Библиотека института физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Главная

Базы данных

Труды сотрудников ИФ СО РАН - результаты поиска

Вид поиска

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН

Каталог журналов библиотеки ИФ СО РАН

Труды сотрудников ИФ СО РАН

Область поиска

в найденном

Найдено в других БД:

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН (10)

Формат представления найденных документов:
полный	информационный	краткий

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>A=Заблуда, Владимир Николаевич$<.>)

Общее количество найденных документов : 134
Показаны документы с 1 по 20

1-20 21-40 41-60 61-80 81-100 101-120

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Kichkailo A. S., Narodov A. A., Komarova M. A., Zamay T. N., Zamay G. S., Kolovskaya O. S., Erakhtin E. E., Glazyrin Y. E., Veprintsev D. V., Moryachkov R. V., Zabluda V. N., Shchugoreva I., Artyushenko P., Mironov V. A., Morozov D. I., Gorbushin A. V., Khorzhevskii V. A., Koshmanova A. A., Nikolaeva E. D., Grinev I. P., Voronkovskii I. I., Grek D. S., Belugin K. V., Volzhentsev A. A., Badmaev O. N., Luzan N., Lukyanenko K. A., Peters G., Lapin I. N., Kirichenko A. K., Konarev P. V., Morozov E. V, Mironov G. G., Gargaun A., Muharemagic D., Zamay S. S., Kochkina E. V., Dymova M. A., Smolyarova T. E., Sokolov A. Е., Modestov A. A., Tokarev N. A., Shepelevich N., Ozerskaya A. V., Chanchikova N. G., Krat A. V., Zukov R. A., Bakhtina V. I., Shnyakin P. G., Shesternya P. A., Svetlichnyi V. A., Petrova M. M., Artyukhov I. P., Tomilin F. N., Berezovski, Maxim V.
Заглавие : Development of DNA aptamers for visualization of glial brain tumors and detection of circulating tumor cells
Место публикации : Mol. Ther. - Nucleic Acids. - 2023. - Vol. 32. - P.267-288. - ISSN 21622531 (eISSN), DOI 10.1016/j.omtn.2023.03.015
Примечания : Cited References: 69. - The authors are grateful to all the patients and hospital staff participating in this research. We acknowledge the assistance of the AptamerLab LCC (www.aptamerlab.com) and personally Mr. Vasily Mezko for the aptamer 3D structure optimization and financial and technical support. The authors thank Mr. Alexey Kichkailo, Dr. Arkady B. Kogan, and Dr. Rinat G. Galeev for their general support. Mrs. Valentina L. Grigoreva, and Irina V. Gildebrand for the help with histological staining. Technical and instrumental support was provided by the Multiple-Access Center at Tomsk State University; the Krasnoyarsk Inter-District Ambulance Hospital, named after N.S. Karpovich; John L. Holmes Mass Spectrometry Facility at the University of Ottawa; Federal Siberian Research Clinical Centre under the Federal Medical Biological Agency; Shared Core Facilities of Molecular and Cell Technologies at Krasnoyarsk State Medical University and Krasnoyarsk Regional Centre for Collective Use at the Federal Research Centre “KSC SB RAS”. The confocal fluorescence microscopy research was carried out with the equipment of the Tomsk Regional Core Shared Research Facilities Center of the National Research Tomsk State University. The Center was supported by the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation, grant no. 075-15-2021-693 (no. 13.RFC.21.0012). Acute toxicity studies were performed in a laboratory certified for preclinical studies, Laboratory of Biological Testing, Institute of Bioorganic Chemistry named after academics M.M. Shemyakin and Y.A. Ovchinnikov Russian Academy of Sciences. The authors are grateful to the Joint Super Computer Center of the Russian Academy of Sciences for providing supercomputers for computer simulations. Development of the glioma tumor model in immunosuppressed mice was supported by the Russian Science Foundation grant No. 22-64-00041 (M.A.D.), https://rscf.ru/en/project/22-64-00041/. Synthesis of 11C-aptamer and PET/CT visualization was funded by the Federal Medical Biological Agency; project 122041800132-2 (A.V.O.). Aptamer selection and their clinical applications were funded by the Ministry of Healthcare of the Russian Federation; project АААА-Б19-219090690032-5 (T.N.Z.). The Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation project FWES-2022-0005 (A.S.K.) supported aptamer characterization, molecular modelling, and in vivo experiments. Mass spectrometry analyses, DNA sequencing, and synthesis were supported by NSERC Discovery Grant (M.V.B.). We acknowledge the European Synchrotron Radiation Facility for SAXS experiments and thank Dr. Bart Van Laer for assistance in using a beamline BM29. SAXS measurements were supported by RFBR № 18-32-00478 for young scientists (R.V.M.). The synchrotron SEC-SAXS data for Gli-55 aptamer were also collected at beamline P12 operated by EMBL Hamburg at the PETRA III storage ring (DESY, Hamburg, Germany)
