Библиотека института биофизики СО РАН

Главная

Базы данных

Труды сотрудников ИБФ СО РАН - результаты поиска

Вид поиска

Каталог книг и продолжающихся изданий библиотеки Института биофизики СО РАН

Иностранные журналы библиотеки Института биофизики СО РАН

Отечественные журналы библиотеки Института биофизики СО РАН

Каталог диссертаций ИБФ СО РАН

Труды сотрудников ИБФ СО РАН

Область поиска

в найденном

Найдено в других БД:

Каталог книг и продолжающихся изданий библиотеки Института биофизики СО РАН (7)

Каталог диссертаций ИБФ СО РАН (1)

Формат представления найденных документов:
полный	информационный	краткий

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>K=PH<.>)

Общее количество найденных документов : 59
Показаны документы с 1 по 20

1-20 21-40 41-59

^a314.23.27.07.11^2VINITI
Б 81

Бондарь, В. С.
Физико-химические свойства фотопротеина из гидроидного полипа Obelia longissima [Текст] : научное издание / В. С. Бондарь, К. П. Трофимов, Е. С. Высоцкий // Биохимия. - 1992. - Т. 57, N 10. - С. 78 . - ISSN 0320-9725

ГРНТИ

31.23.27

РУБ 314.23.27.07.11
Рубрики:
ФОТОПРОТЕИНЫ
   ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА
   ГИДРОИДНЫЕ ПОЛИПЫ
   PHOTOPROTEIN PROPERTIES
Аннотация: Из гидроидов вида Obelia longissima по схеме, включающей гель-фильтрацию на Сефадексе G-75 (fine), ИОХ на Полисил СА-300 (10 мкм), гидрофобную хр-фию на фенил-Сефарозе CL-4В, гель-фильтрацию на Сефакриле S-200 (Superfine), ИОХ на колонке Mono Q при pH 7,0, хроматофокусирввание на колонке MonoP (градиент pH 6,0-4,0) ИОХ на колонке Mono Q при pH 5,5; 8,8; 7,0 выделен гомогенный (по данным ЭФ с DDC-Na) фотопротеин обелин. Мол. м. белка в нативных условиях составляет 30 кД, в присутствии DDC-Na-19,8 кД. Уд. акт. обелина равна 4,9*10{1}{5} квант на 1 мг белка; константа псевдопер.З064 вого порядка спада биолюминесценции - 4 с{-}{1}; квантовый выход - 0,16. Интервал измерения ионов кальция составляет 10{-}{7}-10{-}{5} М. Для обелина характерен спектр люминесценции с максимумом при 469 нм, спектральный максимум флуоресценции разряженного фотопротеина находится при 455 нм. Оптимум pH люминесценции обелина приходится на интервал 9,0-10,5. Молек. константы ионизации имеют значения pK[1] 6,8 и pK[2] 12,2; константы ионизации для активного центра - pK[1] 9,1 и pK[2] 10,2 соотв. Библ. 36. Россия, ин-т биофизики СО РАН, Красноярск.
: 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Трофимов, К.П.; Высоцкий, Е.С.

Найти похожие

Патент 2051962 Российская Федерация, МКИ C12N 1/20.

Способ культивирования водородокисляющих бактерий [Текст] / Татьяна Григорьевна Волова [и др.]. - № 5021682/13 ; Заявл. 08.01.1992 ; Опубл. 10.01.1996. -

ГРНТИ

34.27.39

РУБ 341.27.39.09.09
Рубрики:
ALCALIGENES EUTROPHUS (BACT.)
   ВКПМ В-5786
   ВОДОРОДОКИСЛЯЮЩИЕ БАКТЕРИИ
   ЛИГНИН
   ОТХОДЫ
   СИНТЕЗ-ГАЗ
   ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
   БЕЛОК
   ПОЛУЧЕНИЕ
   ПАТЕНТЫ
   РОССИЯ
Аннотация: Изобретение предназначено для культивирования водородокисляющих бактерий, являющихся перспективным продуцентом белка одноклеточных. Сущность изобретения: способ позволяет расширить сырьевую базу для выращивания бактерий за счет использования лигнина, являющегося многотоннажным отходом гидролизного производства. Для этого синтез-газ, получаемый пароводяной газификацией лигнина, используют в качестве водорода и углекислоты для культивирования водородокисляющих бактерий Alcaligenes eutrophus ВКПМ В-5786. Ферментацию проводят в проточном режиме на жидкой солевой среде при непрерывном перемешивании и аэрации культуры водородом, кислородом и углекислотой при 30'ГРАДУС'С и pH 7,0. Удельная скорость роста бактерий составляет 0,3-0,4 ч{-1}, содержание белка в биомассе 65%. Данный способ позволяет реализовать эффективный процесс выращивания бактерий при высоких скоростях роста и выходах белка, утилизировать лигнин и снизить затраты на газовое сырье
: 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Волова, Татьяна Григорьевна; Янголов, Олег Васильевич; Каханов, Юрий Григорьевич; Коновалов, Николай Михайлович
Свободных экз. нет
Найти похожие

Синтез резервных полигидроксиалканоатов светящимися бактериями [Текст] : научное издание / А. Н. Бояндин [и др.] // Микробиология. - 2008. - Т. 77, N 3. - С. 364-369 . - ISSN 0026-3656

