Библиотека института физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Главная

Базы данных

Труды сотрудников ИФ СО РАН - результаты поиска

Вид поиска

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН

Каталог журналов библиотеки ИФ СО РАН

Труды сотрудников ИФ СО РАН

Область поиска

в найденном

Формат представления найденных документов:
полный	информационный	краткий

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>A=Moryachkov, R. V.$<.>)

Общее количество найденных документов : 16
Показаны документы с 1 по 10

1-10 11-16

Molecular structure restoration of aptamers by small angle X-ray scattering and computer simulation / F. N. Tomilin, R. V. Moryachkov, I. A. Shchugoreva [et al.] // Molecular Therapy - Nucleic Acids : book of abstracts of the 1st Int. conf. "Aptamers in Russia 2019". - 2019. - Vol. 17, Suppl. 1. - P. 4

Материалы конференции

Доп.точки доступа:
Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Moryachkov, R. V.; Морячков, Роман Владимирович; Shchugoreva, I. A.; Kaufman, E.; Drevolsky, A.; Sokolov, A. Е.; Соколов, Алексей Эдуардович; Aptamers in Russia, international conference(1 ; 2019 ; Aug. 27-30 ; Krasnoyarsk)
}
Найти похожие

Small-Angle scattering applications to the analysis of aptamer structure and conformational changes / R. V. Moryachkov, V. N. Zabluda, A. Е. Sokolov [et al.] // Molecular Therapy - Nucleic Acids : book of abstracts of the 1st Int. conf. "Aptamers in Russia 2019". - 2019. - Vol. 17, Suppl. 1. - P. 4

Материалы конференции

Доп.точки доступа:
Moryachkov, R. V.; Морячков, Роман Владимирович; Zabluda, V. N.; Заблуда, Владимир Николаевич; Sokolov, A. Е.; Соколов, Алексей Эдуардович; Shchugoreva, I. A.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Peters, G.; Петерс Георгий; Spiridonova, V. A.; Спиридонова В. А.; Aptamers in Russia, international conference(1 ; 2019 ; Aug. 27-30 ; Krasnoyarsk)
}
Найти похожие

    Small-angle scattering applications to the analysis of aptamer structure and conformational changes / R. V. Moryachkov, V. N. Zabluda, A. N. Berlina [et al.] // AIP Conference Proceedings : book of abstracts. - 2020. - Vol. 2299. - Ст. 040002 ; Synchrotron and free electron laser radiation: generation and application (SFR-2020). - Novosibirsk. - P. 45-46, DOI 10.1063/5.0030394. - Cited References: 40. - The reported study was funded by RFBR, project number 19-32-90266 (investigation of the structure changes). This work was financially supported by Russian Science Foundation (project # 19-44-02020, obtaining of the complexes of aptamer and lead ions). We acknowledge the European Synchrotron Radiation Facility for provision of synchrotron radiation facilities (experiment #MX-2039) and we would like to thank Bart Van Laer for assistance in using beamline BM29
   Перевод заглавия: Использование малоуглового рассеяния для анализа структуры и конформационных изменений аптамеров
Аннотация: Aptamers, structured single-chain oligonucleotides, are promising tools for detection of a wide variety of compounds, from high to low molecular weight, and affecting on them. The aptamers that are most affine for a detectable compound are selected from the libraries of random sequences by the SELEX method (Systematic evolution of ligands by exponential enrichment). The reason why aptamers deserve a special consideration lies in the specific features of their structure and the mechanism of binding to their target. Aptamers can be exploited for metal-ion sensing, biosensing, drug delivery and other functions. To apply the oligonucleotides in the medicine, ecology, food production, agriculture, etc., we need to know how the aptamers bind to their targets, how they change their conformation upon specific binding and how the environment influences on the affinity of aptamers. Small-Angle X-ray scattering showed that the interaction of aptamers with heavy metal and other divalent ions proceeds according to different mechanisms, and the aptamers used undergo different conformational changes.

Смотреть статью,
Scopus,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Kirensky Institute of Physics, Akademgorodok 50, bld. 38, Krasnoyarsk, 660012, Russian Federation
Federal Research Center "Krasnoyarsk Science Center SB RAS", Akademgorodok 50, Krasnoyarsk, 660012, Russian Federation
A.N. Bach Institute of Biochemistry, Research Center of Biotechnology of the Russian Academy of Sciences, Leninsky pr. 33, Moscow, 119071, Russian Federation
National Research Center “Kurchatov Institute”, Akademika Kurchatova pl. 1, Moscow, 123182, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Moryachkov, R. V.; Морячков, Роман Владимирович; Zabluda, V. N.; Заблуда, Владимир Николаевич; Berlina, A. N.; Peters, G. S.; Kichkailo, A. S.; Sokolov, A. Е.; Соколов, Алексей Эдуардович; Internetional Conference on Synchrotron and Free Electron Laser Radiation: Generation and Application(2020 ; 13-16 July ; Novosibirsk)

