Труды сотрудников ИВМ СО РАН

[Текст] : монография / А.Ю. Зиновьев ; М-во образования РФ; Краснояр. гос. техн. ун-т; Ин-т вычисл. моделирования СО РАН. - Красноярск : КГТУ, 2000. - 168 с. : ил + табл. - Библиогр.: с.162-166. - ISBN 5-7636-0333-8 : Б. ц.

УДК

51-7

681.3

Аннотация: Представляется неформальное и в достаточной степени нетрадиционное введение в методы анализа и визуализации многомерных данных. В основе предлагаемых методов лежит построение вложенных в многомерное пространство многообразий малой размерности. Специалистам в области статистического анализа, студентам и аспирантам, изучающим прикладную математику, всем, интересующимся современными методами анализа данных.

Экземпляры всего: 3
Фонд (3)
Свободны: Фонд (2)

[Electronic resource]. - Electronic data
. - Режим доступа: http://icm.krasn.ru/refextra.php?id=2102. - Электрон. версия печ. публикации : научное издание / Gorban A.N. Zinovyev A.Y. - Electronic data // Institut des Hautes Etudes Scientifiques Preprint. IHES M/01/36. - 2001
   Перевод заглавия: Визуализация данных с помощью метода упругих карт и его приложения в геномике, экономике и социологии
Аннотация: Technology of data visualization and data modeling is suggested. The basic of the technology is original idea of elastic net and methods of its construction and application. A short review of relevant methods has been made. The methods proposed are illustrated by applying them to the real biological, economical, sociological datasets and to some model data distributions.

http://icm.krasn.ru/refextra.php?id=2102


Доп.точки доступа:
Zinovyev, A.Y.; Зиновьев, Андрей Юрьевич; Горбань, Александр Николаевич

[Text] : научное издание / Gorban A.N.,Zinovyev A.Y., Popova T. // Institut des Hautes Etudes Scientifiques Preprint . - 2001
   Перевод заглавия: Статистический подход к автоматической идентификации генов без учителя
Аннотация: Overview of statistical methods of gene identification is made. Particular attention is given to the methods which need not a training set of already known genes. After analysis several statistical approaches are proposed for computational exon identification in whole genomes. For several genomes an optimal window length for averaging GC-content function and calculating codon frequencies has been found. Self-training procedure based on clustering in multidimensional codon frequencies space is proposed.

http://icm.krasn.ru/refextra.php?id=2108


Доп.точки доступа:
Zinovyev, A.Y.; Зиновьев, Андрей Юрьевич; Popova, T.G.; Попова Т.Г.; Горбань, Александр Николаевич

[] : дис. ... канд. техн. наук : 05.13.11 / А. Ю. Зиновьев. - Красноярск, 2001. - 162 с. : ил + автореф. c. -

УДК

004.4

Доп.точки доступа:
Горбань, Александр Николаевич \конс.\; Институт вычислительного моделирования 63360098/Библиотека Политехнического Института СФУ
Свободных экз. нет

[Текст] : Автореф. дис. на соиск. учен. степ. канд. техн. наук : 05.13.11 / А. Ю. Зиновьев. - Красноярск : [б. и.], 2001. - 26 с. : ил. - Библиогр.: с. 25-26. - Б. ц.

ГРНТИ

34.03.23

ББК Ес512


Свободных экз. нет

[Текст] : статья / S. Ahnert, T. Fink, A. Zinovyev // Journal of Theoretical Biology. - 2008. - Vol. 252, Iss. 4. - p. 587–592DOI 10.1016/j.jtbi.2008.02.005 . -
Аннотация: Despite tremendous advances in the field of genomics, the amount and function of the large non-coding part of the genome in higher organisms remains poorly understood. Here we report an observation, made for 37 fully sequenced eukaryotic genomes, which indicates that eukaryotes require a certain minimum amount of non-coding DNA (ncDNA). This minimum increases quadratically with the amount of DNA located in exons. Based on a simple model of the growth of regulatory networks, we derive a theoretical prediction of the required quantity of ncDNA and find it to be in excellent agreement with the data. The amount of additional ncDNA (in basepairs) which eukaryotes require obeys Ndef=1/2 (Nc/Np) (Nc−Np), where Nc is the amount of exonic DNA, and Np is a constant of about 10 Mb. This value Ndef corresponds to a few percent of the genome in Homo sapiens and other mammals, and up to half the genome in simpler eukaryotes. Thus, our findings confirm that eukaryotic life depends on a substantial fraction of ncDNA and also make a prediction of the size of this fraction, which matches the data closely.