Аннотация: Here, we present DNA aptamers capable of specific binding to glial tumor cells in vitro, ex vivo, and in vivo for visualization diagnostics of central nervous system tumors. We selected the aptamers binding specifically to the postoperative human glial primary tumors and not to the healthy brain cells and meningioma, using a modified process of systematic evolution of ligands by exponential enrichment to cells; sequenced and analyzed ssDNA pools using bioinformatic tools and identified the best aptamers by their binding abilities; determined three-dimensional structures of lead aptamers (Gli-55 and Gli-233) with small-angle X-ray scattering and molecular modeling; isolated and identified molecular target proteins of the aptamers by mass spectrometry; the potential binding sites of Gli-233 to the target protein and the role of post-translational modifications were verified by molecular dynamics simulations. The anti-glioma aptamers Gli-233 and Gli-55 were used to detect circulating tumor cells in liquid biopsies. These aptamers were used for in situ, ex vivo tissue staining, histopathological analyses, and fluorescence-guided tumor and PET/CT tumor visualization in mice with xenotransplanted human astrocytoma. The aptamers did not show in vivo toxicity in the preclinical animal study. This study demonstrates the potential applications of aptamers for precise diagnostics and fluorescence-guided surgery of brain tumors.
Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Zamay, Tatiana, Zamay, Sergey, Luzan, Natalia, Fedotovskaya, Victoriya, Masyugin, Albert, Zelenov F., Koshmanova, Anastasia, Nikolaeva, Elena, Kirichenko, Daria, Veprintsev, Dmitry, Kolovskaya, Olga, Shchugoreva, Irina, Zamay, Galina, Lapin I. N., Lukyanenko A. V., Borus, Andrey, Sukhachev A. L., Volochaev M. N., Lukyanenko, Kirill, Shabanov, Alexandr, Zabluda V. N., Zhizhchenko, Alexey, Kuchmizhak, Aleksandr, Sokolov A. Е., Narodov, Andrey, Prokopenko, Vladimir, Galeev, Rinat, Svetlichnyi, Valery, Kichkailo, Anna
Заглавие : Magnetic nanoscalpel for the effective treatment of ascites tumors
Место публикации : J. Funct. Biomater. - 2023. - Vol. 14, Is. 4. - Ст.179. - ISSN 20794983 (eISSN), DOI 10.3390/jfb14040179
Примечания : Cited References: 36. - This research was funded by the Regional State Autonomous Institution “Krasnoyarsk Regional Fund for Support of Scientific and Scientific and Technical Activities”, Competition of scientific, technical, and innovative projects in the interests of the first world-class climate scientific and educational center “Yenisei Siberia”, grant “Carrying out applied research and development aimed at creating technologies for the production of nanoscalpels based on magnetic nanodisks for microsurgery of glial brain tumors” No. 2022060108781 and with the support of a partner company JSC «NPP «Radiosviaz»
Аннотация: One of the promising novel methods for radical tumor resection at a single-cell level is magneto-mechanical microsurgery (MMM) with magnetic nano- or microdisks modified with cancer-recognizing molecules. A low-frequency alternating magnetic field (AMF) remotely drives and controls the procedure. Here, we present characterization and application of magnetic nanodisks (MNDs) as a surgical instrument (“smart nanoscalpel”) at a single-cell level. MNDs with a quasi-dipole three-layer structure (Au/Ni/Au) and DNA aptamer AS42 (AS42-MNDs) on the surface converted magnetic moment into mechanical and destroyed tumor cells. The effectiveness of MMM was analyzed on Ehrlich ascites carcinoma (EAC) cells in vitro and in vivo using sine and square-shaped AMF with frequencies from 1 to 50 Hz with 0.1 to 1 duty-cycle parameters. MMM with the “Nanoscalpel” in a sine-shaped 20 Hz AMF, a rectangular-shaped 10 Hz AMF, and a 0.5 duty cycle was the most effective. A sine-shaped field caused apoptosis, whereas a rectangular-shaped field caused necrosis. Four sessions of MMM with AS42-MNDs significantly reduced the number of cells in the tumor. In contrast, ascites tumors continued to grow in groups of mice and mice treated with MNDs with nonspecific oligonucleotide NO-MND. Thus, applying a “smart nanoscalpel” is practical for the microsurgery of malignant neoplasms.
Смотреть статью,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Sokolov A. Е., Lukyanenko A. V., Moryachkov R. V., Zabluda V. N., Borus A. A., Zamay T., Luzan N. A., Galeev R. G., Masyugin A. N., Zelenov F. V., Zamay S. S.