}
Найти похожие

Conformational changes in DNA aptamers upon binding to Pb ions / R. V. Moryachkov, A. N. Berlina, P. V. Artyushenko [et al.] // The Fifth Asian School-Conference on Physics and Technology of Nanostructured Materials : Proceedings. - VLadivostok : Dalnauka Publishing, 2020. - Ст. VII.31.01p. - P. 193. - The reported study was funded by RFBR, project number 19-32-90266. . - ISBN 978-5-8044-1698-1

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ

Доп.точки доступа:
Moryachkov, R. V.; Морячков, Роман Владимирович; Berlina, A. N.; Artyushenko, P. V.; Zabluda, V. N.; Заблуда, Владимир Николаевич; Peters, G. S.; Sokolov, A. Е.; Соколов, Алексей Эдуардович; Asian School-Conference on Physics and Technology of Nanostructured Materials(5 ; 2020 ; 30 Jul - 3 Aug ; Vladivostok); Азиатская школа-конференция по физике и технологии наноструктурированных материалов(5 ; 2013 ; 30 июля - 3 авг. ; Владивосток)
}
Найти похожие

Шустин, Максим Сергеевич.
Низкоэнергетическая модель спин-поляризованной сверхпроводящей нанопроволоки в режиме сильных электронных корреляций / М. С. Шустин, Р. В. Морячков, В. Н. Заблуда, И. А. Щугорева [и др.] // XIII Cибирский семинар по высокотемпературной сверхпроводимости и физике наноструктур (ОКНО-2021) : сб. тезисов докладов / сопредс., чл. прогр. ком. С. Г. Овчинников и др. - 2021. - С. 49. - Библиогр.: 4. - Работа выполнена при поддержке РФФИ (проект No 19-02-00348), Правительства Красноярского края, Красноярского краевого фонда науки в рамках научного проекта «Спиновые флуктуации и магнитный порядок в проблеме реализации майорановских мод в низкоразмерных системах» (No 20-42-243001) . - ISBN 978-5-90168-835-9

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Институт физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Доп.точки доступа:
Овчинников, Сергей Геннадьевич \сопредс., прогр. ком.\; Ovchinnikov, S. G.; Морячков, Роман Владимирович; Moryachkov R. V.; Заблуда, Владимир Николаевич; Zabluda, V. N.; Щугорева, Ирина Андреевна; Артюшенко, Полина Владимировна; Artyushenko, P. V.; Кичкайло, Анна Сергеевна; Kichkaylo A.S.; Спиридонова, В. А.; Берлина, А. Н.; Соколов, Алексей Эдуардович; Sokolov, A. E.; Shustin, M. S.; Сибирский семинар по высокотемпературной сверхпроводимости и физике наноструктур(13 ; 2021 ; 24-25 мая ; Новосибирск); Институт неорганической химии им. А.В. Николаева Сибирского отделения РАН; Новосибирский государственный университет; Новосибирский государственный технический университет; Сибирский федеральный университет; Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН; Омский государственный университет им. Ф.М. Достоевского; Научный совет РАН по физике низких температур
}
Найти похожие

Исследование пространственной структуры бионаноконъюгатов на основе ДНК-аптамеров синхротронными методами / Р. В. Морячков, В. Н. Заблуда, И. А. Щугорева [и др.] // XIII Cибирский семинар по высокотемпературной сверхпроводимости и физике наноструктур (ОКНО-2021) : сб. тезисов докладов / сопредс., чл. прогр. ком. С. Г. Овчинников и др. - 2021. - С. 50. - Библиогр.: 1 . - ISBN 978-5-90168-835-9

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Институт физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Доп.точки доступа:
Овчинников, Сергей Геннадьевич \сопредс., прогр. ком.\; Ovchinnikov, S. G.; Морячков, Роман Владимирович; Moryachkov R. V.; Заблуда, Владимир Николаевич; Zabluda, V. N.; Щугорева, Ирина Андреевна; Артюшенко, Полина Владимировна; Artyushenko, P. V.; Кичкайло, Анна Сергеевна; Kichkaylo A.S.; Спиридонова, В. А.; Берлина, А. Н.; Соколов, Алексей Эдуардович; Sokolov, A. E.; Сибирский семинар по высокотемпературной сверхпроводимости и физике наноструктур(13 ; 2021 ; 24-25 мая ; Новосибирск); Институт неорганической химии им. А.В. Николаева Сибирского отделения РАН; Новосибирский государственный университет; Новосибирский государственный технический университет; Сибирский федеральный университет; Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН; Омский государственный университет им. Ф.М. Достоевского; Научный совет РАН по физике низких температур
}
Найти похожие

