Библиотека института физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Главная

Базы данных

Труды сотрудников ИФ СО РАН - результаты поиска

Вид поиска

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН

Каталог журналов библиотеки ИФ СО РАН

Труды сотрудников ИФ СО РАН

Область поиска

в найденном

Найдено в других БД:

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН (5)

Формат представления найденных документов:
полный	информационный	краткий

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>A=Томилин, Феликс Николаевич$<.>)

Общее количество найденных документов : 153
Показаны документы с 1 по 20

Влияние аминокислотного окружения на длину волны целентеразина, выделенного из Obelia Longissima / Л. Ю. Антипина, Ф. Н. Томилин [и др.] // Биология - наука XXI века : [13-я Междунар. Пущинская шк.-конф. молодых ученых, Пущино, 28 сент. – 02 окт. 2009 : сб. тезисов]. - С. 258

Держатели документа:
Институт физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Доп.точки доступа:
Антипина, Любовь Юрьевна; Antipina, L. Yu.; Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Ovchinnikov, S. G.; Высоцкий, Евгений Степанович; "Биология - нкука XXI века", Международная школа-конференция молодых ученых(13 ; 2009 ; сент.-окт. ; Пущино, Моск. обл.)
}
Найти похожие

   Г5
   Т 56

    Томилин, Феликс Николаевич.
    Взаимосвязь структуры и физических свойств функциональных систем био- и наносенсорики [Рукопись] : специальность 1.3.8 "Физика конденсированного состояния" : диссертация на соискание ученой степени доктора физико-математических наук / Ф. Н. Томилин ; науч. конс. С. Г. Овчинников ; Федер. исслед. центр "Краснояр. науч. центр Сиб. отд-ния Рос. акад. наук". - Красноярск, 2024. - 312 с. - Библиогр.: 469. -

ГРНТИ

31.15.15

29.19.22

ББК Г511.4я031 + В352.1я031

Смотреть диссертацию,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Библиотека Института физики им. Л.В. Киренского СО РАН
Доп.точки доступа:
Овчинников, Сергей Геннадьевич \науч. конс.\; Ovchinnikov, S. G.; Tomilin, F. N.; Федеральный исследовательский центр "Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук"; Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН
Экземпляры всего: 1
Дс (1)
Свободны: Дс (1)}
Найти похожие

    Effects of endohedral Gd-containing fullerenols with a different number of oxygen substituents on bacterial bioluminescence / E. A. Stepin, E. S. Sushko, N. G. Vnukova [et al.] // Int. J. Mol. Sci. - 2024. - Vol. 25, Is. 2. - Ст. 708, DOI 10.3390/ijms25020708. - Cited References: 102. - This research was funded by the State Assignment of the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation, project No. 0287-2021-0020, and partly supported by the Russian Science Foundation No. 23-26-10018, Krasnoyarsk Regional Science Foundation . - ISSN 1661-6596. - ISSN 1422-0067
   Перевод заглавия: Влияние эндоэдральных Gd-содержащих фуллеренолов с различным числом кислородных заместителей на биолюминесценцию бактерий
Кл.слова (ненормированные):
endohedral fullerenol -- gadolinium -- bioluminescence -- bacterial bioassay -- toxicity -- enzymatic bioassay -- reactive oxygen species -- density functional tight binding method -- fourier-transform infrared spectroscopy
Аннотация: Gadolinium (Gd)-containing fullerenols are perspective agents for magnetic resonance imaging and cancer research. They combine the unique paramagnetic properties of Gd with solubility in water, low toxicity and antiradical activity of fullerenols. We compared the bioeffects of two Gd-containing fullerenols with a different number of oxygen groups—20 and 42: Gd@C82O20H14 and Gd@C82O42H32. The bioluminescent bacteria-based assay was applied to monitor the toxicity of fullerenols, bioluminescence was applied as a signal physiological parameter, and bacterial enzyme-based assay was used to evaluate the fullerenol effects on enzymatic intracellular processes. Chemiluminescence luminol assay was applied to monitor the content of reactive oxygen species (ROS) in bacterial and enzymatic media. It was shown that Gd@C82O42H32 and Gd@C82O20H14 inhibited bacterial bioluminescence at >10?1 and >10?2 gL?1, respectively, revealing a lower toxicity of Gd@C82O42H32. Low-concentration (10?3–10?1 gL?1) bacterial bioluminescence activation by Gd@C82O42H32 was observed, while this activation was not found under exposure to Gd@C82O20H14. Additional carboxyl groups in the structure of Gd@C82O42H32 were determined by infrared spectroscopy and confirmed by quantum chemical calculations. The groups were supposed to endow Gd@C82O42H32 with higher penetration ability through the cellular membrane, activation ability, lower toxicity, balancing of the ROS content in the bacterial suspensions, and lower aggregation in aqueous media.

