Библиотека института физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Главная

Базы данных

Труды сотрудников ИФ СО РАН - результаты поиска

Вид поиска

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН

Каталог журналов библиотеки ИФ СО РАН

Труды сотрудников ИФ СО РАН

Область поиска

в найденном

Найдено в других БД:

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН (5)

Формат представления найденных документов:
полный	информационный	краткий

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>A=Томилин, Феликс Николаевич$<.>)

Общее количество найденных документов : 153
Показаны документы с 1 по 20

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Антипина, Любовь Юрьевна, Томилин, Феликс Николаевич, Овчинников, Сергей Геннадьевич, Высоцкий, Евгений Степанович
Заглавие : Влияние аминокислотного окружения на длину волны целентеразина, выделенного из Obelia Longissima
Коллективы : "Биология - нкука XXI века", Международная школа-конференция молодых ученых
Место публикации : Биология - наука XXI века: [13-я Междунар. Пущинская шк.-конф. молодых ученых, Пущино, 28 сент. – 02 окт. 2009 : сб. тезисов]. - С. 258
Найти похожие

Вид документа : Однотомное издание
Шифр издания : Г5/Т 56 рукописный текст
Автор(ы) : Томилин, Феликс Николаевич
Заглавие : Взаимосвязь структуры и физических свойств функциональных систем био- и наносенсорики : специальность 1.3.8 "Физика конденсированного состояния" : диссертация на соискание ученой степени доктора физико-математических наук
Выходные данные : Красноярск, 2024
Колич.характеристики :312 с
Коллективы : Федеральный исследовательский центр "Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук", Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН
Примечания : Библиогр.: 469
ГРНТИ : 31.15.15 + 29.19.22
ББК : Г511.4я031 + В352.1я031
Экземпляры :Дс(1)
Свободны : Дс(1)
Смотреть диссертацию,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Stepin E. A., Sushko E. S., Vnukova N. G., Churilov G. N., Rogova A. V., Tomilin F. N., Kudryasheva N. S.
Заглавие : Effects of endohedral Gd-containing fullerenols with a different number of oxygen substituents on bacterial bioluminescence
Колич.характеристики :19 с
Место публикации : Int. J. Mol. Sci. - 2024. - Vol. 25, Is. 2. - Ст.708. - ISSN 16616596 (ISSN), DOI 10.3390/ijms25020708. - ISSN 14220067 (eISSN)
Примечания : Cited References: 102. - This research was funded by the State Assignment of the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation, project No. 0287-2021-0020, and partly supported by the Russian Science Foundation No. 23-26-10018, Krasnoyarsk Regional Science Foundation
Аннотация: Gadolinium (Gd)-containing fullerenols are perspective agents for magnetic resonance imaging and cancer research. They combine the unique paramagnetic properties of Gd with solubility in water, low toxicity and antiradical activity of fullerenols. We compared the bioeffects of two Gd-containing fullerenols with a different number of oxygen groups—20 and 42: Gd@C82O20H14 and Gd@C82O42H32. The bioluminescent bacteria-based assay was applied to monitor the toxicity of fullerenols, bioluminescence was applied as a signal physiological parameter, and bacterial enzyme-based assay was used to evaluate the fullerenol effects on enzymatic intracellular processes. Chemiluminescence luminol assay was applied to monitor the content of reactive oxygen species (ROS) in bacterial and enzymatic media. It was shown that Gd@C82O42H32 and Gd@C82O20H14 inhibited bacterial bioluminescence at 10?1 and 10?2 gL?1, respectively, revealing a lower toxicity of Gd@C82O42H32. Low-concentration (10?3–10?1 gL?1) bacterial bioluminescence activation by Gd@C82O42H32 was observed, while this activation was not found under exposure to Gd@C82O20H14. Additional carboxyl groups in the structure of Gd@C82O42H32 were determined by infrared spectroscopy and confirmed by quantum chemical calculations. The groups were supposed to endow Gd@C82O42H32 with higher penetration ability through the cellular membrane, activation ability, lower toxicity, balancing of the ROS content in the bacterial suspensions, and lower aggregation in aqueous media.
Смотреть статью,
Scopus,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Platunov M. S., Fedorova N. A., Pyastolova Yu. V., Laptash N. M., Knyazev Yu. V., Tomilin F. N., Dubrovskiy A. A.
Заглавие : Unraveling dynamic Jahn-Teller effect and magnetism in FeTiF6×6H2O single crystal
Колич.характеристики :9 с
Место публикации : J. Alloys Compd. - 2024. - Vol. 999. - Ст.175104. - ISSN 09258388 (ISSN), DOI 10.1016/j.jallcom.2024.175104. - ISSN 18734669 (eISSN)
Примечания : Cited References: 51. - The authors thank the Joint Supercomputer Center (JSCC) of the Russian Academy of Sciences. The authors would like to express their sincere gratitude to the ID12 beamline staff their exceptional dedication and professionalism in performing the synchrotron experiment during the challenging circumstances of the COVID-pandemic. We are particularly grateful to the postdocs, scientists, and technicians who took part in the experiment, ensuring its successful completion. We also gratefully acknowledge the provision of beamtime (Proposal HC-4375) by the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF). The access to this world-class facility was instrumental in obtaining the high-quality data that formed the basis of our research. We are deeply appreciative of the contributions of all involved, and we extend our heartfelt thanks to each and every one of them
Аннотация: Hydrated iron fluoridotitanate (FeTiF6 × 6 H2O) single crystals are fascinating magnetic materials with unique properties. To understand the underlying mechanisms, this study combines X-ray absorption near-edge structure (XANES) and X-ray magnetic circular dichroism (XMCD) techniques, complemented by density functional theory (DFT) calculations. Polarization-dependent X-ray absorption spectroscopy, encompassing XANES and XMCD, is a powerful technique for probing the local structures and magnetic properties of materials. It is element-selective, bulk-sensitive, and compatible with a wide range of experimental conditions. In this study, we used XANES and XMCD spectroscopies to investigate the local structures and magnetic properties of Fe and Ti in FeTiF6 × 6 H2O single crystals. XANES analysis revealed distinct local environments around Fe and Ti, providing insights into their coordination environments. Element-selective magnetization measurement at the Fe K-edge demonstrated that iron sites in the oxidation state Fe2+ have an unambiguous paramagnetic contribution to the magnetization along the b-axis. Notably, the absence of an XMCD signal at the Ti K-edge confirmed the absence of a magnetic moment in Ti atoms within the crystal. DFT calculations corroborate the experimental findings and provide insights into the electronic structure and magnetic interactions. The combined results provide a comprehensive understanding of the dynamic Jahn-Teller effect in FeTiF6 × 6 H2O single crystals, highlighting the significance of polarization-dependent X-ray absorption spectroscopy in unraveling the intricate magnetic behavior of such materials. This study contributes to the fundamental understanding of magnetism in these materials and paves the way for the development of novel magnetic materials with tailored properties.