Полный текст на сайте издательства


Доп.точки доступа:
Fink, Thomas M.A.; Zinovyev, Andrei; Зиновьев, Андрей Юрьевич

[Text] : статья / L. Calzone [et al.] // Molecular Systems Biology. - 2008. - Vol. 4. - p. 174-178DOI 10.1038/msb.2008.7 . -
Аннотация: We present, here, a detailed and curated map of molecular interactions taking place in the regulation of the cell cycle by the retinoblastoma protein (RB/RB1). Deregulations and/or mutations in this pathway are observed in most human cancers. The map was created using Systems Biology Graphical Notation language with the help of CellDesigner 3.5 software and converted into BioPAX 2.0 pathway description format. In the current state the map contains 78 proteins, 176 genes, 99 protein complexes, 208 distinct chemical species and 165 chemical reactions. Overall, the map recapitulates biological facts from approximately 350 publications annotated in the diagram. The network contains more details about RB/E2F interaction network than existing large‐scale pathway databases. Structural analysis of the interaction network revealed a modular organization of the network, which was used to elaborate a more summarized, higher‐level representation of RB/E2F network. The simplification of complex networks opens the road for creating realistic computational models of this regulatory pathway.

Держатели документа:
ИВМ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, 50, стр.44

Доп.точки доступа:
Calzone, Laurence; Gelay, Amélie; Zinovyev, Andrei; Зиновьев, Андрей Юрьевич; Radvanyi, François; Barillot, Emmanuel

[Text] : статья / O. Radulescu [et al.] // BMC Systems Biology. - 2008. - Vol. 2. - Ст. 86DOI 10.1186/1752-0509-2-86 . -

Полный текст на сайте правообладателя


Доп.точки доступа:
Radulescu, Ovidiu; Gorban, A.N.; Горбань, Александр Николаевич; Zinovyev, A.; Зиновьев, Андрей Юрьевич; Lilienbaum, Alain

[Text] : статья / A. Zinovyev [et al.] // Bioinformatics. - 2008. - Vol. 24, Iss. 6. - p. 876-877DOI 10.1093/bioinformatics/btm553 . -
Аннотация: BiNoM (Biological Network Manager) is a new bioinformatics software that significantly facilitates the usage and the analysis of biological networks in standard systems biology formats (SBML, SBGN, BioPAX). BiNoM implements a full-featured BioPAX editor and a method of ‘interfaces’ for accessing BioPAX content. BiNoM is able to work with huge BioPAX files such as whole pathway databases. In addition, BiNoM allows the analysis of networks created with CellDesigner software and their conversion into BioPAX format. BiNoM comes as a library and as a Cytoscape plugin which adds a rich set of operations to Cytoscape such as path and cycle analysis, clustering sub-networks, decomposition of network into modules, clipboard operations and others.

Полный текст на сайте журнала

Держатели документа:
ИВМ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, 50, стр.44

Доп.точки доступа:
Zinovyev, Andrei; Зиновьев, Андрей Юрьевич; Viara, Eric; Calzone, Laurence; Barillot, Emmanuel

[Текст] : статья / Е. О. Кутумова [и др.] // Математическая биология и биоинформатика. - 2012. - Т. 7, № 2. - С. 572-588 . - ISSN 1994-6538
   Перевод заглавия: The Application of Model Reduction Methods to the Construction of the Composite Model of Apoptotic Pathways
Аннотация: В работе предлагается новый подход для объединения математических моделей биологических систем на основе их редукции. Данный подход описан на примере двух моделей апоптоза, рассматривающих про- и антиапоптотические (активация NF-?B) пути рецептора СD95.
We propose a new approach to composition of mathematical models of biological systems, based on their reduction. This approach has been tested on the example of two apoptosis models describing pro- and anti-apoptotic (activation of NF-?B) pathways of CD95.

РИНЦ

Держатели документа:
Институт вычислительного моделирования СО РАН
Institut Curie
Институт цитологии и генетики СО РАН
Конструкторско-технологический институт вычислительной техники СО РАН
ООО “Институт системной биологии”

Доп.точки доступа:
Кутумова, Елена Олеговна; Kutumova Elena O.; Зиновьев, Андрей Юрьевич; Zinovyev A.Y.; Шарипов, Руслан Нильевич; Sharipov Ruslan N.; Колпаков, Федор Анатольевич; Kolpakov Fedor A.