Заглавие : Biofunctionaized magnetic nanodiscs applied in medicine
Коллективы : "Magnetic nanomaterials in biomedicine: synthesis and functionalization", International conference
Место публикации : 1st International Conference APRICOT 2023: book of abstracts. - 2023. - P.47-48
Примечания : Cited References: 4. - Красноярский рег. фонд науки, № 2022060108781
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Sokolov A. Е., Lukyanenko A. V., Zabluda V. N., Borus A. A., Zamay G. S., Zamay T. N., Luzan N., Zamay S. S.
Заглавие : Aptamer modified Au/Ni/Au nanodiscs for magnetomechanical cell surgery
Коллективы : International Baltic Conference on Magnetism, Балтийский федеральный университет им. И. Канта
Место публикации : V International Baltic Conference on Magnetism. IBCM: Book of abstracts. - 2023. - P.12
Примечания : Cited References: 3
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Mironov, Vladimir, Shchugoreva I. A., Artyushenko P. V., Morozov D. I., Borbone N., Oliviero G., Zamay T. N., Moryachkov R. V., Kolovskaya, ., Lukyanenko K. A., Song Y. L., Merkuleva I. A., Zabluda V. N., Peters G., Koroleva L. S., Veprintsev D. V., Glazyrin Y. E., Volosnikova E. A., Belenkaya S. V., Esina T. I., Isaeva A. A., Nesmeyanova, ., Shanshin D. V., Berlina A. N., Komova N. S., Svetlichnyi V. A., Silnikov V. N., Shcherbakov D. N., Zamay G. S., Zamay S. S., Smolyarova T. E., Tikhonova E. P., Chen U. S., Jeng G., Condorelli V., Franciscis G., Groenhof C. Y., Yang A. A., Moskovsky D. G., Fedorov F. N., Tomilin F. N., Tan Y., Alexeev M. V., Berezovski A. S., Kichkailo A.S.
Заглавие : Structure- and interaction-based design of anti-SARS-CoV-2 Aptamers
Коллективы : Aptamerlab LCC; U.S. Department of Energy, Office of ScienceUnited States Department of Energy (DOE) [DE-AC02-06CH11357]; European UnionEuropean Commission [H2020-INFRAEDI-02-2018-823830, H2020-EINFRA-2015-1-675728, 872391, PRISAR2 872860]; CSC-IT center in Espoo, Finland; PRACE; Russian Foundation for Basic ResearchRussian Foundation for Basic Research (RFBR) [19-03-00043]; Ministry of Science and Higher Education of Russian Federation (state assignment of the Research Center of Biotechnology RAS); Italian Ministry of Education and ResearchMinistry of Education, Universities and Research (MIUR) [FISR2020 _00177]; Canadian Institutes of Health ResearchCanadian Institutes of Health Research (CIHR) [OV1-170353]; Russian Science FoundationRussian Science Foundation (RSF) [21-73-20240]
Место публикации : Chem. - Eur. J. - 2022. - Vol. 28, Is. 12. - Ст.e202104481. - ISSN 0947-6539, DOI 10.1002/chem.202104481. - ISSN 1521-3765(eISSN)
Примечания : Cited References: 85. - The authors are grateful to JCSS Joint Super Computer Center of the Russian Academy of Sciences – Branch of Federal State Institution “Scientific Research Institute for System Analysis of the Russian Academy of Sciences” for providing supercomputers for computer simulations. The authors thank the RSC Group (www.rscgroup.ru) and personally Mr. Oleg Gorbachev for the constant support and establishment of “The Good Hope Net Project” (www.thegoodhope.net) multifunctional non-profit anti-CoVID research project. The authors also thank the Helicon Company (www.helicon.ru) and personally Olesya Kucenko, Alexander Kolobov, Leonid Klimov for instrumental support and help with conducting fluorescence polarization assays, which were performed on a demo instrument Clariostar Plus microplate reader (BMG LABTECH, Germany). We thank Dr. Yong-Zhen Zhang for providing the genome sequence of 2019-nCoV and Dr. Xinquan Wang for providing the crystal structure of the binding domain of the SARS-2 Spike protein. The authors are grateful to Aptamerlab LCC financial support (www.aptamerlab.com). Y.A.’s work at Argonne National Laboratory was supported by the U.S. Department of Energy, Office of Science, under contract DE-AC02-06CH11357. The work of D.M. and G.G. has been done as part of the BioExcel CoE (www.bioexcel.eu), a project funded by the European Union contracts H2020-INFRAEDI-02-2018-823830 and H2020-EINFRA-2015-1-675728. D.M. and G.G. also thank the CSC-IT center in Espoo, Finland, as well as PRACE for awarding access to resource Curie-Rome based in France at GENCI. V.M. thanks Russian Foundation for Basic Research (project number 19-03-00043). A.B.’s and N.K.’s work was supported by the Ministry of Science and Higher Education of Russian Federation (state assignment of the Research Center of Biotechnology RAS). V. deF. G.C., N.B and G.O. are grateful to FISR2020 _00177 Shield, Italian Ministry of Education and Research, for funding. GC is grateful to the European Union's Horizon 2020 research and innovation program under the Marie Skłodowska-Curie grant agreement: cONCReTE 872391; PRISAR2 872860. Use of the 13 A BioSAXS beamtime at the Taiwan Photon Source is acknowledged. The work of M.V.B was funded by the Canadian Institutes of Health Research grant OV1-170353. SAXS measurements and PIEDA analyses were funded by the Russian Science Foundation (project No 21-73-20240 for A.S.K.)