Смотреть статью,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Dymova M. A., Malysheva D. O., Popova V. K., Dmitrienko E. V., Endutkin A. V., Drokov D. V., Mukhanov V. S., Byvakina A. A., Kochneva G. V., Artyushenko P. V., Shchugoreva I. A., Rogova A. V., Tomilin F. N., Kichkailo A. S., Richter V. A., Kuligina E. V.
Заглавие : Characterizing aptamer interaction with the oncolytic virus VV-GMCSF-Lact
Колич.характеристики :14 с
Место публикации : Molecules. - 2024. - Vol. 29, Is. 4. - Ст.848. - ISSN 14203049 (eISSN), DOI 10.3390/molecules29040848
Примечания : Cited References: 46. - This study was supported by the Russian Science Foundation grant No. 22-64-00041, available online: https://rscf.ru/en/project/22-64-00041/ (accessed on 6 February 2024). This work was supported by the Russian state-funded project for ICBFM SB RAS (grant number 121030200173-6)
Аннотация: Aptamers are currently being investigated for their potential to improve virotherapy. They offer several advantages, including the ability to prevent the aggregation of viral particles, enhance target specificity, and protect against the neutralizing effects of antibodies. The purpose of this study was to comprehensively investigate an aptamer capable of enhancing virotherapy. This involved characterizing the previously selected aptamer for vaccinia virus (VACV), evaluating the aggregation and molecular interaction of the optimized aptamers with the recombinant oncolytic virus VV-GMCSF-Lact, and estimating their immunoshielding properties in the presence of human blood serum. We chose one optimized aptamer, NV14t_56, with the highest affinity to the virus from the pool of several truncated aptamers and built its 3D model. The NV14t_56 remained stable in human blood serum for 1 h and bound to VV-GMCSF-Lact in the micromolar range (Kd ≈ 0.35 μM). Based on dynamic light scattering data, it has been demonstrated that aptamers surround viral particles and inhibit aggregate formation. In the presence of serum, the hydrodynamic diameter (by intensity) of the aptamer–virus complex did not change. Microscale thermophoresis (MST) experiments showed that NV14t_56 binds with virus (EC50 = 1.487 × 109 PFU/mL). The analysis of the amplitudes of MST curves reveals that the components of the serum bind to the aptamer–virus complex without disrupting it. In vitro experiments demonstrated the efficacy of VV-GMCSF-Lact in conjunction with the aptamer when exposed to human blood serum in the absence of neutralizing antibodies (Nabs). Thus, NV14t_56 has the ability to inhibit virus aggregation, allowing VV-GMCSF-Lact to maintain its effectiveness throughout the storage period and subsequent use. When employing aptamers as protective agents for oncolytic viruses, the presence of neutralizing antibodies should be taken into account.
Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Однотомное издание
Шифр издания : Г5/Т 56 рукописный текст
Автор(ы) : Томилин, Феликс Николаевич
Заглавие : Взаимосвязь структуры и физических свойств функциональных систем био- и наносенсорики : специальность 1.3.8 "Физика конденсированного состояния" : автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора физико-математических наук
Выходные данные : Красноярск, 2024
Колич.характеристики : с
Коллективы : Федеральный исследовательский центр "Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук", Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН, Южный федеральный университет
Примечания : Библиогр.
ГРНТИ : 31.15.15 + 29.19.22
ББК : Г511.4я031 + В352.1я031
Смотреть автореферат,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Kozak V. V., Fedorova N. A., Olshevskaya Ju. S., Kovaleva A. V., Shubin A. A., Tarasov A. S., Varnakov S. N., Ovchinnikov S. G., Tomilin F. N., Avramov P. V.
Заглавие : Nearly flat bands and ferromagnetism in the terminated Mn2C MXene
Место публикации : Comput. Condens. Matter. - 2023. - Vol. 35. - Ст.e00806. - ISSN 23522143 (eISSN), DOI 10.1016/j.cocom.2023.e00806
Примечания : Cited References: 76. - This study was supported by the Russian Science Foundation, project no. 21-12-00226 and the JCSS Joint Super Computer Center of the Russian Academy of Sciences. P.V.A. acknowledges the National Research Foundation of the Republic of Korea grant NRF 2021R1A2C1010455
Аннотация: Using Density Functional Theory and Periodic Boundary Conditions it is shown that the hydroxylated/oxygenated/halogenated Mn2C monolayer is a 2D ferromagnetic material with a local Mn ions magnetic moment of 2.7μв per unit cell. Upon oxygenation the ferromagnetic coupling between Mn ions can be transformed into a superposition of magnetic states. In particular, the intrinsic magnetic moments in the hydroxylated/halogenated Mn2C monolayer can attain up to 6μB per unit cell. It is found that oxygen termination induces flat bands in the band structure, which evidence for the strong electron correlations and could lead to the implementation of exotic quantum phases in 2D crystals and high-temperature superconductivity. Along with the potential of the hydroxylated Mn2C monolayer characterized by the half-metallicity for application in spintronic devices as a perfect spin injector/detector, this material like other conventional MXenes is promising for the use in energy storage, electromagnetic interference shielding, and sensing.
Смотреть статью,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Томилин, Феликс Николаевич, Мельчакова Ю. А., Артюшенко П. В., Рогова А. В., Аврамов П. В.
Заглавие : Атомная и электронная структура и квантовый конфайнмент в нанокристаллитах кремния. Часть I. Нанокристаллы кремния, погруженные в матрицу оксида кремния
Место публикации : Изв. вузов. Физика. - 2023. - Т. 66, № 2. - С. 77-83. - ISSN 00213411 (ISSN), DOI 10.17223/00213411/66/2/77
Примечания : Библиогр.: 61. - Результаты были получены в рамках выполнения государственного задания Минобрнауки России, проект № FSWM-2020-0033
Аннотация: В первой части обзора рассмотрены способы синтеза, структура и фотолюминесцентные свойства нанокристаллитов кремния, погруженных в матрицу оксида кремния, в частности, пористый кремний и нанокремний, полученный методами химического осаждения из газовой фазы (Chemical vapor deposition, CVD), ионной имплантации, напыления, и реакционного испарения. Показано, что основными факторами, влияющими на величину запрещенной щели нанокристаллитов кремния, являются эффекты квантового ограничения и различного рода дефекты, включая поверхностные, как самих нанокристаллов кремния, так и SiO2-матрицы. Для пористого кремния было доказано, что эффекты размерного ограничения являются причиной эффективной люминесценции из-за проявления фононов в резонансно-возбужденной области фотолюминесценции. Особое внимание уделено исследованиям природы запрещенной щели и показано, что она является непрямой как для пористого кремния, так и для различного типа кремниевых квантовых точек. Для всех нанообъектов наблюдаются четко выраженные эффекты размерного ограничения, при этом зависимость величины запрещенной щели от эффективных размеров для различных образцов разная. Показано, что роль поверхности нанокристаллов кремния и Si/SiO2 интерфейсов в формировании электронной структуры является определяющей.
РИНЦ
Найти похожие