Смотреть статью,
Scopus,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Biophysics Department, School of Fundamental Biology and Biotechnology, Siberian Federal University, 660041 Krasnoyarsk, Russia
Institute of Biophysics SB RAS, FRC KSC SB RAS, 660036 Krasnoyarsk, Russia
Institute of Physics SB RAS, FRC KSC SB RAS, 660036 Krasnoyarsk, Russia
Department of Solid State Physics and Nanotechnology, School of Engineering Physics and Radioelectronics, Siberian Federal University, 660074 Krasnoyarsk, Russia
Department of Physical and Inorganic Chemistry, School of Non-Ferrous Metals and Materials Science, Siberian Federal University, 660025 Krasnoyarsk, Russia
Laboratory for Digital Controlled Drugs and Theranostics, FRC KSC SB RAS, 660036 Krasnoyarsk, Russia

Доп.точки доступа:
Stepin, E. A.; Sushko, E. S.; Сушко, Екатерина Сергеевна; Vnukova, N. G.; Внукова, Наталья Григорьевна; Churilov, G. N.; Чурилов, Григорий Николаевич; Rogova, A. V.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Kudryasheva, N. S.
}
Найти похожие

Unraveling dynamic Jahn-Teller effect and magnetism in FeTiF6×6H2O single crystal / M. S. Platunov, N. A. Fedorova, Yu. V. Pyastolova [et al.] // J. Alloys Compd. - 2024. - Vol. 999. - Ст. 175104, DOI 10.1016/j.jallcom.2024.175104. - Cited References: 51. - The authors thank the Joint Supercomputer Center (JSCC) of the Russian Academy of Sciences. The authors would like to express their sincere gratitude to the ID12 beamline staff their exceptional dedication and professionalism in performing the synchrotron experiment during the challenging circumstances of the COVID-pandemic. We are particularly grateful to the postdocs, scientists, and technicians who took part in the experiment, ensuring its successful completion. We also gratefully acknowledge the provision of beamtime (Proposal HC-4375) by the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF). The access to this world-class facility was instrumental in obtaining the high-quality data that formed the basis of our research. We are deeply appreciative of the contributions of all involved, and we extend our heartfelt thanks to each and every one of them . - ISSN 0925-8388. - ISSN 1873-4669
Кл.слова (ненормированные):
Dynamic Jahn-Teller effect -- Density functional theory -- B3LYP -- Magnetic and electronic properties -- Mossbauer spectroscopy -- XMCD -- XANES
Аннотация: Hydrated iron fluoridotitanate (FeTiF6 × 6 H2O) single crystals are fascinating magnetic materials with unique properties. To understand the underlying mechanisms, this study combines X-ray absorption near-edge structure (XANES) and X-ray magnetic circular dichroism (XMCD) techniques, complemented by density functional theory (DFT) calculations. Polarization-dependent X-ray absorption spectroscopy, encompassing XANES and XMCD, is a powerful technique for probing the local structures and magnetic properties of materials. It is element-selective, bulk-sensitive, and compatible with a wide range of experimental conditions. In this study, we used XANES and XMCD spectroscopies to investigate the local structures and magnetic properties of Fe and Ti in FeTiF6 × 6 H2O single crystals. XANES analysis revealed distinct local environments around Fe and Ti, providing insights into their coordination environments. Element-selective magnetization measurement at the Fe K-edge demonstrated that iron sites in the oxidation state Fe2+ have an unambiguous paramagnetic contribution to the magnetization along the b-axis. Notably, the absence of an XMCD signal at the Ti K-edge confirmed the absence of a magnetic moment in Ti atoms within the crystal. DFT calculations corroborate the experimental findings and provide insights into the electronic structure and magnetic interactions. The combined results provide a comprehensive understanding of the dynamic Jahn-Teller effect in FeTiF6 × 6 H2O single crystals, highlighting the significance of polarization-dependent X-ray absorption spectroscopy in unraveling the intricate magnetic behavior of such materials. This study contributes to the fundamental understanding of magnetism in these materials and paves the way for the development of novel magnetic materials with tailored properties.