Предметные рубрики: BIOLOGICAL MACROMOLECULES
SOLUTION SCATTERING
BINDING
SPIKE
Аннотация: Aptamer selection against novel infections is a complicated and time-consuming approach. Synergy can be achieved by using computational methods together with experimental procedures. This study aims to develop a reliable methodology for a rational aptamer in silico et vitro design. The new approach combines multiple steps: (1) Molecular design, based on screening in a DNA aptamer library and directed mutagenesis to fit the protein tertiary structure; (2) 3D molecular modeling of the target; (3) Molecular docking of an aptamer with the protein; (4) Molecular dynamics (MD) simulations of the complexes; (5) Quantum-mechanical (QM) evaluation of the interactions between aptamer and target with further analysis; (6) Experimental verification at each cycle for structure and binding affinity by using small-angle X-ray scattering, cytometry, and fluorescence polarization. By using a new iterative design procedure, structure- and interaction-based drug design (SIBDD), a highly specific aptamer to the receptor-binding domain of the SARS-CoV-2 spike protein, was developed and validated. The SIBDD approach enhances speed of the high-affinity aptamers development from scratch, using a target protein structure. The method could be used to improve existing aptamers for stronger binding. This approach brings to an advanced level the development of novel affinity probes, functional nucleic acids. It offers a blueprint for the straightforward design of targeting molecules for new pathogen agents and emerging variants.
Смотреть статью,
Scopus,
WOS
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Zamay S. S., Narodov A. A., Galeev R. G., Prokopenko V. S., Sokolov A. Е., Borus A. A., Zabluda V. N., Lukyanenko A. V., Baron F. A., Garifullin V. F., Masyugin A. N., Zelenov F. V., Grek D. S., Voronkovskii I. I., Gorbushin A., Kolovskaya O. S., Lukyanenko K. A., Nikolaeva E. D., Luzan N. A., Kichkailo A. S.
Заглавие : "Smart" nanoscalpel for microsurgery of glial tumors of the human brain
Место публикации : Sib. Med. Rev. - 2022. - Is. 5. - P.109-110. - ISSN 18199496 (ISSN), DOI 10.20333/25000136-2022-5-109-110; Сиб. мед. обозрение
Примечания : Cited References: 2. - This research was funded by the Regional State Autonomous Institution "Krasnoyarsk Regional Fund for Support of Scientific and Scientific and Technical Activities", Competition of scientific, technical and innovative projects in the interests of the first world-class climate scientific and educational center "Yenisei Siberia", grant “Carrying out applied research and development aimed at creating technologies for the production of nanoscalpels based on magnetic nanodisks for microsurgery of glial brain tumors” № 2022060108781 and with the support of a partner company JSC «NPP «Radiosviaz»
Аннотация: We studied the effectiveness of magnetomechanical therapy in the treatment of brain glial tumors using magnetic nanodiscs functionalized with DNA aptamers to human brain tumor glial cells. Materials and methods. The formation of a model of human glioblastoma was carried out by intracranial injection of tumor cells of glioblastoma obtained from a patient with glioblastoma. Antitumor therapy was carried out using nanodiscs modified with the Gli233 aptamer. The growth of the glial tumor was monitored using NMR tomography. Results and discussion. Therapy of a glial tumor during 4 sessions of magnetomechanical therapy using a "smart" nanoscalpel in MF (10Hz, 100Oe) led to a significant reduction in its size, while glial tumors in mice that were treated with nanodiscs modified with nonspecific aptamers continued to increase in size. Conclusion. Microsurgery using three-layer magnetic nanodisks with a quasi-dipole structure (Au/Ni/Au) modified with the specific for glial cells Gli233 aptamer (“smart” nanoscalpel) is effective for the treatment of human glial tumors in the brain.
Смотреть статью,
РИНЦ,
Scopus
Найти похожие

