Библиотека института физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Главная

Базы данных

Труды сотрудников ИФ СО РАН - результаты поиска

Вид поиска

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН

Каталог журналов библиотеки ИФ СО РАН

Труды сотрудников ИФ СО РАН

Область поиска

Формат представления найденных документов:
полный	информационный	краткий

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>K=SELEX<.>)

Общее количество найденных документов : 5
Показаны документы с 1 по 5

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Замай, Галина Сергеевна, Белянина И. В., Замай, Анна Сергеевна, Комарова М. А., Крат А. В., Еремина Е. Н., Зуков Р. А., Соколов, Алексей Эдуардович, Замай Т. Н.
Заглавие : Селекция ДНК-аптамеров для диагностики рака молочной железы
Место публикации : Биомедицинская химия. - Москва: Научно-исследовательский институт биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича, 2016. - Т. 62, № 4. - С. 411-417. - ISSN 2310-6972, DOI 10.18097/PBMC20166204411
Примечания : Библиогр.: 23
Ключевые слова (''Своб.индексиров.''): днк-аптамеры--олигонуклеотиды--рак молочной железы--selex
Аннотация: Описан метод селекции ДНК-аптамеров к опухолевой ткани молочной железы с использованием послеоперационного материала. В качестве позитивных мишеней были использованы ткани рака молочной железы, в качестве негативных мишеней - ткани доброкачественной опухоли; условно здоровые ткани молочной железы, прилегающие к опухолевой; ткани молочной железы от больных мастопатией; ткани злокачественных опухолей других типов. В результате селекции был получен пул ДНК-аптамеров, селективно связывающийся с клетками и тканями рака молочной железы и незначительно связывающийся с доброкачественными опухолями молочной железы. Полученные ДНК-аптамеры могут быть использованы для идентификации белков-биомаркеров, диагностики рака молочной железы, адресной доставки противоопухолевых препаратов.
РИНЦ,
Scopus,
Смотреть статью,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Shchugoreva I., Moryachkov R., Zabluda V. N., Sokolov A. E., Spiridonova V. A., Gruzinov A., Zamay A. S., Veprincev D., Zamay G. S., Tomilin F. N., Ovchinnikov S. G.
Заглавие : Molecular design of aptamer structure by computer simulations
Коллективы : Euro-Asian Symposium "Trends in MAGnetism", "Trends in MAGnetism", Euro-Asian Symposium, Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН
Место публикации : VI Euro-Asian Symposium "Trends in MAGnetism" (EASTMAG-2016): abstracts/ ed.: O. A. Maksimova, R. D. Ivantsov. - Krasnoyarsk: KIP RAS SB, 2016. - Ст.P12.2. - P.558. - ISBN 978-5-904603-06-9 (Шифр -478014040)
Примечания : We acknowledge the grant by the Ministry of Education and Science (Agreement No.14.607.21.0104 (RFMEFI60714X0104)) for the financial support of this work
Ключевые слова (''Своб.индексиров.''): dna--selex--saxs--qm/mm--aptamer--g-quartets
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Zamay G. S., Belyanina I. V., Zamay A. S., Komarova M. A., Krat A. V., Eremina E. N., Zukov R. A., Sokolov A. Е., Zamay T. N.
Заглавие : Selection of DNA aptamers for breast cancer
Место публикации : Biochem. Mosc.-Suppl. Ser. B-Biomed. Chem. - 2016. - Vol. 10, Is. 2. - P.158-164. - ISSN 1990-7508, DOI 10.1134/S1990750816020128. - ISSN 1990-7516(eISSN)
Примечания : Cited References:23
Предметные рубрики: BIOMARKERS
MORTALITY
PATTERNS
Ключевые слова (''Своб.индексиров.''): selex--dna aptamers--oligonucleotides--breast cancer
Аннотация: A method of selection of DNA aptamers to breast tumor tissue based on the use of postoperative material has been developed. Breast cancer tissues were used as the positive target; the negative targets included benign tumor tissue, adjacent healthy tissues, breast tissues from mastopathy patients, and also tissues of other types of malignant tumors. During selection a pool of DNA aptamers demonstrating selective binding to breast cancer cells and tissues and insignificant binding to breast benign tissues has been obtained. These DNA aptamers can be used for identification of protein markers, breast cancer diagnostics, and targeted delivery of anticancer drugs.
Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Krasitskaya V. V., Goncharova N. S., Biriukov V. V., Bashmakova E. E., Kabilov M. R., Baykov I. K., Sokolov A. Е., Frank L. A.
Заглавие : The Ca2+-regulated photoprotein obelin as a tool for SELEX monitoring and DNA aptamer affinity evaluation
Коллективы : Russian Foundation for Basic Research (RFBR)Russian Foundation for Basic Research (RFBR) [18-38-00531]
Место публикации : Photochem. Photobiol. - 2020. - Vol. 96, Is. 5. - P.1041-1046. - ISSN 0031-8655, DOI 10.1111/php.13274. - ISSN 1751-1097(eISSN)
Примечания : Cited References: 25. - This work has been supported by the Russian Foundation for Basic Research (RFBR) under the grant no 18-38-00531.
Предметные рубрики: CARDIAC TROPONIN-I
BIOLUMINESCENCE
IMMUNOASSAY
APTASENSOR
DIAGNOSIS
Аннотация: Bioluminescent solid-phase analysis was proposed to monitor the selection process and to determine binding characteristics of the aptamer-target complexes during design and development of the specific aptamers. The assay involves Ca2+-regulated photoprotein obelin as a simple, sensitive and fast reporter. Applicability and the prospects of the approach were exemplified by identification of DNA aptamers to cardiac troponin I, a highly specific early biomarker for acute myocardial infarction. Two structurally different aptamers specific to various epitopes of troponin I were obtained and then tested in a model bioluminescent assay.
Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Дымова М. А., Кулигина Е. В., Рихтер В. А., Артюшенко П. В., Рогова А. В., Щугорева И. А., Томилин, Феликс Николаевич, Кичкайло А. С., Замай Т. Н.
Заглавие : Получение высокоселективных аптамеров к онколитическому вирусу VV-GMCSF-Lact. Теоретические и экспериментальные подходы
Колич.характеристики :7 с
Место публикации : Сиб. мед. обозрение. - 2023. - № 5. - С. 95-101. - ISSN 18199496 (ISSN), DOI 10.20333/25000136-2023-5-95-101; Sib. Med. Rev. - ISSN 25000136 (eISSN)
Примечания : Библиогр.: 21. - Исследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда № 22-64-00041, https://rscf.ru/project/22-64-00041/. Работа также поддержана в рамках государственного задания ИХБФМ СО РАН No121030200173-6 (наработка вируса). Авторы благодарят Межведомственный суперкомпьютерный центр Российской академии наук (МСЦ РАН) за предоставление вычислительных мощностей
Аннотация: Введение. Деструкция злокачественных опухолей с помощью онколитических вирусов – один из наиболее эффективных и безопасных способов противоопухолевой терапии. Для получения доступа к опухолевым клеткам вирус должен длительное время циркулировать в кровотоке, избегая действия иммунной системы. Однако при введении вируса в организм он провоцирует выработку вируснейтрализующих антител, снижающих его противоопухолевый эффект. Наиболее эффективным способом защиты вируса от нейтрализующих антител является его экранирование, в частности, с помощью селективных к нему ДНК-аптамеров. Цель исследования. С помощью экспериментальных методов и теоретических расчётов разработать подходящие для создания противоопухолевого препарата на основе онколитического вируса VV-GMCSF-Lact ДНК-аптамеры, эффективно экранирующие вирусы и способные защитить их от вируснейтрализующих антител. Материал и методы. Моделирование вторичных структур аптамеров выполнено в программе для фолдинга нуклеиновых кислот mFold, моделирование соответствующих пространственных полноатомных структур аптамеров – в программах SimRNA и VMD. Расчёты молекулярной динамики проведены в программном пакете GROMACS 2018.8. Кластерный анализ полученных молекулярно-динамических траекторий выполнен в программе VMD. Оценка связывания Cy5-модифицированных аптамеров с вирусом проведена с помощью проточной цитометрии на цитофлуориметре BD FACSCanto II (Becton Dickinson, г. Франклин Лейкс, Нью-Джерси, США). Результаты. Модификация аптамеров, экспериментально полученных с помощью технологии SELEX, позволила получить пять укороченных олигонуклеотидов NV1t_72, NV4t_64, NV4t_53, NV14t_41 и NV14t_57, экранирующих онколитический вирус VV-GMCSF-Lact, самым эффективным из которых оказался аптамер NV14t_57. Теоретические расчёты показали, что аффинность аптамеров определяется их трёхмерной структурой, зависящей от способа модификации. Заключение. Получен высокоселективный аптамер NV14t_57, который является наиболее перспективным кандидатом для дальнейшей работы по созданию препарата для противоопухолевой терапии онкологических заболеваний на основе онколитического вируса осповакцины VVGMCSF-Lact.Introduction. Destruction of malignant tumours with oncolytic viruses is one of the most effective and safe methods of antitumor therapy. To gain access to tumour cells, the virus must circulate in the bloodstream for a long time, avoiding the action of the immune system. However, when a virus is introduced into the body, it provokes the production of virus-neutralising antibodies that reduce its antitumor effect. The most effective way to protect a virus from antibodies that neutralise it is to screen it: in particular, using selective DNA aptamers. The aim of the research. Using experimental methods and theoretical calculations, to develop DNA aptamers suitable for creating an antitumor drug based on the VV-GMCSF-Lact oncolytic virus, which effectively screen viruses and can protect them from virus-neutralising antibodies. Material and methods. Modelling of the secondary structures of aptamers was performed using the mFold program for nucleic acid folding, modelling of the corresponding spatial full-atom structures of aptamers was performed using the SimRNA and VMD programs. Molecular dynamics calculations were carried out using the GROMACS 2018.8 software package. Cluster analysis of the obtained molecular dynamic trajectories was performed using the VMD program. Binding of Cy5-modified aptamers to the virus was assessed using flow cytometry on a BD FACSCanto II cytometer (Becton Dickinson, Franklin Lakes, New Jersey, USA). Results. Modification of aptamers experimentally obtained using the SELEX technology made it possible to obtain five truncated oligonucleotides NV1t_72, NV4t_64, NV4t_53, NV14t_41, and NV14t_57, which screen the oncolytic virus VV-GMCSF-Lact, the most effective of which was the NV14t_57 aptamer. Theoretical calculations have shown that the affinity of aptamers is determined by their three-dimensional structure, which depends on the method of modification. Conclusion. A highly selective aptamer NV14t_57 has been obtained, which is the most promising candidate for further work on the creation of a drug for antitumor therapy of oncological diseases based on the VV-GMCSF-Lact oncolytic vaccinia virus.
Смотреть статью,
РИНЦ,
Scopus
Найти похожие