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Томилин, Феликс Николаевич, Мельчакова Ю. А., Артюшенко П. В., Рогова А. В., Аврамов П. В.
Заглавие : Атомная и электронная структура и квантовый конфайнмент в нанокристаллитах кремния. Часть II. Структура и оптические свойства допированных и сложных нанокристаллов
Место публикации : Изв. вузов. Физика. - 2023. - Т. 66, № 3. - С. 77-83. - ISSN 00213411 (ISSN), DOI 10.17223/00213411/66/3/77
Примечания : Библиогр.: 27. - Результаты были получены в рамках выполнения государственного задания Минобрнауки России, проект № FSWM-2020-0033
Аннотация: Во второй части обзора подробно рассмотрены структура и оптические свойства уникальных кремниевых нанокластеров, состоящих либо из двух и более фрагментов кубического кремния, химически соединенных посредством эквивалентных ˂111˃ поверхностей за счет двойникования, либо допированных ионами редкоземельных металлов нанокристаллитов кремния, в частности, ионами Er+3. Показано, что допирование нанокристаллов кремния, внедренных в оксидную матрицу, приводит к формированию узкого, с выраженной прямой зависимостью от концентрации допанта, высокоинтенсивного пика в спектрах фотолюминесценции в длинноволновой области (0.8 эВ) с одновременным резким уменьшением интегральной широкополосной интенсивности в области 1.3-1.7 эВ за счет полного подавления люминесценции от кремниевых нанокристаллов и полного переноса интегральной интенсивности в область излучения ионов эрбия. Показано, что оптимальными люминесцентными свойствами обладают nc -Si:Er/SiO2 гетероструктуры с достаточно маленькими нанокристаллами кремния, в которых ионы эрбия включены внутрь кристаллитов и не взаимодействуют с SiO2-матрицей. Был синтезирован широкий класс квази-сферических и дэкаэдральных кремниевых наночастиц двойниковой природы с эффективными размерами 20-60 нм и различными механизмами компенсации структурных напряжений.
РИНЦ
Найти похожие