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Морячков, Роман Владимирович, Заблуда, Владимир Николаевич, Щугорева, Ирина Андреевна, Артюшенко, Полина Владимировна, Кичкайло, Анна Сергеевна, Спиридонова В. А., Берлина А. Н., Соколов, Алексей Эдуардович
Заглавие : Исследование пространственной структуры бионаноконъюгатов на основе ДНК-аптамеров синхротронными методами
Коллективы : Сибирский семинар по высокотемпературной сверхпроводимости и физике наноструктур, Институт неорганической химии им. А.В. Николаева Сибирского отделения РАН, Новосибирский государственный университет, Новосибирский государственный технический университет, Сибирский федеральный университет, Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН, Омский государственный университет им. Ф.М. Достоевского, Научный совет РАН по физике низких температур
Место публикации : XIII Cибирский семинар по высокотемпературной сверхпроводимости и физике наноструктур (ОКНО-2021): сб. тезисов докладов/ сопредс., чл. прогр. ком. С. Г. Овчинников и др. - 2021. - С. 50. - ISBN 978-5-90168-835-9
Примечания : Библиогр.: 1
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Шустин, Максим Сергеевич, Морячков, Роман Владимирович, Заблуда, Владимир Николаевич, Щугорева, Ирина Андреевна, Артюшенко, Полина Владимировна, Кичкайло, Анна Сергеевна, Спиридонова В. А., Берлина А. Н., Соколов, Алексей Эдуардович
Заглавие : Низкоэнергетическая модель спин-поляризованной сверхпроводящей нанопроволоки в режиме сильных электронных корреляций
Коллективы : Сибирский семинар по высокотемпературной сверхпроводимости и физике наноструктур, Институт неорганической химии им. А.В. Николаева Сибирского отделения РАН, Новосибирский государственный университет, Новосибирский государственный технический университет, Сибирский федеральный университет, Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН, Омский государственный университет им. Ф.М. Достоевского, Научный совет РАН по физике низких температур
Место публикации : XIII Cибирский семинар по высокотемпературной сверхпроводимости и физике наноструктур (ОКНО-2021): сб. тезисов докладов/ сопредс., чл. прогр. ком. С. Г. Овчинников и др. - 2021. - С. 49. - ISBN 978-5-90168-835-9
Примечания : Библиогр.: 4. - Работа выполнена при поддержке РФФИ (проект No 19-02-00348), Правительства Красноярского края, Красноярского краевого фонда науки в рамках научного проекта «Спиновые флуктуации и магнитный порядок в проблеме реализации майорановских мод в низкоразмерных системах» (No 20-42-243001)
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Morozov D., Mironov V., Moryachkov R. V., Shchugoreva I. A., Artyushenko P. V., Zamay G. S., Kolovskaya O. S., Zamay T. N., Krat A. V., Molodenskiy D. S., Zabluda V. N., Veprintsev D. V., Sokolov A. Е., Zukov R. A., Berezovski M. V., Tomilin F. N., Fedorov D. G., Alexeev Y., Kichkailo A. S.
Заглавие : The role of SAXS and molecular simulations in 3D structure elucidation of a DNA aptamer against lung cancer
Место публикации : Mol. Ther. Nucl. Acids. - 2021. - Vol. 25. - P.316-327. - ISSN 21622531 (ISSN), DOI 10.1016/j.omtn.2021.07.015
Примечания : Cited References: 84. - The research was performed using equipment of the Shared Core Facilities of Molecular and Cell Technologies at Krasnoyarsk State Medical University. The synchrotron SAXS data were collected at beamline P12 operated by EMBL Hamburg at the PETRA III storage ring (DESY, Hamburg, Germany). A.S.K. is grateful to Aptamerlab LLC for the assistance in aptamer design and 3D structure analyses. We thank Ivan Lapin for his help with microscopic analyses. Microscopic analyses using Carl Zeiss LSM 800 were carried out at the Center for Bioassay, Nanotechnology and Nanomaterials Safety (“Biotest-Nano”) (Multiple-Access Center, Tomsk State University, Tomsk, Russia). D.M. also thanks the CSC-IT Center in Espoo, Finland, for providing computational resources. The study was supported by a grant from the Russian Science Foundation (project number 21-73-20240) for A.S.K. R.V.M aknowledges Russian Foundation for Basic Research (project number 19-32-90266) for funding. D.G.F. acknowledges financial support by JSPS KAKENHI, grant number 19H02682. D.S.M. acknowledges financial support by BMBF grant number 16QK10A (SAS-BSOFT). Y.A.’s work at Argonne National Laboratory was supported by the US Department of Energy, Office of Science, under contract DE-AC02-06CH11357. D.M. received funding as a part of BioExcel CoE (https://bioexcel.eu/), a project funded by the European Union contracts H2020-INFRAEDI-02-2018-823830 and H2020-EINFRA-2015-1-675728. V.M. thanks Russian Foundation for Basic Research (project number 19-03-00043) for funding
Аннотация: Aptamers are short, single-stranded DNA or RNA oligonucleotide molecules that function as synthetic analogs of antibodies and bind to a target molecule with high specificity. Aptamer affinity entirely depends on its tertiary structure and charge distribution. Therefore, length and structure optimization are essential for increasing aptamer specificity and affinity. Here, we present a general optimization procedure for finding the most populated atomistic structures of DNA aptamers. Based on the existed aptamer LC-18 for lung adenocarcinoma, a new truncated LC-18 (LC-18t) aptamer LC-18t was developed. A three-dimensional (3D) shape of LC-18t was reported based on small-angle X-ray scattering (SAXS) experiments and molecular modeling by fragment molecular orbital or molecular dynamic methods. Molecular simulations revealed an ensemble of possible aptamer conformations in solution that were in close agreement with measured SAXS data. The aptamer LC-18t had stronger binding to cancerous cells in lung tumor tissues and shared the binding site with the original larger aptamer. The suggested approach reveals 3D shapes of aptamers and helps in designing better affinity probes.
Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