Investigation of the spatial structure of bionanoconjugates based on DNA aptamers by synchrotron methods / R. V. Moryachkov, V. N. Zabluda, I. A. Shchugoreva [et al.] // International conference "Functional materials" : book of abstracts / ed. V. N. Berzhansky ; org. com. S. G. Ovchinnikov [et al.]. - Simferopol, 2021. - P. 310. - Библиогр.: 3 назв. - The research was carried out with a grant from the Russian Science Foundation № 21-12-00226, https://rscf.ru/project/21-12-00226/

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ

Доп.точки доступа:
Berzhansky, V. N. \ed.\; Бержанский, Владимир Наумович; Ovchinnikov, S. G. \org. com.\; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Moryachkov, R. V.; Морячков, Роман Владимирович; Zabluda, V. N.; Заблуда, Владимир Николаевич; Shchugoreva, Irina A.; Artyushenko, P. V.; Kichkaylo, A.S.; Spiridonova, V. A.; Berlina, A. N.; Sokolov, A. Е.; Соколов, Алексей Эдуардович; "Functional materials", International conference(2021 ; Oct. 4-8 ; Alushta, Russia); Крымский федеральный университет имени В.И. Вернадского
}
Найти похожие

11C-radiolabeled aptamer for imaging of tumors and metastases using positron emission tomography-computed tomography / A. V. Ozerskaya, T. N. Zamay, O. S. Kolovskaya [et al.] // Mol. Ther. Nucl. Acids. - 2021. - Vol. 26. - P. 1159-1172, DOI 10.1016/j.omtn.2021.10.020. - Cited References: 44 . - ISSN 2162-2531
Кл.слова (ненормированные):
11C radiolabeling -- radiopharmaceuticals -- PET/CT -- in vivo imaging -- DNA aptamers -- Ehrlich ascites carcinoma -- metastasis
Аннотация: Identification of primary tumors and metastasis sites is an essential step in cancer diagnostics and the following treatment. Positron emission tomography-computed tomography (PET/CT) is one of the most reliable methods for scanning the whole organism for malignancies. In this work, we synthesized an 11C-labeled oligonucleotide primer and hybridized it to an anti-cancer DNA aptamer. The 11C-aptamer was applied for in vivo imaging of Ehrlich ascites carcinoma and its metastases in mice using PET/CT. The imaging experiments with the 11C-aptamer determined very small primary and secondary tumors of 3 mm2 and less. We also compared 11C imaging with the standard radiotracer, 2-deoxy-2-[fluorine-18]fluoro-D-glucose (18F-FDG), and found better selectivity of the 11C-aptamer to metastatic lesions in the metabolically active organs than 18F-FDG. 11C radionuclide with an ultra-short (20.38 min) half-life is considered safest for PET/CT imaging and does not cause false-positive results in heart imaging. Its combination with aptamers gives us high-specificity and high-contrast imaging of cancer cells and can be applied for PET/CT-guided drug delivery in cancer therapies.

Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Federal Siberian Research Clinical Centre Under the Federal Medical Biological Agency, Krasnoyarsk, Russian Federation
Krasnoyarsk State Medical University named after Prof. V.F. Voino-Yasenetsky, Krasnoyarsk, Russian Federation
Federal Research Center Krasnoyarsk Science- Center SB RAS, Krasnoyarsk, Russian Federation
Kirensky Institute of Physics, Krasnoyarsk, Russian Federation
Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russian Federation
Department of Chemistry and Biomolecular Sciences, University of Ottawa, Ottawa, Canada
Krasnoyarsk Regional Pathology-Anatomic Bureau, Krasnoyarsk, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Ozerskaya, A. V.; Zamay, T. N.; Kolovskaya, O. S.; Tokarev, N. A.; Belugin, K. V.; Chanchikova, N. G.; Badmaev, O. N.; Zamay, G. S.; Shchugoreva, I. A.; Moryachkov, R. V.; Морячков, Роман Владимирович; Zabluda, V. N.; Заблуда, Владимир Николаевич; Khorzhevskii, V. A.; Shepelevich, N.; Gappoev, S. V.; Karlova, E. A.; Saveleva, A. S.; Volzhentsev, A. A.; Blagodatova, A. N.; Lukyanenko, K. A.; Veprintsev, D. V.; Smolyarova, T. E.; Смолярова, Татьяна Евгеньевна; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Zamay, S. S.; Silnikov, V. N.; Berezovski, M. V.; Kichkailo, A. S.
}
Найти похожие