10.

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Kichkailo A. S., Narodov A. A., Komarova M. A., Zamay T. N., Zamay G. S., Kolovskaya O. S., Erakhtin E. E., Glazyrin Y. E., Veprintsev D. V., Moryachkov R. V., Zabluda V. N., Shchugoreva I., Artyushenko P., Mironov V. A., Morozov D. I., Gorbushin A. V., Khorzhevskii V. A., Koshmanova A. A., Nikolaeva E. D., Grinev I. P., Voronkovskii I. I., Grek D. S., Belugin K. V., Volzhentsev A. A., Badmaev O. N., Luzan N., Lukyanenko K. A., Peters G., Lapin I. N., Kirichenko A. K., Konarev P. V., Morozov E. V, Mironov G. G., Gargaun A., Muharemagic D., Zamay S. S., Kochkina E. V., Dymova M. A., Smolyarova T. E., Sokolov A. Е., Modestov A. A., Tokarev N. A., Shepelevich N., Ozerskaya A. V., Chanchikova N. G., Krat A. V., Zukov R. A., Bakhtina V. I., Shnyakin P. G., Shesternya P. A., Svetlichnyi V. A., Petrova M. M., Artyukhov I. P., Tomilin F. N., Berezovski, Maxim V.
Заглавие : Development of DNA aptamers for visualization of glial brain tumors and detection of circulating tumor cells
Место публикации : Mol. Ther. - Nucleic Acids. - 2023. - Vol. 32. - P.267-288. - ISSN 21622531 (eISSN), DOI 10.1016/j.omtn.2023.03.015
Примечания : Cited References: 69. - The authors are grateful to all the patients and hospital staff participating in this research. We acknowledge the assistance of the AptamerLab LCC (www.aptamerlab.com) and personally Mr. Vasily Mezko for the aptamer 3D structure optimization and financial and technical support. The authors thank Mr. Alexey Kichkailo, Dr. Arkady B. Kogan, and Dr. Rinat G. Galeev for their general support. Mrs. Valentina L. Grigoreva, and Irina V. Gildebrand for the help with histological staining. Technical and instrumental support was provided by the Multiple-Access Center at Tomsk State University; the Krasnoyarsk Inter-District Ambulance Hospital, named after N.S. Karpovich; John L. Holmes Mass Spectrometry Facility at the University of Ottawa; Federal Siberian Research Clinical Centre under the Federal Medical Biological Agency; Shared Core Facilities of Molecular and Cell Technologies at Krasnoyarsk State Medical University and Krasnoyarsk Regional Centre for Collective Use at the Federal Research Centre “KSC SB RAS”. The confocal fluorescence microscopy research was carried out with the equipment of the Tomsk Regional Core Shared Research Facilities Center of the National Research Tomsk State University. The Center was supported by the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation, grant no. 075-15-2021-693 (no. 13.RFC.21.0012). Acute toxicity studies were performed in a laboratory certified for preclinical studies, Laboratory of Biological Testing, Institute of Bioorganic Chemistry named after academics M.M. Shemyakin and Y.A. Ovchinnikov Russian Academy of Sciences. The authors are grateful to the Joint Super Computer Center of the Russian Academy of Sciences for providing supercomputers for computer simulations. Development of the glioma tumor model in immunosuppressed mice was supported by the Russian Science Foundation grant No. 22-64-00041 (M.A.D.), https://rscf.ru/en/project/22-64-00041/. Synthesis of 11C-aptamer and PET/CT visualization was funded by the Federal Medical Biological Agency; project 122041800132-2 (A.V.O.). Aptamer selection and their clinical applications were funded by the Ministry of Healthcare of the Russian Federation; project АААА-Б19-219090690032-5 (T.N.Z.). The Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation project FWES-2022-0005 (A.S.K.) supported aptamer characterization, molecular modelling, and in vivo experiments. Mass spectrometry analyses, DNA sequencing, and synthesis were supported by NSERC Discovery Grant (M.V.B.). We acknowledge the European Synchrotron Radiation Facility for SAXS experiments and thank Dr. Bart Van Laer for assistance in using a beamline BM29. SAXS measurements were supported by RFBR № 18-32-00478 for young scientists (R.V.M.). The synchrotron SEC-SAXS data for Gli-55 aptamer were also collected at beamline P12 operated by EMBL Hamburg at the PETRA III storage ring (DESY, Hamburg, Germany)
Аннотация: Here, we present DNA aptamers capable of specific binding to glial tumor cells in vitro, ex vivo, and in vivo for visualization diagnostics of central nervous system tumors. We selected the aptamers binding specifically to the postoperative human glial primary tumors and not to the healthy brain cells and meningioma, using a modified process of systematic evolution of ligands by exponential enrichment to cells; sequenced and analyzed ssDNA pools using bioinformatic tools and identified the best aptamers by their binding abilities; determined three-dimensional structures of lead aptamers (Gli-55 and Gli-233) with small-angle X-ray scattering and molecular modeling; isolated and identified molecular target proteins of the aptamers by mass spectrometry; the potential binding sites of Gli-233 to the target protein and the role of post-translational modifications were verified by molecular dynamics simulations. The anti-glioma aptamers Gli-233 and Gli-55 were used to detect circulating tumor cells in liquid biopsies. These aptamers were used for in situ, ex vivo tissue staining, histopathological analyses, and fluorescence-guided tumor and PET/CT tumor visualization in mice with xenotransplanted human astrocytoma. The aptamers did not show in vivo toxicity in the preclinical animal study. This study demonstrates the potential applications of aptamers for precise diagnostics and fluorescence-guided surgery of brain tumors.
Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