Смотреть статью,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Synchrotron Radiation Facility SKIF, Boreskov Institute of Catalysis SB RAS, Kol’tsovo 630559 , Russia
Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center KSC SB RAS, Krasnoyarsk 660036, Russia
Institute of Chemistry, Far Eastern Branch of RAS, Vladivostok 690022, Russia

Доп.точки доступа:
Platunov, M. S.; Платунов, Михаил Сергеевич; Fedorova, N. A.; Федорова, Наталья А.; Pyastolova, Yu. V.; Пястолова, Юлия Валентиновна; Laptash, N. M.; Knyazev, Yu. V.; Князев, Юрий Владимирович; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Dubrovskiy, A. A.; Дубровский, Андрей Александрович
}
Найти похожие

Characterizing aptamer interaction with the oncolytic virus VV-GMCSF-Lact / M. A. Dymova, D. O. Malysheva, V. K. Popova [et al.] // Molecules. - 2024. - Vol. 29, Is. 4. - Ст. 848, DOI 10.3390/molecules29040848. - Cited References: 46. - This study was supported by the Russian Science Foundation grant No. 22-64-00041, available online: https://rscf.ru/en/project/22-64-00041/ (accessed on 6 February 2024). This work was supported by the Russian state-funded project for ICBFM SB RAS (grant number 121030200173-6) . - ISSN 1420-3049
Кл.слова (ненормированные):
aptamer -- oncolytic virus -- glioma -- dynamic light scattering -- microscale thermophoresis
Аннотация: Aptamers are currently being investigated for their potential to improve virotherapy. They offer several advantages, including the ability to prevent the aggregation of viral particles, enhance target specificity, and protect against the neutralizing effects of antibodies. The purpose of this study was to comprehensively investigate an aptamer capable of enhancing virotherapy. This involved characterizing the previously selected aptamer for vaccinia virus (VACV), evaluating the aggregation and molecular interaction of the optimized aptamers with the recombinant oncolytic virus VV-GMCSF-Lact, and estimating their immunoshielding properties in the presence of human blood serum. We chose one optimized aptamer, NV14t_56, with the highest affinity to the virus from the pool of several truncated aptamers and built its 3D model. The NV14t_56 remained stable in human blood serum for 1 h and bound to VV-GMCSF-Lact in the micromolar range (Kd ≈ 0.35 μM). Based on dynamic light scattering data, it has been demonstrated that aptamers surround viral particles and inhibit aggregate formation. In the presence of serum, the hydrodynamic diameter (by intensity) of the aptamer–virus complex did not change. Microscale thermophoresis (MST) experiments showed that NV14t_56 binds with virus (EC50 = 1.487 × 109 PFU/mL). The analysis of the amplitudes of MST curves reveals that the components of the serum bind to the aptamer–virus complex without disrupting it. In vitro experiments demonstrated the efficacy of VV-GMCSF-Lact in conjunction with the aptamer when exposed to human blood serum in the absence of neutralizing antibodies (Nabs). Thus, NV14t_56 has the ability to inhibit virus aggregation, allowing VV-GMCSF-Lact to maintain its effectiveness throughout the storage period and subsequent use. When employing aptamers as protective agents for oncolytic viruses, the presence of neutralizing antibodies should be taken into account.

Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Lavrentiev av. 8, 630090 Novosibirsk, Russia
Department of Natural Sciences, Novosibirsk State University, Pirogova str. 1, 630090 Novosibirsk, Russia
State Research Center of Virology and Biotechnology “Vector”, 630559 Koltsovo, Russia
Laboratory for Biomolecular and Medical Technologies, Krasnoyarsk State Medical University Named after Prof. V.F. Voyno-Yasenetsky, Partizana Zheleznyaka str. 1, 660022 Krasnoyarsk, Russia
Federal Research Center KSC SB RAS, 50 Akademgorodok, 660036 Krasnoyarsk, Russia
Kirensky Institute of Physics, 50/38 Akademgorodok, 660012 Krasnoyarsk, Russia

Доп.точки доступа:
Dymova, M. A.; Malysheva, D. O.; Popova, V. K.; Dmitrienko, E. V.; Endutkin, A. V.; Drokov, D. V.; Mukhanov, V. S.; Byvakina, A. A.; Kochneva, G. V.; Artyushenko, P. V.; Shchugoreva, I. A.; Rogova, A. V.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Kichkailo, A. S.; Richter, V. A.; Kuligina, E. V.
}
Найти похожие

   Г5
   Т 56

    Томилин, Феликс Николаевич.
    Взаимосвязь структуры и физических свойств функциональных систем био- и наносенсорики [] : специальность 1.3.8 "Физика конденсированного состояния" : автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора физико-математических наук / Ф. Н. Томилин ; науч. конс. С. Г. Овчинников ; офиц. опп.: М. Ю. Балакина [и др.] ; Федер. исслед. центр "Краснояр. науч. центр Сиб. отд-ния Рос. акад. наук" [и др.]. - Красноярск, 2024. - Библиогр. -

ГРНТИ

31.15.15

29.19.22

ББК Г511.4я031 + В352.1я031

Смотреть автореферат,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Институт физики им. Л.В. Киренского СО РАН
Доп.точки доступа:
Овчинников, Сергей Геннадьевич \науч. конс.\; Ovchinnikov, S. G.; Балакина, Марина Юрьевна \офиц. опп.\; Квашнин, Дмитрий Геннадиевич \офиц. опп.\; Стрельцов, Сергей Владимирович \офиц. опп.\; Tomilin, F. N.; Федеральный исследовательский центр "Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук"; Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН; Южный федеральный университет
Свободных экз. нет}
Найти похожие

Nearly flat bands and ferromagnetism in the terminated Mn2C MXene / V. V. Kozak, N. A. Fedorova, Ju. S. Olshevskaya [et al.] // Comput. Condens. Matter. - 2023. - Vol. 35. - Ст. e00806, DOI 10.1016/j.cocom.2023.e00806. - Cited References: 76. - This study was supported by the Russian Science Foundation, project no. 21-12-00226 and the JCSS Joint Super Computer Center of the Russian Academy of Sciences. P.V.A. acknowledges the National Research Foundation of the Republic of Korea grant NRF 2021R1A2C1010455 . - ISSN 2352-2143
Кл.слова (ненормированные):
MXene -- Nanomaterials -- B3LYP -- Ferromagnet -- Spintronics -- 2D magnetism -- Half metal -- Hydroxylated/oxygenated/halogenated MXene
Аннотация: Using Density Functional Theory and Periodic Boundary Conditions it is shown that the hydroxylated/oxygenated/halogenated Mn2C monolayer is a 2D ferromagnetic material with a local Mn ions magnetic moment of 2.7μв per unit cell. Upon oxygenation the ferromagnetic coupling between Mn ions can be transformed into a superposition of magnetic states. In particular, the intrinsic magnetic moments in the hydroxylated/halogenated Mn2C monolayer can attain up to 6μB per unit cell. It is found that oxygen termination induces flat bands in the band structure, which evidence for the strong electron correlations and could lead to the implementation of exotic quantum phases in 2D crystals and high-temperature superconductivity. Along with the potential of the hydroxylated Mn2C monolayer characterized by the half-metallicity for application in spintronic devices as a perfect spin injector/detector, this material like other conventional MXenes is promising for the use in energy storage, electromagnetic interference shielding, and sensing.

Смотреть статью,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center KSC SB RAS, Krasnoyarsk, 660036, Russia
Siberian Federal University, Krasnoyarsk, 660041, Russia
Department of Chemistry, College of Natural Sciences, Kyungpook National University, 80 Daehak-ro, Buk-gu, Daegu, 41566, Republic of Korea

Доп.точки доступа:
Kozak, V. V.; Козак, Виктория Валерьевна; Fedorova, N. A.; Olshevskaya, Ju. S.; Kovaleva, A. V.; Shubin, A. A.; Tarasov, A. S.; Тарасов, Антон Сергеевич; Varnakov, S. N.; Варнаков, Сергей Николаевич; Ovchinnikov, S. G.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Avramov, P. V.
}
Найти похожие

Атомная и электронная структура и квантовый конфайнмент в нанокристаллитах кремния. Часть I. Нанокристаллы кремния, погруженные в матрицу оксида кремния / Ф. Н. Томилин, Ю. А. Мельчакова, П. В. Артюшенко [и др.] // Изв. вузов. Физика. - 2023. - Т. 66, № 2. - С. 77-83, DOI 10.17223/00213411/66/2/77. - Библиогр.: 61. - Результаты были получены в рамках выполнения государственного задания Минобрнауки России, проект № FSWM-2020-0033 . - ISSN 0021-3411
Кл.слова (ненормированные):
кремниевые кластеры -- атомная структура -- электронная структура -- запрещенная щель -- оптические свойства -- квантовый конфайнмент
Аннотация: В первой части обзора рассмотрены способы синтеза, структура и фотолюминесцентные свойства нанокристаллитов кремния, погруженных в матрицу оксида кремния, в частности, пористый кремний и нанокремний, полученный методами химического осаждения из газовой фазы (Chemical vapor deposition, CVD), ионной имплантации, напыления, и реакционного испарения. Показано, что основными факторами, влияющими на величину запрещенной щели нанокристаллитов кремния, являются эффекты квантового ограничения и различного рода дефекты, включая поверхностные, как самих нанокристаллов кремния, так и SiO2-матрицы. Для пористого кремния было доказано, что эффекты размерного ограничения являются причиной эффективной люминесценции из-за проявления фононов в резонансно-возбужденной области фотолюминесценции. Особое внимание уделено исследованиям природы запрещенной щели и показано, что она является непрямой как для пористого кремния, так и для различного типа кремниевых квантовых точек. Для всех нанообъектов наблюдаются четко выраженные эффекты размерного ограничения, при этом зависимость величины запрещенной щели от эффективных размеров для различных образцов разная. Показано, что роль поверхности нанокристаллов кремния и Si/SiO2 интерфейсов в формировании электронной структуры является определяющей.