10.

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Moryachkov R. V., Morozov D., Mironov V., Shchugoreva I., Artyushenko P. V., Zamay G. S., Molodenskiy D. S., Zabluda V. N., Kichkailo A.S., Sokolov A. Е.
Заглавие : The role of small-angle X-ray scattering and molecular simulations in 3D structure elucidation of a DNA aptamer-cancer cells magnetic separation agent
Коллективы : International Baltic Conference on Magnetism: focus on nanobiomedicine and smart materials, Балтийский федеральный университет им. И. Канта
Место публикации : 4th International Baltic Conference on Magnetism (IBCM 2021): Book of abstracts. - 2021. - P.168
Примечания : Cited References: 2. - The reported study was funded by RFBR, project number 19-32-90266
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

11.

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Moryachkov R. V., Zabluda V. N., Shchugoreva, Irina A., Artyushenko P. V., Kichkaylo A.S., Spiridonova V. A., Berlina A. N., Sokolov A. Е.
Заглавие : Investigation of the spatial structure of bionanoconjugates based on DNA aptamers by synchrotron methods
Коллективы : "Functional materials", International conference, Крымский федеральный университет имени В.И. Вернадского
Место публикации : Ovchinnikov S. G. International conference "Functional materials": book of abstracts/ ed. V. N. Berzhansky ; org. com. S. G. Ovchinnikov [et al.]. - Simferopol, 2021. - P.310
Примечания : Библиогр.: 3 назв. - The research was carried out with a grant from the Russian Science Foundation № 21-12-00226, https://rscf.ru/project/21-12-00226/
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

12.

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Sokolov A. Е., Ivanova O. S., Svetlitsky E. S., Zabluda V. N., Borus A. A., Lin C.-R.
Заглавие : Functional materials for magnetomechanical cell surgery
Коллективы : "Functional materials", International conference, Крымский федеральный университет имени В.И. Вернадского
Место публикации : Ovchinnikov S. G. International conference "Functional materials": book of abstracts/ ed. V. N. Berzhansky ; org. com. S. G. Ovchinnikov [et al.]. - Simferopol, 2021. - P.314
Примечания : Библиогр.: 3 назв. - The research was carried out with a grant from the Russian Science Foundation № 21-12-00226, https://rscf.ru/project/21-12-00226/
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

13.

Вид документа : Однотомное издание
Шифр издания : Описание изобретения к патенту 2751797!-109569725
Автор(ы) : Морячков, Роман Владимирович, Слатинская, Ольга Вадимовна, Щугорева, Ирина Андреевна, Заблуда, Владимир Николаевич, Соколов, Алексей Эдуардович
Заглавие : Способ определения пространственной структуры биомолекул .-
Коллективы : Общество с ограниченной ответственностью “АптаСайенс”, Федеральная служба по интеллектуальной собственности (Роспатент), Федеральный институт промышленной собственности
Место публикации : Изобретения. Полезные модели: офиц. бюл. Фед. службы по интеллектуал. собственности (Роспатент). - 2021. - № 20
Аннотация: Использование: для определения пространственной структуры биологических молекул олигонуклеотидов, таких как ДНК/РНК-аптамеры. Сущность изобретения заключается в том, что осуществляют измерение малоуглового рентгеновского рассеяния от биомолекул в растворе, определение структурных параметров, измерение спектров гигантского комбинационного рассеяния, моделирование полноатомной модели пространственной структуры биомолекулы олигонуклеотида, при этом при построении полноатомной модели структуры биомолекулы олигонуклеотида используются его олигонуклеотидная последовательность, построенные на её основе наиболее вероятные вторичные структуры, отдельные уникальные для молекулы полосы спектров гигантского комбинационного рассеяния в диапазоне 600-1800 см-1, из которого извлекается и формируется набор данных о межатомных связях в молекуле, ответственных за образование элементов вторичной и третичной структур, а также прохождение валидации картины малоуглового рентгеновского рассеяния от модели на соответствие картине рассеяния от монодисперсного раствора с молекулами олигонуклеотида. Технический результат: обеспечение возможности получения пространственной структуры биологических молекул олигонуклеотидов высокого разрешения.
Смотреть патент,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

14.