ГРНТИ

34.27.17

Рубрики:
ПОЛИГИДРОКСИАЛКАНОАТЫ
   РЕЗЕРВНЫЕ
   БИОСИНТЕЗ
   СВЕТЯЩИЕСЯ БАКТЕРИИ
   МОРСКИЕ
   PHOTOBACTERIUM LEIOGNATHI (BACT.)
   PHOTOBACTERIUM PHOSPHOSEUM (BACT.)
   VIBRIO HARVEYI (BACT.)
   VIBRIO FISCHERI (BACT.)
   ВЫДЕЛЕНИЕ
Аннотация: Исследована способность морских светящихся бактерий синтезировать в кач-ве резервных макромолекул полиэфиры гидроксикарбоновых к-т (полигидроксиалканоаты, ПГА). Проанализировано 20 штаммов из коллекции светящихся бактерий CCIBSO (WDCM836) Ин-та биофизики СО РАН, относящихся к различным таксонам (Photobacterium leiognathi, Ph. phosphoreum, Vibrio harveyi, V. fischeri). Выделены наиболее продуктивные штаммы, и определены условия, обеспечивающие высокие выходы полимера в периодической культуре (40-70% к весу сухого в-ва клетки). Обнаружена способность представителей Ph. leiognathi и V. harveyi синтезировать двух- и трехкомпонентные полимеры, содержащие в кач-ве основного мономера гидроксимасляную к-ту и в кач-ве минорных - гидроксивалериановую и гидроксигексановую к-ты. Результаты позволяют рассматривать светящиеся микроорганизмы в кач-ве новых продуцентов многокомпонентных полигидроксиалканоатов. Россия, Ин-т биофизики СО РАН, Красноярск. E-mail: araneus@mail.ru. Библ. 22

Держатели документа:
Институт биофизики СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Бояндин, А.Н.; Калачева, Г.С.; Родичева, Э.К.; Волова, Т.Г.

Найти похожие

^a341.27.17.09.07.23.19^2VINITI
Г 51

Гительзон, И. И.
Регуляция биолюминесцентной системы бактерий и ее экологическая функция [Текст] : научное издание / И. И. Гительзон, Б. А. Илларионов // Всес. конф. Регуляция микроб. метаболизма, Пущино, 12-14 июня, 1989. - Пущино, 1989. - С. 144

ГРНТИ

34.27.17

РУБ 341.27.17.09.07.23.19
Рубрики:
СВЕТЯЩИЕСЯ БАКТЕРИИ
   БИОЛЮМИНЕСЦЕНЦИЯ
   БИОЛЮМИНЕСЦЕНТНАЯ СИСТЕМА
   ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ФУНКЦИЯ
   ЛЮЦИФЕРАЗА
   РЕГУЛЯЦИЯ
   РЕГУЛЯТОРНЫЕ ГЕНЫ
   LUX-ГЕНЫ
   КОНФЕРЕНЦИИ
   СССР
   ПУЩИНО
   1989
   ИЮНЬ
Аннотация: Способность фотобактерий излучать свет при соокислении восстановленного FMHH[2] и длинноцепочечного альдегида (C[1][0]-С[1][6]) обеспечена специфическим ферментом - люциферазой, представляющим собой гетеродимер с массой для 'ню'-субъединицы около 40 кДа и 'бета' - около 36 кД с незначительными межродовыми различиями. Гены, относящиеся к люминесцентной системе, тесно сцеплены, что позволило клонировать их в одном фрагменте ДНК. Lux-гены организованы в два оперона, расположенные в хромосоме рядом. Оперон L содержит ген Lux R, продукт которого участвует в регуляции биолюминесценции. Оперон R содержит пять генов: Lux I (регуляция биолюминесценции), Lux A и Lux B ('альфа'- и 'бета'-субъединицы люциферазы). У Ph. leiognathi нами обнаружен после Lux B ген Lux G, функция которого пока не выяснена, кодируемый им белок имеет 26% гомологию с 'бета'-субъединицей люциферазы. У светящихся бактерий обнаружена своеобразная, практически нигде более не встреченная система регуляции синтеза люциферазы через аутоиндукцию видоспецифическим метаболитом. Для N. fischeri это N-('бета'-кетакапроил) гомосеринлактон, его синтез определяется Lux I геном. В Кл аутоиндуктор связывается с рецепторным белком, продуктом Lux R-гена. При достижении пороговой конц-ии этот комплекс активирует транскрипцию R-оперона. Аутоиндуктор свободно проникает через клеточную мембрану. Т. обр., синтез люциферазы регулируется плотностью культуры бактерий. Показано, что светящиеся бактерии в море встречаются преимущественно в форме агрегаций, то есть в культурах высокой плотности; в этих условиях их свечение, стимулированное аутоиндуктором, привлекает потенциального хозяина - рыб, моллюсков, в кишечнике к-рых они наиболее часто встречаются в роли факультативных симбионтов. Свечение бактерий, благодаря легкости его регистрации, представляет собой исключительно благородный объект для изучения регуляции бактериального метаболизма.

Доп.точки доступа:
Илларионов, Б.А.

Найти похожие

^a341.35.33.57.47.37.33.31^2VINITI
Д 79

Дубовская, О. П.
Оценка возможных причин не связанной с хищниками смертности рачкового зоопланктона в небольшом сибирском водохранилище [Текст] : научное издание / О. П. Дубовская // Сиб. экол. ж. - 2006. - Т. 13, N 1. - С. 31-41 . - ISSN 0869-8619

ГРНТИ

34.35.33

РУБ 341.35.33.57.47.37.33.31
Рубрики:
ЗООПЛАНКТОН
   ВОДОХРАНИЛИЩА
   ПРИЧИНЫ СМЕРТНОСТИ
   РАЧКИ
   СИБИРЬ
Аннотация: В вегетационные сезоны 1997-2000 гг. оценивалась новым прямым методом на основе учета мертвых особей и измерения скорости их оседания с помощью седиментационной ловушки не связанная с хищниками (естественная) удельная смертность двух доминантных видов зоопланктона - Daphnia longispina (в один год D. cucullata) и Cyclops vicinus. Одновременно измеряемые экологические факторы: температура воды, pH, растворенный кислород, биомасса цианобактерий, диатомовых, зеленых и эвгленовых водорослей, процентное содержание в сестоне полиненасыщенных жирных кислот семейства 'омега'3 - эйкозапентаеновой (ЭПК) и 'альфа'-линоленовой рассматривались как возможные причины смертности при проведении мультивариантного канонического корреляционного анализа. Токсичность воды из-за "цветения" цианобактерий в водоеме была исключена на основе ранее проведенного исследования. Обнаружено, что уровень ЭПК, отрицательно коррелирующий с удельной естественной смертностью Daphnia, является наилучшим предиктором последней и более 50% вариабельности смертности может быть связано с этим фактором. Также получено достоверное отрицательное влияние на смертность дафнии биомассы зеленых водорослей, хотя и менее существенное, чем влияние ЭПК и 'альфа'-линоленовой кислоты. В то же время часть дисперсии не связанной с хищниками удельной смертности дафнии и вся дисперсия этой же смертности циклопа остаются необъясненными и нуждаются в дальнейших исследованиях. Россия, Ин-т биофизики СО РАН 660036 Красноярск, Академгородок. Библ. 37