Applying joint theoretical experimental research to aptamer modeling / I. A. Shchugoreva, P. V. Artyushenko, F. N. Tomilin [et al.] // Sib. Med. Rev. - 2021. - Vol. 2021, Is. 2. - P. 105-106 ; Сиб. мед. обозрение, DOI 10.20333/2500136-2021-2-105-106. - Cited References: 4 . - ISSN 1819-9496
Кл.слова (ненормированные):
LC-18 -- DNA aptamer -- lung adenocarcinoma -- SAXS -- DFTB3
Аннотация: The aim of the research. In this work we studied the structure of LC-18 DNA aptamer, which exhibits specific binding to lung adenocarcinoma cells. Obtain-ing the 3D structure of the aptamer is necessary for understanding the mechanism of binding of the aptamer to the target. Therefore, the aim of the research was modeling of the LC-18 aptamer spatial structure using combination of theoretical methods: DNA folding tools, quantum-chemical calculations and molecular dynamic simulations. Material and methods. The secondary structure of the LC-18 aptamer was predicted by using OligoAnalyzer and MFold online software under the conditions typical small-angle X-ray scattering (SAXS) experiment. The molecular modeling of the aptamer was carried out using the Avogadro program. For prediction of the structure two computational methods were used: quantum-mechanical method with third-order density-functional tight-binding (DFTB3) and molecular dynamics (MD) with force fields. Results. In this paper it was shown that molecular simulations can predict structures from the SAXS experiments. OligoAnalyzer and MFold web servers have been used to generate a set of several likely models. However, more accurate calculations have showed that these models do not predict the relative importance of isomers. Meanwhile, application of quantum-chemical and molecular dynamics calculations have showed reliable molecular structures which have a small deviations from the experimental SAXS curves. Conclusion. This study demonstrates the approach for modeling 3D structures of DNA-aptamers in solution using both experimental and theoretical meth-ods. It could be very helpful in designing more efficient aptamers based on results obtained from molecular simulations.

Смотреть статью,
РИНЦ,
Scopus,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Laboratory for Digital Controlled Drugs and Theranostics, Federal Research Center "Krasnoyarsk Science Center SB RAS”, Krasnoyarsk, 660036, Russian Federation
Department of Chemistry, Siberian Federal University, Krasnoyarsk, 660041, Russian Federation
Laboratory of Physics of Magnetic Phenomena, Kirensky Institute of Physics, Krasnoyarsk, 660012, Russian Federation
Nanoscience Center and Department of Chemistry, University of Jyvaskyla, Jyvaskyla, 40014, Finland
Department of Chemistry, Lomonosov Moscow State University, Moscow, 119234, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Shchugoreva, I. A.; Artyushenko, P. V.; Tomilin, F. N.; Morozov, D. I.; Mironov, V. A.; Moryachkov, R. V.; Морячков, Роман Владимирович; Kichkailo, A. S.

}
Найти похожие

10.

Moryachkov, R. V.
Structure approaches to study of DNA aptamers in solution / R. V. Moryachkov, P. A. Nikolaeva, V. A. Spiridonova // Sib. Med. Rev. - 2021. - Vol. 2021, Is. 2. - P. 76-78 ; Сиб. мед. обозрение, DOI 10.20333/2500136-2021-2-76-78. - Cited References: 5. - The reported study was funded by RFBR, project number 19-32-90266 . - ISSN 1819-9496
Кл.слова (ненормированные):
biomolecules in solution -- tertiary structure -- small-angle X-ray scattering (SAXS) -- structure analysis
Аннотация: The high potential of aptamers – specific molecular agents based on short single-stranded nucleic acids – makes high demands on the molecules under development for the efficiency of interaction with target biomolecules. In this work, approaches are considered for studying the spatial structure of DNA aptamers in solution using various complementary methods, which make it possible to obtain a more complete picture of the formation of the structure and conformational changes, to track the interaction with the target protein, the tendency to oligomerization, and to characterize the spatial structure of both individual molecules and complexes.

Смотреть статью,
РИНЦ,
Scopus,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Federal Research Center “Krasnoyarsk Science Center SB RAS”, 50, Akademgorodok St., Krasnoyarsk, 660036, Russian Federation
Kirensky Institute of Physics, Bld. 38, 50, Akademgorodok St., Krasnoyarsk, 660036, Russian Federation
Lomonosov Moscow State University, 1, Leninskie Gory St., Moscow, 119992, Russian Federation
A. N. Belozersky Institute of Physico-Chemical Biology, Lomonosov Moscow State University, Bld. 40, 1, Leninskie Gory St., Moscow, 119992, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Nikolaeva, P. A.; Spiridonova, V. A.; Морячков, Роман Владимирович

}
Найти похожие