11.

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Kudryavtsev, Alexander N., Krasitskaya, Vasilisa V., Efremov, Maxim K., Zangeeva, Sayana V., Rogova A. V., Tomilin F. N., Frank, Ludmila A.
Заглавие : Ca2+-triggered coelenterazine-binding protein Renilla: Expected and unexpected features
Место публикации : Int. J. Mol. Sci. - 2023. - Vol. 24, Is. 3. - Ст.2144. - ISSN 16616596 (ISSN), DOI 10.3390/ijms24032144. - ISSN 14220067 (eISSN)
Примечания : Cited References: 24. - This research was supported by the state budget allocated to the fundamental research at the Russian Academy of Sciences, project No. 0287-2022-0002 and the Interagency Supercomputer Center of the Russian Academy of Sciences, MVS-100K and MVS-10P
Аннотация: Ca2+-triggered coelenterazine-binding protein (CBP) is a natural form of the luciferase substrate involved in the Renilla bioluminescence reaction. It is a stable complex of coelenterazine and apoprotein that, unlike coelenterazine, is soluble and stable in an aquatic environment and yields a significantly higher bioluminescent signal. This makes CBP a convenient substrate for luciferase-based in vitro assay. In search of a similar substrate form for the luciferase NanoLuc, a furimazine-apoCBP complex was prepared and verified against furimazine, coelenterazine, and CBP. Furimazine-apoCBP is relatively stable in solution and in a frozen or lyophilized state, but as distinct from CBP, its bioluminescence reaction with NanoLuc is independent of Ca2+. NanoLuc turned out to utilize all the four substrates under consideration. The pairs of CBP-NanoLuc and coelenterazine-NanoLuc generate bioluminescence with close efficiency. As for furimazine-apoCBP-NanoLuc pair, the efficiency with which it generates bioluminescence is almost twice lower than that of the furimazine-NanoLuc. The integral signal of the CBP-NanoLuc pair is only 22% lower than that of furimazine-NanoLuc. Thus, along with furimazine as the most effective NanoLuc substrate, CBP can also be recommended as a substrate for in vitro analytical application in view of its water solubility, stability, and Ca2+-triggering “character”.
Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

12.