Держатели документа:
ИБФ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Найти похожие

^a341.35.33.57.02^2VINITI
Д 79

Дубовская, О. П.
Не связанная с хищниками смертность планктонных ракообразных, ее возможные причины. Обзор литературы [Текст] : научное издание / О. П. Дубовская // Ж. общ. биол. - 2009. - Т. 70, N 2. - С. 168-192 . - ISSN 0044-4596

ГРНТИ

34.35.33

РУБ 341.35.33.57.02
Рубрики:
РАКООБРАЗНЫЕ
   СМЕРТНОСТЬ
   ПЛАНКТОН
   ОБЗОРЫ
Аннотация: В природных популяциях рачкового зоопланктона определяемая косвенным образом (как разность между рождаемостью и скоростью изменения численности) общая смертность (d) включает в себя смертность от потребления хищниками и "не связанную с хищниками" или "естественную" смертность от старости, болезней и паразитов, голодания, действия неблагоприятных физических и химических факторов природного и антропогенного происхождения. Кратко охарактеризованы современные методы оценки не связанной с хищниками смертности планктонных ракообразных, включая метод прямого определения на основе учета мертвых особей в водоеме путем специального окрашивания проб и измерения скорости осаждения мертвых с помощью седиментационной ловушки. На примере различных (в основном пресных) водоемов умеренных широт рассмотрены возможные причины (факторы) этой смертности, а именно: физические - температура, ветровое воздействие, ультрафиолетовая радиация, мутность, скорость стокового течения воды; химические - содержание растворенного кислорода, величина pH, токсическое воздействие, которое включает антропогенное (поступление токсикантов) и природное (от "цветения" токсичных цианобактерий и потребления некоторых диатомовых копеподами); паразиты и эпибионты; трофические факторы - количество и качество пищи: первое как содержание в ней углерода (энергии) и второе как содержание в ней незаменимых компонентов. На основе анализа современной литературы сделано заключение, что для популяций лимнического рачкового зоопланктона (на примере растительноядного) в некислых водоемах умеренных широт при скорости течения ниже критической (0.25 м/с) и при отсутствии поступления антропогенных токсикантов, наиболее важными и вероятными причинами не связанной с хищниками смертности оказываются биотические факторы: в первую очередь низкое качество пищи в виде недостатка в ней фосфора, азота, полиненасыщенных жирных кислот семейства 'омега'3 и др., а также микропаразиты, вызывающие инфекции, и реже (только в "цветущих" водоемах) - природная токсичность синезеленых. Неоптимальные для зоопланктона физические и химические факторы как причины не связанной с хищниками смертности планктонных ракообразных представляются маловажными, так как воздействуют эпизодически во времени и локально в пространстве, и зоопланктон способен избегать их и быстро восстанавливаться. Россия, Ин-т биофизики СО РАН, Красноярск

Держатели документа:
ИБФ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Найти похожие

^a341.27.39.09.25^2VINITI
М 42

Медико-биологические свойства полиоксиалканоатов - биодеградируемых бактериальных полимеров [Текст] : научное издание / В. И. Севастьянов [и др.] // Перспект. матер. - 2001. - N 5. - С. 46-55 . - ISSN 1028-978X

ГРНТИ

34.27.39

РУБ 341.27.39.09.25
Рубрики:
БИОПОЛИМЕРЫ
   БИОДЕГРАДИРУЕМЫЕ БИОПОЛИМЕРЫ
   БАКТЕРИАЛЬНЫЕ ПОЛИМЕРЫ
   ПОЛИОКСИАЛКАНОАТЫ
   МЕДИКО-БИОЛОГИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА
   ИЗУЧЕНИЕ
   ПРИМЕНЕНИЕ В МЕДИЦИНЕ
   БИОМЕДИЦИНСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
   ALCALIGENES EUTROPHUS (BACT.)
   ШТАММ B5786
Аннотация: Исследованы медико-биологические свойства отечественных полиоксиалканоатов - гомогенного полиоксибутирата и сополимеров оксибутирата с оксивалератом, синтезированных водородными бактериями Alcaligenes eutrophus B5786. По изученным показателям не обнаружено принципиальных отличий санитарно-химических и токсикологических свойств у гомо- и сополимерных полиоксиалканоатов. Имеющийся значительный разброс данных в ходе санитарно-химических тестов водных вытяжек полимеров при регистрации pH и УФ-поглощения, наличие активации ферментных систем крови образцами ПОА (in vitro) и воспалительных реакций при имплантации материала в переднюю камеру глаза (in vitro) позволяют предположить присутствие в образцах примесей биологически активных веществ. Доказано, что фактором, активирующим системы гемостаза, могут быть длинноцепочные жирные кислоты, входящие в состав липидной фракции ЛПС мембран клеток продуцента. Проведенный in vitro экспресс-анализ гемосовместимых свойств очищенных по специальной схеме полиоксиалканоатов дает возможность отнести гомогенный полиоксибутират, а также сополимеры оксибутирата с оксивалератом не только к биосовместимым, но и к гемосовместимым материалам. Библ. 31
: 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Севастьянов, В.И.; Перова, Н.В.; Довжик, И.А.; Титушкин, И.А.; Немец, Е.А.; Беломестная, З.М.; Шишацкая, Е.И.; Волова, Т.Г.