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Ozerskaya A. V., Zamay T. N., Kolovskaya O. S., Tokarev N. A., Belugin K. V., Chanchikova N. G., Badmaev O. N., Zamay G. S., Shchugoreva I. A., Moryachkov R. V., Zabluda V. N., Khorzhevskii V. A., Shepelevich N., Gappoev S. V., Karlova E. A., Saveleva A. S., Volzhentsev A. A., Blagodatova A. N., Lukyanenko K. A., Veprintsev D. V., Smolyarova T. E., Tomilin F. N., Zamay S. S., Silnikov V. N., Berezovski M. V., Kichkailo A. S.
Заглавие : 11C-radiolabeled aptamer for imaging of tumors and metastases using positron emission tomography-computed tomography
Место публикации : Mol. Ther. Nucl. Acids. - 2021. - Vol. 26. - P.1159-1172. - ISSN 21622531 (ISSN), DOI 10.1016/j.omtn.2021.10.020
Примечания : Cited References: 44
Аннотация: Identification of primary tumors and metastasis sites is an essential step in cancer diagnostics and the following treatment. Positron emission tomography-computed tomography (PET/CT) is one of the most reliable methods for scanning the whole organism for malignancies. In this work, we synthesized an 11C-labeled oligonucleotide primer and hybridized it to an anti-cancer DNA aptamer. The 11C-aptamer was applied for in vivo imaging of Ehrlich ascites carcinoma and its metastases in mice using PET/CT. The imaging experiments with the 11C-aptamer determined very small primary and secondary tumors of 3 mm2 and less. We also compared 11C imaging with the standard radiotracer, 2-deoxy-2-[fluorine-18]fluoro-D-glucose (18F-FDG), and found better selectivity of the 11C-aptamer to metastatic lesions in the metabolically active organs than 18F-FDG. 11C radionuclide with an ultra-short (20.38 min) half-life is considered safest for PET/CT imaging and does not cause false-positive results in heart imaging. Its combination with aptamers gives us high-specificity and high-contrast imaging of cancer cells and can be applied for PET/CT-guided drug delivery in cancer therapies.
Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

15.

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Moryachkov R. V., Berlina A. N., Artyushenko P. V., Zabluda V. N., Peters G. S., Sokolov A. Е.
Заглавие : Conformational changes in DNA aptamers upon binding to Pb ions
Коллективы : Asian School-Conference on Physics and Technology of Nanostructured Materials, Азиатская школа-конференция по физике и технологии наноструктурированных материалов
Место публикации : The Fifth Asian School-Conference on Physics and Technology of Nanostructured Materials: Proceedings. - VLadivostok: Dalnauka Publishing, 2020. - Ст.VII.31.01p. - P.193. - ISBN 978-5-8044-1698-1
Примечания : The reported study was funded by RFBR, project number 19-32-90266.
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

16.

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Sherepa A. V., Zabluda V. N., Astankova K. N., Azarov I. A., Sokolov A. Е.
Заглавие : Magneto-optical properties of Ge nanoparticles in the GeO matrix
Коллективы : Asian School-Conference on Physics and Technology of Nanostructured Materials, Азиатская школа-конференция по физике и технологии наноструктурированных материалов
Место публикации : The Fifth Asian School-Conference on Physics and Technology of Nanostructured Materials: Proceedings. - VLadivostok: Dalnauka Publishing, 2020. - Ст.II.31.02p. - P.77. - ISBN 978-5-8044-1698-1
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

17.

Вид документа : Статья из сборника (выпуск продолж. издания)
Шифр издания :
Автор(ы) : Moryachkov R. V., Zabluda V. N., Berlina A. N., Peters G. S., Kichkailo A. S., Sokolov A. Е.
Заглавие : Small-angle scattering applications to the analysis of aptamer structure and conformational changes
Коллективы : Internetional Conference on Synchrotron and Free Electron Laser Radiation: Generation and Application
Место публикации : Internetional Conference on Synchrotron and Free Electron Laser Radiation: Generation and Application (2020 ; 13-16 July ; Novosibirsk). AIP Conference Proceedings: book of abstracts. - 2020. - Vol. 2299. - Ст.040002. - , DOI 10.1063/5.0030394; \b Synchrotron and free electron laser radiation: generation and application (SFR-2020). - Novosibirsk. - P.45-46
Примечания : Cited References: 40. - The reported study was funded by RFBR, project number 19-32-90266 (investigation of the structure changes). This work was financially supported by Russian Science Foundation (project # 19-44-02020, obtaining of the complexes of aptamer and lead ions). We acknowledge the European Synchrotron Radiation Facility for provision of synchrotron radiation facilities (experiment #MX-2039) and we would like to thank Bart Van Laer for assistance in using beamline BM29
Аннотация: Aptamers, structured single-chain oligonucleotides, are promising tools for detection of a wide variety of compounds, from high to low molecular weight, and affecting on them. The aptamers that are most affine for a detectable compound are selected from the libraries of random sequences by the SELEX method (Systematic evolution of ligands by exponential enrichment). The reason why aptamers deserve a special consideration lies in the specific features of their structure and the mechanism of binding to their target. Aptamers can be exploited for metal-ion sensing, biosensing, drug delivery and other functions. To apply the oligonucleotides in the medicine, ecology, food production, agriculture, etc., we need to know how the aptamers bind to their targets, how they change their conformation upon specific binding and how the environment influences on the affinity of aptamers. Small-Angle X-ray scattering showed that the interaction of aptamers with heavy metal and other divalent ions proceeds according to different mechanisms, and the aptamers used undergo different conformational changes.
Смотреть статью,
Scopus,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

18.

