Библиотека института физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Главная

Базы данных

Труды сотрудников ИФ СО РАН - результаты поиска

Вид поиска

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН

Каталог журналов библиотеки ИФ СО РАН

Труды сотрудников ИФ СО РАН

Область поиска

Формат представления найденных документов:
полный	информационный	краткий

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>K=SELEX<.>)

Общее количество найденных документов : 5
Показаны документы с 1 по 5

Селекция ДНК-аптамеров для диагностики рака молочной железы / Г. С. Замай [и др.] // Биомедицинская химия. - 2016. - Т. 62, № 4. - С. 411-417, DOI 10.18097/PBMC20166204411. - Библиогр.: 23 . - ISSN 2310-6972
Кл.слова (ненормированные):
ДНК-аптамеры -- олигонуклеотиды -- рак молочной железы -- Selex
Аннотация: Описан метод селекции ДНК-аптамеров к опухолевой ткани молочной железы с использованием послеоперационного материала. В качестве позитивных мишеней были использованы ткани рака молочной железы, в качестве негативных мишеней - ткани доброкачественной опухоли; условно здоровые ткани молочной железы, прилегающие к опухолевой; ткани молочной железы от больных мастопатией; ткани злокачественных опухолей других типов. В результате селекции был получен пул ДНК-аптамеров, селективно связывающийся с клетками и тканями рака молочной железы и незначительно связывающийся с доброкачественными опухолями молочной железы. Полученные ДНК-аптамеры могут быть использованы для идентификации белков-биомаркеров, диагностики рака молочной железы, адресной доставки противоопухолевых препаратов.

РИНЦ,
Scopus,
Смотреть статью,
Читать в сети ИФ

Переводная версия Selection of DNA aptamers for breast cancer [Текст] / G. S. Zamay, I. V. Belyanina, A. S. Zamay [et al.] // Biochem. Mosc.-Suppl. Ser. B-Biomed. Chem. - 2016. - Vol. 10 Is. 2.- P.158-164

Держатели документа:
Институт физики СО РАН
Красноярский государственный медицинский университет им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого (КрасГМУ)
Красноярский краевой клинический онкологический диспансер им. А.И. Крыжановского (КККОД)

Доп.точки доступа:
Замай, Галина Сергеевна; Zamay G. S.; Белянина, И. В.; Belayanina I. V.; Замай, Анна Сергеевна; Zamay A. S.; Комарова, М. А.; Komarova M. A.; Крат, А. В.; Krat A. V.; Еремина, Е. Н.; Eremina E. N.; Зуков, Р. А.; Zukov R. A.; Соколов, Алексей Эдуардович; Sokolov, A. E.; Замай, Т. Н.; Zamay T. N.
}
Найти похожие

Molecular design of aptamer structure by computer simulations / I. Shchugoreva [et al.] // VI Euro-Asian Symposium "Trends in MAGnetism" (EASTMAG-2016) : abstracts / ed.: O. A. Maksimova, R. D. Ivantsov. - Krasnoyarsk : KIP RAS SB, 2016. - Ст. P12.2. - P. 558. - We acknowledge the grant by the Ministry of Education and Science (Agreement No.14.607.21.0104 (RFMEFI60714X0104)) for the financial support of this work . - ISBN 978-5-904603-06-9
Кл.слова (ненормированные):
DNA -- SELEX -- SAXS -- QM/MM -- aptamer -- G-quartets

Доп.точки доступа:
Shchugoreva, I.; Moryachkov, R.; Zabluda, V. N.; Заблуда, Владимир Николаевич; Sokolov, A. E.; Соколов, Алексей Эдуардович; Spiridonova, V. A.; Спиридонова В. А.; Gruzinov, A.; Zamay, A. S.; Замай, Анна Сергеевна; Veprincev, D.; Zamay, G. S.; Замай Г. С.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Ovchinnikov, S. G.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Euro-Asian Symposium "Trends in MAGnetism"(6 ; 2016 ; Aug. ; 15-19 ; Krasnoyarsk); "Trends in MAGnetism", Euro-Asian Symposium(6 ; 2016 ; Aug. ; 15-19 ; Krasnoyarsk); Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН

Нет сведений об экземплярах }
Найти похожие

Selection of DNA aptamers for breast cancer / G. S. Zamay, I. V. Belyanina, A. S. Zamay [et al.] // Biochem. Mosc.-Suppl. Ser. B-Biomed. Chem. - 2016. - Vol. 10, Is. 2. - P. 158-164, DOI 10.1134/S1990750816020128. - Cited References:23 . - ISSN 1990-7508. - ISSN 1990-7516

РУБ Biochemistry & Molecular Biology
Рубрики:
BIOMARKERS
MORTALITY
PATTERNS
Кл.слова (ненормированные):
SELEX -- DNA aptamers -- oligonucleotides -- breast cancer
Аннотация: A method of selection of DNA aptamers to breast tumor tissue based on the use of postoperative material has been developed. Breast cancer tissues were used as the positive target; the negative targets included benign tumor tissue, adjacent healthy tissues, breast tissues from mastopathy patients, and also tissues of other types of malignant tumors. During selection a pool of DNA aptamers demonstrating selective binding to breast cancer cells and tissues and insignificant binding to breast benign tissues has been obtained. These DNA aptamers can be used for identification of protein markers, breast cancer diagnostics, and targeted delivery of anticancer drugs.

Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ

Публикация на русском языке Селекция ДНК-аптамеров для диагностики рака молочной железы [Текст] / Г. С. Замай [и др.] // Биомедицинская химия. - Москва : Научно-исследовательский институт биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича, 2016. - Т. 62 № 4. - С. 411-417

Держатели документа:
Kirensky Inst Phys, Krasnoyarsk, Russia.
Voino Yasenetski Krasnoyarsk State Med Univ, Ul Partizana Zheleznyaka 1, Krasnoyarsk 660022, Russia.
KKRCCC, Krasnoyarsk, Russia

Доп.точки доступа:
Zamay, G. S.; Замай, Г. С.; Belyanina, I. V.; Zamay, A. S.; Замай, Анна Сергеевна; Komarova, M. A.; Krat, A. V.; Eremina, E. N.; Zukov, R. A.; Sokolov, A. Е.; Соколов, Алексей Эдуардович; Zamay, T. N.; Замай, Т. Н.
}
Найти похожие

The Ca2+-regulated photoprotein obelin as a tool for SELEX monitoring and DNA aptamer affinity evaluation / V. V. Krasitskaya, N. S. Goncharova, V. V. Biriukov [et al.] // Photochem. Photobiol. - 2020. - Vol. 96, Is. 5. - P. 1041-1046, DOI 10.1111/php.13274. - Cited References: 25. - This work has been supported by the Russian Foundation for Basic Research (RFBR) under the grant no 18-38-00531. . - ISSN 0031-8655. - ISSN 1751-1097

РУБ Biochemistry & Molecular Biology + Biophysics
Рубрики:
CARDIAC TROPONIN-I
   BIOLUMINESCENCE
   IMMUNOASSAY
   APTASENSOR
   DIAGNOSIS
Аннотация: Bioluminescent solid-phase analysis was proposed to monitor the selection process and to determine binding characteristics of the aptamer-target complexes during design and development of the specific aptamers. The assay involves Ca2+-regulated photoprotein obelin as a simple, sensitive and fast reporter. Applicability and the prospects of the approach were exemplified by identification of DNA aptamers to cardiac troponin I, a highly specific early biomarker for acute myocardial infarction. Two structurally different aptamers specific to various epitopes of troponin I were obtained and then tested in a model bioluminescent assay.

Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Fed Res Ctr KSC SB RAS, Inst Biophys SB RAS, Krasnoyarsk, Russia.
Siberian Fed Univ, Krasnoyarsk, Russia.
Inst Chem Biol & Fundamental Med SB RAS, Novosibirsk, Russia.
Fed Res Ctr KSC SB RAS, Kirensky Inst Phys, Krasnoyarsk, Russia.

Доп.точки доступа:
Krasitskaya, V. V.; Goncharova, N. S.; Biriukov, V. V.; Bashmakova, E. E.; Kabilov, M. R.; Baykov, I. K.; Sokolov, A. Е.; Соколов, Алексей Эдуардович; Frank, L. A.; Russian Foundation for Basic Research (RFBR)Russian Foundation for Basic Research (RFBR) [18-38-00531]
}
Найти похожие