Найти похожие

^a343.27.51^2VINITI
К 41

Кинетика роста дрожжей С. tropicalis 29-10 pH-стате при адаптации к хлористому натрию [Текст] : научное издание / Н. С. Печуркин [и др.] // Контроль и упр. биотехнол. процессами. Тез. Всес. конф., Горький, 20-24 мая, 1985. - Горький, 1985. - С. 30-31

ГРНТИ

34.27.51

РУБ 343.27.51
Рубрики:
CANDIDA TROPICALIS 29-10
   РЕЗИСТЕНТНОСТЬ К NACL
   КИНЕТИКА РОСТА
   ДРОЖЖИ
: 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Печуркин, Н.С.; Фуряева, А.В.; Тушкова, Г.И.; Псьман, Т.И.; Саубенова, М.Г.; Мухамедиева, У.С.; Пузыревская, О.М.

Найти похожие

577.34
И 73


    Интенсивность накопления урана-238 представителями разных экологических уровней экосистемы р. Енисей [Текст] / Сибирское Отделение Российской академии наук, Институт биофизики СО РАН ; Институт биофизики СО РАН // Вестник Томского государственного университета. Биология. - 2016. - № 2 (34) . - С. 161-171DOI 10.17223/19988591/34/11
   Перевод заглавия: Accumulation of uranium-238 by representatives of different ecological levels in the Yenisei River ecosystem

УДК

577.34

597.5

Кл.слова (ненормированные):
коэффициент накопления -- трофический уровень -- Philolimnogammarus viridis -- Fointinalis antipyretica -- Thymallus arcticus -- Esox lucius)
Аннотация: В результате многолетних исследований (2010-2013) получены данные по накоплению урана-238 в гидробионтах разных трофических уровней экосистемы р. Енисей. Пробы водного мха (Fointinalis antipyretica), зообентоса (Philolimnogammarus viridis и Ph. Cyaneus), сибирского хариуса (Thymallus arcticus) и щуки (Esox lucius) отбирали в районе ранее зарегистрированного повышенного содержания урана в воде р. Енисей (вблизи радиоактивных сбросов Горно-химического комбината Росатома). Показано, что уран способен эффективно накапливаться из воды в биомассе всех исследованных гидробионтов. Максимальные коэффициенты накопления (КН) урана получены для водного мха, что многократно превышает КН урана для зообентоса и мышечной ткани рыб. Средние значения КН урана для зообентоса статистически значимо превышают КН в мышцах рыб за весь период наблюдения. Не выявлено статистически значимых отличий в накоплении урана рыбами разного трофического уровня (хариус и щука)
The aim of the research was a comparative evaluation of the intensity of uranium-238 accumulation in the biomass of aquatic organisms, occupying different trophic levels in the ecosystem of the Yenisei river. Previously, uranium-238 at concentrations higher than the background ones was detected in water and sediment samples of the Yenisei River collected close to the discharge site of one of the Rosatom facilities (the Mining-and-Chemical Combine). However, radioecological studies of the Yenisei River ecosystem have not focused on uranium isotopes in aquatic organisms so far. The toxic effects of uranium on living organisms are known to be based on its both radioactive and chemical properties. We conducted a study on accumulation of uranium-238 in aquatic organisms at different trophic levels in the Yenisei River ecosystem between 2010 and 2013. We collected samples of aquatic moss (Fointinalis antipyretica), zoobenthos (Philolimnogammarus viridis and Ph. cyaneus), arctic grayling (Thymallus arcticus), and pike (Esox lucius) from the Yenisei region at a distance of 85-90 km downstream of Krasnoyarsk (5-10 km downstream of the radioactive discharge of the Mining-and-Chemical Combine). Data on samples are shown in Table 1. We determined uranium concentration in the samples of aquatic organisms by neutron activation analysis, in water - by ICP-MS (Table 2). The study shows that uranium can be effectively concentrated from water and accumulate in the biomass of all aquatic organisms used in experiments. The highest uranium concentration factors (CFs) were obtained for aquatic moss, and they were several times higher than the uranium CFs for zoobenthos and fish muscles. Based on the uranium concentration from water, all aquatic organisms of the Yenisei River used in this study can be ranked as follows: aquatic moss > gammarids > grayling = pike. No statistically significant difference has been found between uranium accumulation by fish of different trophic levels (Arctic grayling and pike). The uranium CFs obtained in this study is comparable with the literature data on the CFs of artificial radionuclides for aquatic moss and fish of the Yenisei River

смотреть полный текст
Держатели документа:
Институт биофизики Сибирского отделения Российской академии наук : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Болсуновский, Александр Яковлевич; Трофимова, Елена Александровна; Дементьев, Дмитрий Владимирович; Карпов, Антон Дмитриевич; Институт биофизики Сибирского отделения Российской Академии наук (Красноярск)

Найти похожие

10.

^a341.57.21^2VINITI
Б 63

Биодеградация шовных нитей на основе полиоксиалканоатов в биологических средах [Текст] : научное издание / Е. И. Шишацкая [и др.] // Перспект. матер. - 2002. - N 2. - С. 56-62 . - ISSN 1028-978X

ГРНТИ

34.57.21

РУБ 341.57.21
Рубрики:
БИОПОЛИМЕРЫ
   ПОЛИОКСИАЛКАНОАТЫ
   БИОМАТЕРИАЛЫ
   ШОВНЫЕ НИТИ
   БИОДЕГРАДАЦИЯ
   БИОЛОГИЧЕСКИЕ СРЕДЫ
   IN VITRO
   IN VIVO
Аннотация: Исследована биодеградация экспериментальных образцов шовных нитей, изготовленных из полиоксиалканоатов (ПОА) (полиоксибутирата, ПОБ, и сополимеров полиоксибутирата и оксивалерата, ПОБ/ПОВ) в буферных растворах, биологических средах in vitro и in vivo. Биодеструкция волокон in vitro в крови и сыворотке и in vivo сопровождается уменьшением массы нитей и незначительными изменениями микроструктуры без существенной потери прочности в течение длительного времени (до 180 суток). Скорость биодеградации нитей у менее кристалличного гетерогенного ПОБ/ПОВ выше, чем у гомогенного ПОБ. В биодеструкции нитей in vivo участвуют как ферменты тканевой жидкости, так и клетки (макрофаги и гигантские клетки инородных тел). Разрушению подвергается поверхность нитей без образования грубых дефектов и значительной потери прочности. Полимерные волокна устойчивы к гидролитической деградации в буферных растворах при 38'ГРАДУС'C в диапазоне pH 4,5-7,0. Россия, Ин-т биофизики СО РАН. Библ. 19
: 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Шишацкая, Е.И.; Волова, Т.Г.; Гордеев, С.А.; Пузырь, А.П.