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Kolovskaya O. S., Zamay T. N., Zamay G. S., Babkin V. A., Medvedeva E. N., Neverova N. A., Kirichenko A. K., Zamay S. S., Lapin I. N., Morozov E. V., Sokolov A. Е., Narodov A. A., Fedorov D. G., Tomilin F. N., Zabluda V. N., Alekhina Yu., Lukyanenko K. A., Glazyrin Yu. E., Svetlichnyi V. A., Berezovski M. V., Kichkailo A. S.
Заглавие : Aptamer-conjugated superparamagnetic ferroarabinogalactan nanoparticles for targeted magnetodynamic therapy of cancer
Место публикации : Cancers. - 2020. - Vol. 12, Is. 1. - Ст.216. - ISSN 2072-6694 (eISSN), DOI 10.3390/cancers12010216
Примечания : Cited References: 46. - This research was funded by the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation; project 0287-2019-0007
Аннотация: Nanotechnologies involving physical methods of tumor destruction using functional oligonucleotides are promising for targeted cancer therapy. Our study presents magnetodynamic therapy for selective elimination of tumor cells in vivo using DNA aptamer-functionalized magnetic nanoparticles exposed to a low frequency alternating magnetic field. We developed an enhanced targeting approach of cancer cells with aptamers and arabinogalactan. Aptamers to fibronectin (AS-14) and heat shock cognate 71 kDa protein (AS-42) facilitated the delivery of the nanoparticles to Ehrlich carcinoma cells, and arabinogalactan (AG) promoted internalization through asialoglycoprotein receptors. Specific delivery of the aptamer-modified FeAG nanoparticles to the tumor site was confirmed by magnetic resonance imaging (MRI). After the following treatment with a low frequency alternating magnetic field, AS-FeAG caused cancer cell death in vitro and tumor reduction in vivo. Histological analyses showed mechanical disruption of tumor tissues, total necrosis, cell lysis, and disruption of the extracellular matrix. The enhanced targeted magnetic theranostics with the aptamer conjugated superparamagnetic ferroarabinogalactans opens up a new venue for making biocompatible contrasting agents for MRI imaging and performing non-invasive anti-cancer therapies with a deep penetrated magnetic field.
Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

19.

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Соколов, Алексей Эдуардович, Заблуда, Владимир Николаевич, Шерепа, Анна Владимировна, Волочаев, Михаил Николаевич, Великанов, Дмитрий Анатольевич, Иванова, Оксана Станиславовна
Заглавие : Магнитооптические свойства плазмоннорезонансных наночастиц
Коллективы : Федеральный исследовательский центр "Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук", Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН, Сибирский федеральный университет, "Енисейская фотоника", Всероссийская научная конференция с международным участием
Место публикации : Енисейская фотоника-2020: тезисы докладов. - Красноярск: ИФ СО РАН, 2020. - С. 91. - ISBN 978-5-6042995-8-6 (Шифр В34/Е 63-418308835)
Примечания : Cited References: 3. - Работа выполнена при поддержке совместного гранта РФФИ, Правительства Красноярского края и Красноярского краевого фонда поддержки научной и научно-технической деятельности № 19-42-240005.
Аннотация: Исследованы оптические, магнитные и магнитооптические свойства коллоидных растворов плаз-моннорезонансных наночастиц ряда благородных металлов и полупроводников. Делаются выводы о природе формирования магнетизма плазмоннорезонансных наночастиц.
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

20.

Вид документа : Однотомное издание
Шифр издания : Описание изобретения к патенту 2682605!-803453229
Автор(ы) : Заблуда, Владимир Николаевич, Сухачев, Александр Леонидович, Иванова, Оксана Станиславовна
Заглавие : Устройство для калибровки дихрографов кругового дихроизма .-
Коллективы : Федеральный исследовательский центр "Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук", Федеральная служба по интеллектуальной собственности (Роспатент), Федеральный институт промышленной собственности
Место публикации : Изобретения. Полезные модели: офиц. бюл. Фед. службы по интеллектуал. собственности (Роспатент). - 2019. - № 8
Аннотация: Изобретение относится к оптическим устройствам, имитирующим вещество, обладающее круговым дихроизмом (КД), с возможностью регулирования величины задаваемого эффекта в широком диапазоне значений на выбранной длине волны, сохраняющее ход светового луча строго по оптической оси в процессе калибровки. Устройство для калибровки дихрографов кругового дихроизма содержит линейный поляризатор, фазовую пластину, обеспечивающую разность хода между обыкновенным и необыкновенным лучами (2m+ 1)⋅λ/4). В качестве поляризатора используются две изотропные прозрачные пластины диэлектрика равных толщин с равными фиксированными углами наклона α и -α относительно оптической оси и с возможностью их согласованного вращения относительно этой оси. Технический результат - создание устройства для калибровки дихрографов кругового дихроизма, сохраняющего юстировку системы строго по оптической оси в процессе калибровки.
Смотреть патент,
Читать в сети ИФ
Найти похожие