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Tomilin F. N., Artyushenko P. V., Shchugoreva I. A., Rogova A. V., Vnukova N. G., Churilov G. N., Shestakov N. P., Tchaikovskaya O. N., Ovchinnikov S. G., Avramov P. V.
Заглавие : Structure and vibrational spectroscopy of C82 fullerenol valent isomers: An experimental and theoretical joint study
Место публикации : Molecules. - 2023. - Vol. 28, Is. 4. - Ст.1569. - ISSN 14203049 (eISSN), DOI 10.3390/molecules28041569
Примечания : Cited References: 57. - Synthesis and spectroscopic study of the Gd@C82OxHy complexes were supported by the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation under project FWES-2022-0005. Molecular design of the fullerene derivatives was supported by the National Research Foundation of the Republic of Korea, grant NRF 2021R1A2C1010455. DFTB3 electronic structure calculations were supported by Project FSWM-2020-0033 of the Russian Ministry of Science and Education
Аннотация: Gd@C82OxHy endohedral complexes for advanced biomedical applications (computer tomography, cancer treatment, etc.) were synthesized using high-frequency arc plasma discharge through a mixture of graphite and Gd2O3 oxide. The Gd@C82 endohedral complex was isolated by high-efficiency liquid chromatography and consequently oxidized with the formation of a family of Gd endohedral fullerenols with gross formula Gd@C82O8(OH)20. Fourier-transformed infrared (FTIR) spectroscopy was used to study the structure and spectroscopic properties of the complexes in combination with the DFTB3 electronic structure calculations and infrared spectra simulations. It was shown that the main IR spectral features are formed by a fullerenole C82 cage that allows one to consider the force constants at the DFTB3 level of theory without consideration of gadolinium endohedral ions inside the carbon cage. Based on the comparison of experimental FTIR and theoretical DFTB3 IR spectra, it was found that oxidation of the C82 cage causes the formation of Gd@C82O28H20, with a breakdown of the integrity of the parent C82 cage with the formation of pores between neighboring carbonyl and carboxyl groups. The Gd@C82O6(OOH)2(OH)18 endohedral complex with epoxy, carbonyl and carboxyl groups was considered the most reliable fullerenole structural model.
Смотреть статью,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

13.

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Poolsup S., Zaripov E., Huttmann N., Minic Z., Artyushenko P. V., Shchugoreva I. A., Tomilin F. N., Kichkailo A. S., Berezovski M. V.
Заглавие : Discovery of DNA aptamers targeting SARS-CoV-2 nucleocapsid protein and protein-binding epitopes for label-free COVID-19 diagnostics
Место публикации : Mol. Ther. Nucleic Acids. - 2023. - Vol. 31. - P.731-743. - ISSN 21622531 (eISSN), DOI 10.1016/j.omtn.2023.02.010
Примечания : Cited References: 74. - M.V.B. thanks the Canadian Institutes of Health Research grant OV1-170353 for providing financial support. Molecular modeling and docking were supported by a grant from the Russian Science Foundation (project number 21-73-20240) for A.S.K. S.P. is thankful to Dr. Bob Dass, Dylan Tanner, and Dr. Degang Liu, Sartorius for generously providing excellent technical training and consumable support for binding assay on BLI, and Aldo Jordan for assisting with creating the figures. The authors also thank John L. Holmes’s mass spectrometry facility for providing access to perform nLC-MS/MS. Lastly, the authors thank the JCSS Joint Super Computer Center of the Russian Academy of Sciences for providing supercomputers for computer simulations
Аннотация: The spread of COVID-19 has affected billions of people across the globe, and the diagnosis of viral infection still needs improvement. Because of high immunogenicity and abundant expression during viral infection, SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) protein could be an important diagnostic marker. This study aimed to develop a label-free optical aptasensor fabricated with a novel single-stranded DNA aptamer to detect the N protein. The N-binding aptamers selected using asymmetric-emulsion PCR-SELEX and their binding affinity and cross-reactivity were characterized by biolayer interferometry. The tNSP3 aptamer (44 nt) was identified to bind the N protein of wild type and Delta and Omicron variants with high affinity (KD in the range of 0.6–3.5 nM). Utilizing tNSP3 to detect the N protein spiked in human saliva evinced the potential of this aptamer with a limit of detection of 4.5 nM. Mass spectrometry analysis was performed along with molecular dynamics simulation to obtain an insight into how tNSP3 binds to the N protein. The identified epitope peptides are localized within the RNA-binding domain and C terminus of the N protein. Hence, we confirmed the performance of this aptamer as an analytical tool for COVID-19 diagnosis.
Смотреть статью,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

14.

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Fedorova, Natalja A., Kovaleva, Alena V., Olshevskaya Ju. S., Ivanova D. A., Kozak V. V., Shubin A. A., Tarasov A. S., Varnakov S. N., Ovchinnikov S. G., Moshkina E. M., Maximova O. A., Avramov P. V., Tomilin F. N.
Заглавие : Substitution effects in spin-polarized (Cr4-xFex)0.5AC (A = Ge, Si, Al) MAX phases
Место публикации : Magnetochemistry. - 2023. - Vol. 9, Is. 6. - Ст.147. - ISSN 23127481 (eISSN), DOI 10.3390/magnetochemistry9060147
Примечания : Cited References: 59. - This study was supported by the Russian Science Foundation, project no. 21-12-00226. P.V.A. acknowledges the support of the National Research Foundation of the Republic of Korea, grant no. NRF 2021R1A2C1010455
Аннотация: The use of spintronic devices with a tunable magnetic order on small scales is highly important for novel applications. The MAX phases containing transition metals and/or magnetic ion-substituted lattices attract a lot of attention. In this study, the magnetic and electronic properties of (Cr4-xFex)0.5AC (A = Ge, Si, Al) compounds were predicted and investigated within the density functional theory. It was established that single-substituted (Cr3Fe1)0.5AC (A = Ge, Si, Al) lattices are favorable in terms of energy. An analysis of the magnetic states of the MAX phases demonstrated that their spin order changes upon substitution of iron atoms for chromium ones. It was found that mostly the (Cr4-xFex)0.5GeC and (Cr4-xFex)0.5AlC lattices acquire a ferrimagnetic state in contrast to (Cr4-xFex)0.5SiC for which the ferromagnetic spin order dominates. It was pointed out that the atomic substitution could be an efficient way to tune the magnetic properties of proposed (Cr4-xFex)0.5AC (A = Ge, Si, Al) MAX phases.
Смотреть статью,
WOS,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

15.

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Ovchinnikov S. G., Kozak V. V., Fedorova N. A., Olshevskaya J., Kovaleva A. V., Shubin A. A., Tarasov A. S., Ovchinnikova T. M., Varnakov S. N., Tomilin F. N.
Заглавие : Substitution effect of magnetic MAX-phases (Cr4-xFex)0.5AC (A = Ge, Si, Al)
Коллективы : International Baltic Conference on Magnetism, Балтийский федеральный университет им. И. Канта
Место публикации : V International Baltic Conference on Magnetism. IBCM: Book of abstracts. - 2023. - P.103
Примечания : РНФ № 21-12-00226
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

16.

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
Шифр издания :
Автор(ы) : Tomilin F. N., Kozak V. V., Fedorova N. A., Shubin A., Tarasov A. S., Varnakov S. N., Ovchinnikov S. G.
Заглавие : Ferromagnetism in the terminated Mn2C MXene
Коллективы : International Baltic Conference on Magnetism, Балтийский федеральный университет им. И. Канта
Место публикации : V International Baltic Conference on Magnetism. IBCM: Book of abstracts. - 2023. - P.18
Примечания : Cited References: 1
Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

17.

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Yakimanskiy, Anton A., Kaskevich, Ksenia I., Chulkova, Tatiana G., Krasnopeeva, Elena L., Savilov, Serguei V., Voinova, Vera V., Neumolotov, Nikolay K., Zhdanov, Andrey P., Rogova, Anastasia V., Tomilin F. N., Zhizhin, Konstantin Yu., Yakimansky, Alexander V.
Заглавие : Effect of complexation with closo-decaborate anion on photophysical properties of copolyfluorenes containing dicyanophenanthrene units in the main chain
Колич.характеристики :11 с
Место публикации : Micro. - 2023. - Vol. 3, Is. 4. - P.930-940. - ISSN 26738023 (eISSN), DOI 10.3390/micro3040063
Примечания : Cited References: 23. - This work was supported by the Russian Science Foundation, grant no. 23-43-00060
Аннотация: The functionalization of copolyfluorenes containing dicyanophenanthrene units by closo-decaborate anion is described. Target copolyfluorenes were analyzed using SEM, UV-vis, luminescence, NMR, and Fourier-transform infrared (FTIR) spectroscopy. The effect of complexation with the closo-decaborate anion on the photophysical properties was studied both experimentally and theoretically. The PL data indicate an efficient charge transfer from fluorene to the dicyanophenanthrene units coordinated to the closo-decaborate. The coordination of closo-decaborate clusters to the nitrile groups of copolyfluorenes provides an important route to new materials for sensors and light-emitting devices while, at the same time, serving as a platform for further study of the nature of boron clusters.
Смотреть статью,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

18.

Вид документа : Статья из журнала
Шифр издания :
Автор(ы) : Дымова М. А., Кулигина Е. В., Рихтер В. А., Артюшенко П. В., Рогова А. В., Щугорева И. А., Томилин, Феликс Николаевич, Кичкайло А. С., Замай Т. Н.
Заглавие : Получение высокоселективных аптамеров к онколитическому вирусу VV-GMCSF-Lact. Теоретические и экспериментальные подходы
Колич.характеристики :7 с
Место публикации : Сиб. мед. обозрение. - 2023. - № 5. - С. 95-101. - ISSN 18199496 (ISSN), DOI 10.20333/25000136-2023-5-95-101; Sib. Med. Rev. - ISSN 25000136 (eISSN)
Примечания : Библиогр.: 21. - Исследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда № 22-64-00041, https://rscf.ru/project/22-64-00041/. Работа также поддержана в рамках государственного задания ИХБФМ СО РАН No121030200173-6 (наработка вируса). Авторы благодарят Межведомственный суперкомпьютерный центр Российской академии наук (МСЦ РАН) за предоставление вычислительных мощностей
Аннотация: Введение. Деструкция злокачественных опухолей с помощью онколитических вирусов – один из наиболее эффективных и безопасных способов противоопухолевой терапии. Для получения доступа к опухолевым клеткам вирус должен длительное время циркулировать в кровотоке, избегая действия иммунной системы. Однако при введении вируса в организм он провоцирует выработку вируснейтрализующих антител, снижающих его противоопухолевый эффект. Наиболее эффективным способом защиты вируса от нейтрализующих антител является его экранирование, в частности, с помощью селективных к нему ДНК-аптамеров. Цель исследования. С помощью экспериментальных методов и теоретических расчётов разработать подходящие для создания противоопухолевого препарата на основе онколитического вируса VV-GMCSF-Lact ДНК-аптамеры, эффективно экранирующие вирусы и способные защитить их от вируснейтрализующих антител. Материал и методы. Моделирование вторичных структур аптамеров выполнено в программе для фолдинга нуклеиновых кислот mFold, моделирование соответствующих пространственных полноатомных структур аптамеров – в программах SimRNA и VMD. Расчёты молекулярной динамики проведены в программном пакете GROMACS 2018.8. Кластерный анализ полученных молекулярно-динамических траекторий выполнен в программе VMD. Оценка связывания Cy5-модифицированных аптамеров с вирусом проведена с помощью проточной цитометрии на цитофлуориметре BD FACSCanto II (Becton Dickinson, г. Франклин Лейкс, Нью-Джерси, США). Результаты. Модификация аптамеров, экспериментально полученных с помощью технологии SELEX, позволила получить пять укороченных олигонуклеотидов NV1t_72, NV4t_64, NV4t_53, NV14t_41 и NV14t_57, экранирующих онколитический вирус VV-GMCSF-Lact, самым эффективным из которых оказался аптамер NV14t_57. Теоретические расчёты показали, что аффинность аптамеров определяется их трёхмерной структурой, зависящей от способа модификации. Заключение. Получен высокоселективный аптамер NV14t_57, который является наиболее перспективным кандидатом для дальнейшей работы по созданию препарата для противоопухолевой терапии онкологических заболеваний на основе онколитического вируса осповакцины VVGMCSF-Lact.Introduction. Destruction of malignant tumours with oncolytic viruses is one of the most effective and safe methods of antitumor therapy. To gain access to tumour cells, the virus must circulate in the bloodstream for a long time, avoiding the action of the immune system. However, when a virus is introduced into the body, it provokes the production of virus-neutralising antibodies that reduce its antitumor effect. The most effective way to protect a virus from antibodies that neutralise it is to screen it: in particular, using selective DNA aptamers. The aim of the research. Using experimental methods and theoretical calculations, to develop DNA aptamers suitable for creating an antitumor drug based on the VV-GMCSF-Lact oncolytic virus, which effectively screen viruses and can protect them from virus-neutralising antibodies. Material and methods. Modelling of the secondary structures of aptamers was performed using the mFold program for nucleic acid folding, modelling of the corresponding spatial full-atom structures of aptamers was performed using the SimRNA and VMD programs. Molecular dynamics calculations were carried out using the GROMACS 2018.8 software package. Cluster analysis of the obtained molecular dynamic trajectories was performed using the VMD program. Binding of Cy5-modified aptamers to the virus was assessed using flow cytometry on a BD FACSCanto II cytometer (Becton Dickinson, Franklin Lakes, New Jersey, USA). Results. Modification of aptamers experimentally obtained using the SELEX technology made it possible to obtain five truncated oligonucleotides NV1t_72, NV4t_64, NV4t_53, NV14t_41, and NV14t_57, which screen the oncolytic virus VV-GMCSF-Lact, the most effective of which was the NV14t_57 aptamer. Theoretical calculations have shown that the affinity of aptamers is determined by their three-dimensional structure, which depends on the method of modification. Conclusion. A highly selective aptamer NV14t_57 has been obtained, which is the most promising candidate for further work on the creation of a drug for antitumor therapy of oncological diseases based on the VV-GMCSF-Lact oncolytic vaccinia virus.
Смотреть статью,
РИНЦ,
Scopus
Найти похожие

19.

Вид документа : Однотомное издание
Шифр издания :
Автор(ы) : Щугорева, Ирина Андреевна
Заглавие : Моделирование структуры и свойств синтетических олигомеров методами теории функционала плотности : специальность 1.3.8 "Физика конденсированного состояния" : автореферат диссертации на соискание ученой степени канд. физ.-мат. наук : защищена 13.10.2023
Выходные данные : Красноярск, 2023
Колич.характеристики :20 с
Коллективы : Федеральный исследовательский центр "Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук", Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН, Южный федеральный университет
Примечания : Библиогр.
Смотреть автореферат,
Читать в сети ИФ
Найти похожие

20.

Вид документа : Однотомное издание
Шифр издания : Г2/Щ 93 рукописный текст
Автор(ы) : Щугорева, Ирина Андреевна
Заглавие : Моделирование структуры и свойств синтетических олигомеров методами теории функционала плотности : специальность 1.3.8 "Физика конденсированного состояния" : диссертация на соискание ученой степени канд. физ.-мат. наук
Выходные данные : Красноярск, 2023
Колич.характеристики :96 с
Коллективы : Федеральный исследовательский центр "Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук", Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН
Примечания : Библиогр. : 95
ГРНТИ : 31.15.15 + 31.21
ББК : Г239я031
Экземпляры :ДС(1)
Свободны : ДС(1)
Смотреть диссертацию,
Читать в сети ИФ
Найти похожие