Найти похожие

11.

Violet bioluminescence and fast kinetics from W92F obelin: Structure-based proposals for the bioluminescence triggering and the identification of the emitting species [Text] / E. S. Vysotski [et al.] // Biochemistry. - 2003. - Vol. 42, Is. 20. - P6013-6024, DOI 10.1021/bi027258h. - Cited References: 45 . - ISSN 0006-2960

РУБ Biochemistry & Molecular Biology
Рубрики:
RAY CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS
   PHOTOPROTEIN AEQUORIN
   ANGSTROM RESOLUTION
   RECOMBINANT OBELIN
   CALCIUM
   LUMINESCENCE
   LONGISSIMA
   EVOLUTION
   PROTEINS
   COELENTERAZINE
Аннотация: Obelin from the hydroid Obelia longissima and aequorin are members of a subfamily of Ca2+-regulated photoproteins that is a part of the larger EF-hand calcium binding protein family. On the addition of Ca2+, obelin generates a blue bioluminescence emission (lambda(max) = 485 nm) as the result of the oxidative decarboxylation of the bound substrate, coelenterazine. The W92F obelin mutant is noteworthy because of the unusually high speed with which it responds to sudden changes of [Ca2+] and because it emits violet light rather than blue due to a prominent band with lambda(max) = 405 nm. Increase of pH in the range from 5.5 to 8.5 and using D2O both diminish the contribution of the 405 nm band, indicating that excited state proton transfer is involved. Fluorescence model studies have suggested the origin of the 485 nm emission as the excited state of an anion of coelenteramide, the bioluminescence reaction product, and 405 nm from the excited neutral state. Assuming that the dimensions of the substrate binding cavity do not change during the excited state formation, a His22 residue within hydrogen bonding distance to the 6-(p-hydroxy)-phenyl group of the excited coelenteramide is a likely candidate for accepting the phenol proton to produce an ion-pair excited state, in support of recent suggestions for the bioluminescence emitting state. The proton transfer could be impeded by removal of the Trp92 H-bond, resulting in strong enhancement of a 405 nm band giving the violet color of bioluminescence. Comparative analysis of 3D structures of the wild-type (WT) and W92F obelins reveals that there are structural displacements of certain key Ca2+-ligating residues in the loops of the two C-terminal EF hands as well as clear differences in hydrogen bond networks in W92F. For instance, the hydrogen bond between the side-chain oxygen atom of Asp 169 and the main-chain nitrogen of Arg112 binds together the incoming alpha-helix of loop III and the exiting cc-helix of loop IV in WT, providing probably concerted changes in these EF hands on calcium binding. But this linkage is not found in W92F obelin. These differences apparently do not change the overall affinity to calcium of W92F obelin but may account for the kinetic differences between the WT and mutant obelins. From analysis of the hydrogen bond network in the coelenterazine binding cavity, it is proposed that the trigger for bioluminescence reaction in these Ca2+-regulated photoproteins may be a shift of the hydrogen bond donor-acceptor separations around the coelenterazine-2-hydroperoxy substrate, initiated by small spatial adjustment of the exiting a-helix of loop IV.

Держатели документа:
Univ Georgia, Dept Biochem & Mol Biol, Athens, GA 30602 USA
Univ Georgia, Dept Chem, Athens, GA USA
RAS, SB, Photobiol Lab, Inst Biophys, Krasnoyarsk, Russia
Univ Washington, Friday Harbor Labs, Seattle, WA 98195 USA
ИБФ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Vysotski, E.S.; Liu, Z.J.; Markova, S.V.; Blinks, J.R.; Deng, L...; Frank, L.A.; Herko, M...; Malikova, N.P.; Rose, J.P.; Wang, B.C.; Lee, J...

Найти похожие

12.

Trends in microevolution of microbial populations in open systems / A. V. Brilkov [et al.] // Doklady Biochemistry and Biophysics. - 2005. - Vol. 404, Is. 1-6. - P349-352, DOI 10.1007/s10628-005-0111-x . - ISSN 1607-6729
Кл.слова (ненормированные):
article -- bacterial phenomena and functions -- bacterium -- biological model -- culture technique -- Escherichia coli -- evolution -- genetics -- growth, development and aging -- mathematics -- methodology -- mutation -- nanotechnology -- pH -- physiology -- population dynamics -- time -- Bacteria -- Bacterial Physiology -- Cell Culture Techniques -- Escherichia coli -- Evolution -- Hydrogen-Ion Concentration -- Mathematics -- Models, Biological -- Mutation -- Nanotechnology -- Population Dynamics -- Time Factors

Scopus
Держатели документа:
Krasnoyarsk State University, Krasnoyarsk, 660062, Russian Federation
Institute of Biophysics, Siberian Division, Russian Academy of Sciences, Akademgorodok, Krasnoyarsk, 660036, Russian Federation : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Brilkov, A.V.; Loginov, I.A.; Morozova, E.V.; Pechurkin, N.S.

Найти похожие

13.

The role of acidosis in the pathogenesis of severe forms of COVID-19 / Y. D. Nechipurenko, D. A. Semyonov, I. A. Lavrinenko [et al.] // Biology. - 2021. - Vol. 10, Is. 9. - Ст. 852, DOI 10.3390/biology10090852 . - ISSN 2079-7737
Кл.слова (ненормированные):
Acidosis -- Bohr effect -- COVID-19 -- Hypoxia -- Lactate -- PH -- SARS-CoV-2 -- Saturation
Аннотация: COVID-19 has specific characteristics that distinguish this disease from many other infec-tions. We suggest that the pathogenesis of severe forms of COVID-19 can be associated with acidosis. This review article discusses several mechanisms potentially linking the damaging effects of COVID-19 with acidosis and shows the existence of a vicious cycle between the development of hypoxia and acidosis in COVID-19 patients. At the early stages of the disease, inflammation, difficulty in gas exchange in the lungs and thrombosis collectively contribute to the onset of acidosis. In accordance with the Verigo-Bohr effect, a decrease in blood pH leads to a decrease in oxygen saturation, which contributes to the exacerbation of acidosis and results in a deterioration of the patient’s condition. A decrease in pH can also cause conformational changes in the S-protein of the virus and thus lead to a decrease in the affinity and avidity of protective antibodies. Hypoxia and acidosis lead to dysregu-lation of the immune system and multidirectional pro-and anti-inflammatory reactions, resulting in the development of a “cytokine storm”. In this review, we highlight the potential importance of supporting normal blood pH as an approach to COVID-19 therapy. © 2021 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.

Scopus
Держатели документа:
Laboratory DNA-Protein Recognition, Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences, Moscow, 119991, Russian Federation
Institute of Molecular Medicine and Pathobiochemistry, Voyno-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University, Krasnoyarsk, 660022, Russian Federation
Institute of Biophysics Siberian Branch of Russian Academy of Sciences, Krasnoyarsk, 660036, Russian Federation
Department of Human and Animal Physiology, Faculty of Medicine and Biology, Voronezh State University, Voronezh, 394018, Russian Federation
Department of Biological and Medical Physics, Moscow Institute of Physics and Technology, Moscow Region, Dolgoprudny, 141701, Russian Federation
Department of Biophysics, Faculty of Physics, Lomonosov Moscow State University, Moscow, 119991, Russian Federation
Laboratory of Medical Analytical Methods and Devices, Institute for Analytical Instrumentation of the Russian Academy of Sciences, St. Petersburg, 198095, Russian Federation
Sendai Viralytics LLC, Acton, MA 117261, United States
Laboratory of Cellular Bases for the Development of Malignant Diseases, Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences, Moscow, 119991, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Nechipurenko, Y. D.; Semyonov, D. A.; Lavrinenko, I. A.; Lagutkin, D. A.; Generalov, E. A.; Zaitceva, A. Y.; Matveeva, O. V.; Yegorov, Y. E.

Найти похожие

14.

The Role of Acidosis in the Pathogenesis of Severe Forms of COVID-19 / Y. D. Nechipurenko, D. A. Semyonov, I. A. Lavrinenko [et al.] // Biology-Basel. - 2021. - Vol. 10, Is. 9. - Ст. 852, DOI 10.3390/biology10090852. - Cited References:86. - This research was funded by the Presidium of the Russian Academy of Sciences for Molecular and Cellular Biology and the Program of Fundamental Research for State Academies for years 2013-2020, project no. 01201363818. . - ISSN 2079-7737

РУБ Biology
Рубрики:
RESPIRATORY-ACIDOSIS
   LACTATE
   COAGULATION
   GLYCOLYSIS
   SECRETION
Кл.слова (ненормированные):
SARS-CoV-2 -- COVID-19 -- acidosis -- hypoxia -- saturation -- Bohr effect -- lactate -- pH
Аннотация: Simple Summary Recently, several studies have shown that acidosis, which is increased acidity in the blood and other body tissues, is often associated with severe COVID-19. In this article, we look at the mechanisms and consequences of acidosis that can lead to an exacerbation of COVID-19. We want to draw the attention of readers to the threshold values of such disease characteristics as hypoxia and acidosis, which are associated with a sharp deterioration in the patient's condition. Hypoxia and acidosis mutually reinforce each other according to the principle of a vicious cycle (that is, they are involved in a system of positive feedbacks). Elevated blood lactate (lactic acid) levels are associated with poor clinical outcomes in COVID patients. As a practical recommendation, we propose to pay more attention to the prevention of acidosis, including in the early stages of the disease, when the adjustment of homeostasis requires less effort and is less risky. COVID-19 has specific characteristics that distinguish this disease from many other infections. We suggest that the pathogenesis of severe forms of COVID-19 can be associated with acidosis. This review article discusses several mechanisms potentially linking the damaging effects of COVID-19 with acidosis and shows the existence of a vicious cycle between the development of hypoxia and acidosis in COVID-19 patients. At the early stages of the disease, inflammation, difficulty in gas exchange in the lungs and thrombosis collectively contribute to the onset of acidosis. In accordance with the Verigo-Bohr effect, a decrease in blood pH leads to a decrease in oxygen saturation, which contributes to the exacerbation of acidosis and results in a deterioration of the patient's condition. A decrease in pH can also cause conformational changes in the S-protein of the virus and thus lead to a decrease in the affinity and avidity of protective antibodies. Hypoxia and acidosis lead to dysregulation of the immune system and multidirectional pro- and anti-inflammatory reactions, resulting in the development of a "cytokine storm". In this review, we highlight the potential importance of supporting normal blood pH as an approach to COVID-19 therapy.

WOS
Держатели документа:
Russian Acad Sci, Engelhardt Inst Mol Biol, Lab DNA Prot Recognit, Moscow 119991, Russia.
Voyno Yasenetsky Krasnoyarsk State Med Univ, Inst Mol Med & Pathobiochem, Krasnoyarsk 660022, Russia.
Russian Acad Sci, Inst Biophys, Siberian Branch, Krasnoyarsk 660036, Russia.
Voronezh State Univ, Fac Med & Biol, Dept Human & Anim Physiol, Voronezh 394018, Russia.
Moscow Inst Phys & Technol, Dept Biol & Med Phys, Dolgoprudnyi 141701, Russia.
Lomonosov Moscow State Univ, Fac Phys, Dept Biophys, Moscow 119991, Russia.
Russian Acad Sci, Lab Med Analyt Methods & Devices, Inst Analyt Instrumentat, St Petersburg 198095, Russia.
Sendai Viralyt LLC, Acton, MA USA.
Russian Acad Sci, Engelhardt Inst Mol Biol, Lab Cellular Bases Dev Malignant Dis, Moscow 119991, Russia.

