sequences with bounded indel density
[Text] : доклад, тезисы доклада / S. Tsarev, M. Senashova, M. Sadovsky // = Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) : First Sino-Russian Workshop. Abstracts the 11th International Conference / Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) (2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk) : ICG SB RAS, DOI 10.18699/WIBSB-2018-49 . - ISBN 978-5-91291-042-5

Кл.слова (ненормированные):
algorithms -- Vernier pattern -- edit distance -- gauge repeat -- mutation


РИНЦ,
Источник статьи

Держатели документа:
Institute of computational modelling SB RAS
Siberian Federal University

Доп.точки доступа:
Tsarev, S.; Senashova, M.; Sadovsky, M.; Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018)(2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk)
Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден)

    Fast search of long approximate repeats in DNA sequences with bounded indel density
[Text] : доклад, тезисы доклада / S. Tsarev, M. Senashova, M. Sadovsky // = Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) : First Sino-Russian Workshop. Abstracts the 11th International Conference / Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) (2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk) : ICG SB RAS, DOI 10.18699/WIBSB-2018-49 . - ISBN 978-5-91291-042-5

Кл.слова (ненормированные):
algorithms -- Vernier pattern -- edit distance -- gauge repeat -- mutation


РИНЦ,
Источник статьи

Держатели документа:
Institute of computational modelling SB RAS
Siberian Federal University

Доп.точки доступа:
Tsarev, S.; Senashova, M.; Sadovsky, M.; Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018)(2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk)
Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден)

    Fast search of long approximate repeats in DNA sequences with bounded indel density
[Text] : доклад, тезисы доклада / S. Tsarev, M. Senashova, M. Sadovsky // = Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) : First Sino-Russian Workshop. Abstracts the 11th International Conference / Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) (2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk) : ICG SB RAS, DOI 10.18699/WIBSB-2018-49 . - ISBN 978-5-91291-042-5

Кл.слова (ненормированные):
algorithms -- Vernier pattern -- edit distance -- gauge repeat -- mutation


РИНЦ,
Источник статьи

Держатели документа:
Institute of computational modelling SB RAS
Siberian Federal University

Доп.точки доступа:
Tsarev, S.; Senashova, M.; Sadovsky, M.; Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018)(2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk)
Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден)

    Fast search of long approximate repeats in DNA sequences with bounded indel density
[Text] : доклад, тезисы доклада / S. Tsarev, M. Senashova, M. Sadovsky // = Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) : First Sino-Russian Workshop. Abstracts the 11th International Conference / Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) (2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk) : ICG SB RAS, DOI 10.18699/WIBSB-2018-49 . - ISBN 978-5-91291-042-5

Кл.слова (ненормированные):
algorithms -- Vernier pattern -- edit distance -- gauge repeat -- mutation


РИНЦ,
Источник статьи

Держатели документа:
Institute of computational modelling SB RAS
Siberian Federal University

Доп.точки доступа:
Tsarev, S.; Senashova, M.; Sadovsky, M.; Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018)(2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk)
Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден)

    Fast search of long approximate repeats in DNA sequences with bounded indel density
[Text] : доклад, тезисы доклада / S. Tsarev, M. Senashova, M. Sadovsky // = Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) : First Sino-Russian Workshop. Abstracts the 11th International Conference / Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) (2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk) : ICG SB RAS, DOI 10.18699/WIBSB-2018-49 . - ISBN 978-5-91291-042-5

Кл.слова (ненормированные):
algorithms -- Vernier pattern -- edit distance -- gauge repeat -- mutation


РИНЦ,
Источник статьи

Держатели документа:
Institute of computational modelling SB RAS
Siberian Federal University

Доп.точки доступа:
Tsarev, S.; Senashova, M.; Sadovsky, M.; Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018)(2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk)
Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден)

    Fast search of long approximate repeats in DNA sequences with bounded indel density
[Text] : доклад, тезисы доклада / S. Tsarev, M. Senashova, M. Sadovsky // = Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) : First Sino-Russian Workshop. Abstracts the 11th International Conference / Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018) (2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk) : ICG SB RAS, DOI 10.18699/WIBSB-2018-49 . - ISBN 978-5-91291-042-5

Кл.слова (ненормированные):
algorithms -- Vernier pattern -- edit distance -- gauge repeat -- mutation


РИНЦ,
Источник статьи

Держатели документа:
Institute of computational modelling SB RAS
Siberian Federal University

Доп.точки доступа:
Tsarev, S.; Senashova, M.; Sadovsky, M.; Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018)(2018 ; 22.08 - 23.08 ; Novosibirsk)
Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден)