Главная
Авторизация
Фамилия
Пароль
Регистрация
Библиотека института физики им. Л.В. Киренского СО РАН
Базы данных
Труды сотрудников ИФ СО РАН - результаты поиска
Вид поиска
Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН
Каталог журналов библиотеки ИФ СО РАН
Труды сотрудников ИФ СО РАН
Область поиска
Ключевые слова
Автор
Заглавие
Год издания
Место работы автора
в найденном
Формат представления найденных документов:
полный
информационный
краткий
Поисковый запрос:
(<.>K=Genome<.>)
Общее количество найденных документов
:
1
1.
Вид документа
: Статья из журнала
Шифр издания
:
Автор(ы)
: Gorban A., Popova T., Zinovyev A.
Заглавие
: Codon usage trajectories and 7-cluster structure of 143 complete bacterial genornic sequences
Разночтения заглавия
:авие SCOPUS: Codon usage trajectories and 7-cluster structure of 143 complete bacterial genomic sequences
Место публикации
: Physica A: ELSEVIER SCIENCE BV, 2005. - Vol. 353. - P365-387. - ISSN 0378-4371,
DOI
10.1016/j.physa.2005.01.043
Примечания
: Cited References: 46
Предметные рубрики:
DNA-BASE COMPOSITION
ASYMMETRIC SUBSTITUTION PATTERNS
PROTEIN-CODING REGIONS
MICROBIAL GENOMES
GENE IDENTIFICATION
MARKOV-MODELS
G+C CONTENT
BIAS
PREDICTION
SELECTION
Ключевые слова
(''Своб.индексиров.''):
genome
--cluster--codon usage--correlations--entropy--mean field--cluster--codon usage--correlations--entropy--
genome
--mean field--approximation theory--correlation methods--database systems--entropy--functions--genes--mathematical models--clusters--codon usage--genomes--mean field--bacteria
Аннотация:
Three results are presented. First, we prove the existence of a universal 7-cluster structure in all 143 completely sequenced bacterial genomes available in Genbank in August 2004, and explained its properties. The 7-cluster structure is responsible for the main part of sequence heterogeneity in bacterial genomes. In this sense, our 7 clusters is the basic model of bacterial
genome
sequence. We demonstrated that there are four basic "pure" types of this model, observed in nature: "parallel triangles", "perpendicular triangles", degenerated case and the flower-like type. Second, we answered the question: how big are the position-specific information and the contribution connected with correlations between nucleotide. The accuracy of the mean-field (context-free) approximation is estimated for bacterial genomes. We show that codon us-age of bacterial genomes is a multi-linear function of their genomic G+C-content with high accuracy (more precisely, by two similar functions, one for eubacterial genomes and the other one for archaea). Description of these two codon-usage trajectories is the third result. All 143 cluster animated 3D-scatters are collected in a database and is made available on our web-site: http://www.ihes.fr/similar to zinovyev/7clusters. (c) 2005 Elsevier B.V. All rights reserved.
WOS
,
Scopus
,
Читать в сети ИФ
Найти похожие
полный формат
краткий формат
все найденные
отмеченные
кроме отмеченных
Стандартный
Расширенный
Профессиональный
Распределенный
По словарю
ГРНТИ-навигатор
УДК-навигатор
Тематический навигатор
Другие библиотеки
Центральная Научная Библиотека КНЦ СО РАН
Библиотека института биофизики
Библиотека института химии и химический технологии
Библиотека института вычислительного моделирования
Библиотека института леса
Библиотека СФУ
Краевая научная библиотека
© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)