Доп.точки доступа:
Nechipurenko, Yury D.; Semyonov, Denis A.; Lavrinenko, Igor A.; Lagutkin, Denis A.; Generalov, Evgenii A.; Zaitceva, Anna Y.; Matveeva, Olga, V; Yegorov, Yegor E.; Lagutkin, Denis; Presidium of the Russian Academy of Sciences for Molecular and Cellular Biology; Program of Fundamental Research for State Academies for years 2013-2020 [01201363818]

Найти похожие

15.

The light-sensitive photoprotein berovin from the bioluminescent ctenophore Beroe abyssicola: a novel type of Ca2+-regulated photoprotein / S. V. Markova [et al.] // FEBS J. - 2012. - Vol. 279, Is. 5. - P856-870, DOI 10.1111/j.1742-4658.2012.08476.x. - Cited References: 63. - The authors thank Natalia Chervyakova from Department of Zoology of Invertebrates of Moscow State University for the photo of the White Sea ctenophore Beroe abyssicola. This work was supported by RFBR grant 09-04-00172, by grant 64987.2010.4, Molecular and Cellular Biology program of RAS, and Bayer Pharma AG (Germany). . - ISSN 1742-464X

РУБ Biochemistry & Molecular Biology
Рубрики:
CALCIUM-ACTIVATED PHOTOPROTEINS
   C-TERMINAL PROLINE
   SEQUENCE-ANALYSIS
   MNEMIOPSIS-SP
   COELENTERAZINE-BINDING
   ANGSTROM RESOLUTION
   RECOMBINANT OBELIN
   CRYSTAL-STRUCTURES
   EXCITED-STATE
   CDNA CLONING
Кл.слова (ненормированные):
bioluminescence -- calcium -- coelenterazine -- luciferase -- mammalian expression
Аннотация: Light-sensitive Ca2+-regulated photoproteins are responsible for the bright bioluminescence of ctenophores. Using functional screening, four full-size cDNA genes encoding the same 208-amino-acid polypeptide were isolated from two independent cDNA libraries prepared from two Beroe abyssicola specimens. Sequence analysis revealed three canonical EF-hand calcium-binding sites characteristic of Ca2+-regulated photoproteins, but a very low degree of sequence identity (2729%) with aequorin-type photoproteins, despite functional similarities. Recombinant berovin was expressed in Escherichia coli cells, purified, converted to active photoprotein and characterized. Active berovin has absorption maxima at 280 and 437 nm. The Ca2+-discharged protein loses visible absorption, but exhibits a new absorption maximum at 335 nm. The berovin bioluminescence is blue (?max = 491 nm) and a change in pH over the range 6.09.5 has no significant effect on the light emission spectrum. By contrast, the fluorescence of Ca2+-discharged protein (?ex = 350 nm) is pH sensitive: at neutral pH the maximum is at 420 nm and at alkaline pH there are two maxima at 410 and 485 nm. Like native ctenophore photoproteins, recombinant berovin is also inactivated by light. The Ca2+ concentrationeffect curve is a sigmoid with a slope on a loglog plot of similar to 2.5. Although this curve for berovin is very similar to those obtained for obelin and aequorin, there are evident distinctions: berovin responds to calcium changes at lower concentrations than jellyfish photoproteins and its Ca2+-independent luminescence is low. Recombinant berovin was successfully expressed in mammalian cells, thereby demonstrating potential for monitoring intracellular calcium.

Держатели документа:
[Vysotski, Eugene S.] Russian Acad Sci, Siberian Branch, Inst Biophys, Photobiol Lab, Krasnoyarsk 660036, Russia
[Markova, Svetlana V.
Burakova, Ludmila P.
Malikova, Natalia P.
Frank, Ludmila A.
Vysotski, Eugene S.] Siberian Fed Univ, Dept Biophys, Krasnoyarsk, Russia
[Golz, Stefan] Bayer Pharma AG, Global Drug Discovery, Wuppertal, Germany
ИБФ СО РАН : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Markova, S.V.; Burakova, L.P.; Golz, S...; Malikova, N.P.; Frank, L.A.; Vysotski, E.S.

Найти похожие

16.

The effect of temperature on the growth kinetics of Candida tropicalis 29-10 continuously cultivated in the pH-stat at different growth-limiting conditions / A. V. Furyaeva, V. T. Shevchenko, N. S. Pechurkin // Prikladnaya Biokhimiya i Mikrobiologiya. - 1986. - Vol. 22, Is. 2. - С. 243-247 . - ISSN 0555-1099
Кл.слова (ненормированные):
candida tropicalis -- continuous culture -- fungus -- growth -- nonhuman -- ph -- temperature

Scopus
Держатели документа:
Institute of Biophysics, Siberian Branch of the USSR Academy of Sciences, Krasnoyarsk, Russia : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Furyaeva, A.V.; Shevchenko, V.T.; Pechurkin, N.S.

Найти похожие

17.

Synthesis of reserve polyhydroxyalkanoates by luminescent bacteria / A. N. Boyandin [et al.] // Microbiology. - 2008. - Vol. 77, Is. 3. - P318-323, DOI 10.1134/S0026261708030119 . - ISSN 0026-2617
Кл.слова (ненормированные):
Biosynthesis -- Chemical structure -- Luminescent bacteria -- Polyhydroxyalkanoates (PHA) -- Bacteria (microorganisms) -- Photobacterium leiognathi -- Vibrio harveyi
Аннотация: The ability of marine luminescent bacteria to synthesize polyesters of hydroxycarboxylic acids (polyhydroxyalkanoates, PHA) as reserve macromolecules was studied. Twenty strains from the collection of the luminescent bacteria CCIBSO (WDCM839) of the Institute of Biophysics, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences, assigned to different taxa (Photobacterium leiognathi, Ph. phosphoreum, Vibrio harveyi, and V. fischeri) were analyzed. The most productive strains were identified, and the conditions ensuring high polymer yields in batch culture (40-70% of the cell dry mass weight) were determined. The capacity for synthesizing two-and three-component polymers containing hydroxybutyric acid as the main monomer and hydroxyvaleric and hydroxyhexanoic acids was revealed in Ph. leiognathi and V. harveyi strains. The results allow luminescent microorganisms to be regarded as new producers of multicomponent polyhydroxyalkanoates. В© 2008 MAIK Nauka.