    Получение высокоселективных аптамеров к онколитическому вирусу VV-GMCSF-Lact. Теоретические и экспериментальные подходы / М. А. Дымова, Е. В. Кулигина, В. А. Рихтер [и др.] // Сиб. мед. обозрение. - 2023. - № 5. - С. 95-101 ; Sib. Med. Rev., DOI 10.20333/25000136-2023-5-95-101. - Библиогр.: 21. - Исследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда № 22-64-00041, https://rscf.ru/project/22-64-00041/. Работа также поддержана в рамках государственного задания ИХБФМ СО РАН No121030200173-6 (наработка вируса). Авторы благодарят Межведомственный суперкомпьютерный центр Российской академии наук (МСЦ РАН) за предоставление вычислительных мощностей . - ISSN 1819-9496. - ISSN 2500-0136
   Перевод заглавия: Obtaining highly selective aptamers to the VV-GMCSF-Lact oncolytic virus. Theoretical and experimental approaches
Кл.слова (ненормированные):
аптамеры -- SELEX -- онколитический вирус VV-GMCSF-Lact -- цитофлуориметрия -- молекулярная динамика -- компьютерное моделирование -- aptamers -- SELEX -- VV-GMCSF-Lact oncolytic virus -- cytofluorimetry -- molecular dynamics -- computer modelling
Аннотация: Введение. Деструкция злокачественных опухолей с помощью онколитических вирусов – один из наиболее эффективных и безопасных способов противоопухолевой терапии. Для получения доступа к опухолевым клеткам вирус должен длительное время циркулировать в кровотоке, избегая действия иммунной системы. Однако при введении вируса в организм он провоцирует выработку вируснейтрализующих антител, снижающих его противоопухолевый эффект. Наиболее эффективным способом защиты вируса от нейтрализующих антител является его экранирование, в частности, с помощью селективных к нему ДНК-аптамеров. Цель исследования. С помощью экспериментальных методов и теоретических расчётов разработать подходящие для создания противоопухолевого препарата на основе онколитического вируса VV-GMCSF-Lact ДНК-аптамеры, эффективно экранирующие вирусы и способные защитить их от вируснейтрализующих антител. Материал и методы. Моделирование вторичных структур аптамеров выполнено в программе для фолдинга нуклеиновых кислот mFold, моделирование соответствующих пространственных полноатомных структур аптамеров – в программах SimRNA и VMD. Расчёты молекулярной динамики проведены в программном пакете GROMACS 2018.8. Кластерный анализ полученных молекулярно-динамических траекторий выполнен в программе VMD. Оценка связывания Cy5-модифицированных аптамеров с вирусом проведена с помощью проточной цитометрии на цитофлуориметре BD FACSCanto II (Becton Dickinson, г. Франклин Лейкс, Нью-Джерси, США). Результаты. Модификация аптамеров, экспериментально полученных с помощью технологии SELEX, позволила получить пять укороченных олигонуклеотидов NV1t_72, NV4t_64, NV4t_53, NV14t_41 и NV14t_57, экранирующих онколитический вирус VV-GMCSF-Lact, самым эффективным из которых оказался аптамер NV14t_57. Теоретические расчёты показали, что аффинность аптамеров определяется их трёхмерной структурой, зависящей от способа модификации. Заключение. Получен высокоселективный аптамер NV14t_57, который является наиболее перспективным кандидатом для дальнейшей работы по созданию препарата для противоопухолевой терапии онкологических заболеваний на основе онколитического вируса осповакцины VVGMCSF-Lact.
Introduction. Destruction of malignant tumours with oncolytic viruses is one of the most effective and safe methods of antitumor therapy. To gain access to tumour cells, the virus must circulate in the bloodstream for a long time, avoiding the action of the immune system. However, when a virus is introduced into the body, it provokes the production of virus-neutralising antibodies that reduce its antitumor effect. The most effective way to protect a virus from antibodies that neutralise it is to screen it: in particular, using selective DNA aptamers. The aim of the research. Using experimental methods and theoretical calculations, to develop DNA aptamers suitable for creating an antitumor drug based on the VV-GMCSF-Lact oncolytic virus, which effectively screen viruses and can protect them from virus-neutralising antibodies. Material and methods. Modelling of the secondary structures of aptamers was performed using the mFold program for nucleic acid folding, modelling of the corresponding spatial full-atom structures of aptamers was performed using the SimRNA and VMD programs. Molecular dynamics calculations were carried out using the GROMACS 2018.8 software package. Cluster analysis of the obtained molecular dynamic trajectories was performed using the VMD program. Binding of Cy5-modified aptamers to the virus was assessed using flow cytometry on a BD FACSCanto II cytometer (Becton Dickinson, Franklin Lakes, New Jersey, USA). Results. Modification of aptamers experimentally obtained using the SELEX technology made it possible to obtain five truncated oligonucleotides NV1t_72, NV4t_64, NV4t_53, NV14t_41, and NV14t_57, which screen the oncolytic virus VV-GMCSF-Lact, the most effective of which was the NV14t_57 aptamer. Theoretical calculations have shown that the affinity of aptamers is determined by their three-dimensional structure, which depends on the method of modification. Conclusion. A highly selective aptamer NV14t_57 has been obtained, which is the most promising candidate for further work on the creation of a drug for antitumor therapy of oncological diseases based on the VV-GMCSF-Lact oncolytic vaccinia virus.

Смотреть статью,
РИНЦ,
Scopus
Держатели документа:
Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Новосибирск 630090, Российская Федерация
Красноярский государственный медицинский университет имени профессора В. Ф. Войно-Ясенецкого, Красноярск 660022, Российская Федерация
Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр» СО РАН, Красноярск 660036, Российская Федерация
Сибирский федеральный университет, Красноярск 660041, Российская Федерация
Институт физики им. Л. В. Киренского СО РАН, Красноярск 660036, Российская Федерация

Доп.точки доступа:
Дымова, М. А.; Кулигина, Е. В.; Рихтер, В. А.; Артюшенко, П. В.; Рогова, А. В.; Щугорева, И. А.; Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Кичкайло, А. С.; Замай, Т. Н.

}
Найти похожие