Scopus
Держатели документа:
Institute of Biophysics, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences, Krasnoyarsk, Russian Federation
Siberian Federal University, Krasnoyarsk, Russian Federation : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Boyandin, A.N.; Kalacheva, G.S.; Rodicheva, E.K.; Volova, T.G.

Найти похожие

18.

Synthesis of biomass and utilization of plants wastes in a physical model of biological life-support system / A. A. Tikhomirov [et al.] // Acta Astronautica. - 2003. - Vol. 53, Is. 4-10. - P249-257, DOI 10.1016/S0094-5765(03)00137-1 . - ISSN 0094-5765
Кл.слова (ненормированные):
Ecosystems -- Microorganisms -- pH -- Photosynthesis -- Plants (botany) -- Synthesis (chemical) -- Waste utilization -- Biological life support systems (BLLS) -- Gas exchange -- Plant respiration -- Biomass -- carbon dioxide -- Agaricales -- article -- biomass -- bioremediation -- growth, development and aging -- hydroponics -- incineration -- metabolism -- methodology -- microbiology -- microclimate -- photosynthesis -- plant physiology -- radish -- space flight -- waste management -- weightlessness -- wheat -- Agaricales -- Biodegradation, Environmental -- Biomass -- Carbon Dioxide -- Ecological Systems, Closed -- Environmental Microbiology -- Hydroponics -- Incineration -- Life Support Systems -- Photosynthesis -- Plant Physiology -- Raphanus -- Space Flight -- Triticum -- Waste Management -- Weightlessness
Аннотация: The paper considers problems of biosynthesis of higher plants' biomass and "biological incineration" of plant wastes in a working physical model of biological LSS. The plant wastes are "biologically incinerated" in a special heterotrophic block involving Califomian worms, mushrooms and straw. The block processes plant wastes (straw, haulms) to produce soil-like substrate (SLS) on which plants (wheat, radish) are grown. Gas exchange in such a system consists of respiratory gas exchange of SLS and photosynthesis and respiration of plants. Specifics of gas exchange dynamics of high plants - SLS complex has been considered. Relationship between such a gas exchange and PAR irradiance and age of plants has been established. Nitrogen and iron were found to the first to limit plants' growth on SLS when process conditions are deranged. The SLS microflora has been found to have different kinds of ammonifying and denitrifying bacteria which is indicative of intensive transformation of nitrogen-containing compounds. The number of physiological groups of microorganisms in SLS was, on the whole, steady. As a result, organic substances - products of exchange of plants and microorganisms were not accumulated in the medium, but mineralized and assimilated by the biocenosis. Experiments showed that the developed model of a man-made ecosystem realized complete utilization of plant wastes and involved them into the intrasystem turnover. В© 2003 International Astronautical Federation. Published by Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

Scopus
Держатели документа:
Institute of Biophysics, Russian Academy of Sciences, Siberian Branch, Krasnoyarsk, Russian Federation
Universite B. Pascal, Clermont-Ferrand, France
Environ. Contr. Life Support Sect., ESA, Estec Noonvijk, Netherlands : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Tikhomirov, A.A.; Ushakova, S.A.; Manukovsky, N.S.; Lisovsky, G.M.; Kudenko, Yu.A.; Koyalev, V.S.; Gribovskaya, I.V.; Tirranen, L.S.; Zolotukhin, I.G.; Gros, J.B.; Lasseur, Ch.

Найти похожие

19.

Studies of biodegradation of microbial polyhydroxyalkanoates / T. G. Volova [et al.] // Applied Biochemistry and Microbiology. - 1998. - Vol. 34, Is. 5. - P488-492 . - ISSN 0003-6838
Аннотация: Biodegradation of polyhydroxyalkanoates (PHA) - polymers of hydroxylated fatty acids - differing in chemical composition, crystallinity, melting temperature, and molecular weight was studied in soil and water environments under conditions of varying ambient temperature and pH. Under similar conditions, homogeneous films of polyhydroxybutyrate (PHB) with different initial properties were degraded at virtually equal rates. Hydroxybutyrate-hydroxyvalerate copolymers with a lower crystallinity and different microstructure in comparison to PHB were degraded at a 20 to 30% higher rate on average. The ambient temperature significantly influenced the rate of PHA biodegradation.

Scopus
Держатели документа:
Institute of Biophysics, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences, Krasnoyarsk, 660036, Russian Federation : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Volova, T.G.; Belyaeva, O.G.; Plotnikov, V.F.; Puzyr', A.P.

Найти похожие

20.

Studies of Biodegradation of Microbial Polyhydroxyalkanoates / T. G. Volova [и др.] // Prikladnaya Biokhimiya i Mikrobiologiya. - 1998. - Vol. 34, Is. 5. - С. 543 . - ISSN 0555-1099
Аннотация: Biodegradation of polyhydroxyalkanoates (PHA) - polymers of hydroxylated fatty acids - differing in chemical composition, crystallinity, melting temperature, and molecular weight was studied in soil and water environments under conditions of varying ambient temperature and pH. Under similar conditions, homogeneous films of polyhydroxybutyrate (PHB) with different initial properties were degraded at virtually equal rates. Hydroxybutyrate-hydroxyvalerate copolymers with a lower crystallinity and different microstructure in comparison to PHB were degraded at a 20 to 30% higher rate on average. The ambient temperature significantly influenced the rate of PHA biodegradation.

Scopus
Держатели документа:
Institute of Biophysics, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences, Krasnoyarsk, 660036, Russian Federation : 660036, Красноярск, Академгородок, д. 50, стр. 50

Доп.точки доступа:
Volova, T.G.; Belyaeva, O.G.; Plotnikov, V.F.; Puzyr', A.P.

Найти похожие