РИНЦ
Держатели документа:
Институт физики им. Л.В. Киренского СО РАН, г. Красноярск, Россия
Сибирский федеральный университет, г. Красноярск, Россия
Национальный исследовательский Томский государственный университет, г. Томск, Россия
Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр СО РАН», г. Красноярск, Россия
Красноярский государственный медицинский университет им. профессора В.Ф. Войно-Ясенецкого, г. Красноярск, Россия
Кёнбукский национальный университет, г. Тэгу, Республика Корея

Доп.точки доступа:
Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Мельчакова, Ю. А.; Артюшенко, П. В.; Рогова, А. В.; Аврамов, П. В.
}
Найти похожие

Атомная и электронная структура и квантовый конфайнмент в нанокристаллитах кремния. Часть II. Структура и оптические свойства допированных и сложных нанокристаллов / Ф. Н. Томилин, Ю. А. Мельчакова, П. В. Артюшенко [и др.] // Изв. вузов. Физика. - 2023. - Т. 66, № 3. - С. 77-83, DOI 10.17223/00213411/66/3/77. - Библиогр.: 27. - Результаты были получены в рамках выполнения государственного задания Минобрнауки России, проект № FSWM-2020-0033 . - ISSN 0021-3411
Кл.слова (ненормированные):
кремниевые кластеры -- атомная структура -- электронная структура -- запрещенная щель -- оптические свойства -- квантовый конфайнмент
Аннотация: Во второй части обзора подробно рассмотрены структура и оптические свойства уникальных кремниевых нанокластеров, состоящих либо из двух и более фрагментов кубического кремния, химически соединенных посредством эквивалентных ˂111˃ поверхностей за счет двойникования, либо допированных ионами редкоземельных металлов нанокристаллитов кремния, в частности, ионами Er+3. Показано, что допирование нанокристаллов кремния, внедренных в оксидную матрицу, приводит к формированию узкого, с выраженной прямой зависимостью от концентрации допанта, высокоинтенсивного пика в спектрах фотолюминесценции в длинноволновой области (0.8 эВ) с одновременным резким уменьшением интегральной широкополосной интенсивности в области 1.3-1.7 эВ за счет полного подавления люминесценции от кремниевых нанокристаллов и полного переноса интегральной интенсивности в область излучения ионов эрбия. Показано, что оптимальными люминесцентными свойствами обладают nc -Si:Er/SiO2 гетероструктуры с достаточно маленькими нанокристаллами кремния, в которых ионы эрбия включены внутрь кристаллитов и не взаимодействуют с SiO2-матрицей. Был синтезирован широкий класс квази-сферических и дэкаэдральных кремниевых наночастиц двойниковой природы с эффективными размерами 20-60 нм и различными механизмами компенсации структурных напряжений.

РИНЦ
Держатели документа:
Институт физики им. Л.В. Киренского СО РАН, г. Красноярск, Россия
Сибирский федеральный университет, г. Красноярск, Россия
Национальный исследовательский Томский государственный университет, г. Томск, Россия
Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр СО РАН», г. Красноярск, Россия
Красноярский государственный медицинский университет им. профессора В.Ф. Войно-Ясенецкого, г. Красноярск, Россия
Кёнбукский национальный университет, г. Тэгу, Республика Корея

Доп.точки доступа:
Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Мельчакова, Ю. А.; Артюшенко, П. В.; Рогова, А. В.; Аврамов, П. В.
}
Найти похожие

10.

Development of DNA aptamers for visualization of glial brain tumors and detection of circulating tumor cells / A. S. Kichkailo, A. A. Narodov, M. A. Komarova [et al.] // Mol. Ther. - Nucleic Acids. - 2023. - Vol. 32. - P. 267-288, DOI 10.1016/j.omtn.2023.03.015. - Cited References: 69. - The authors are grateful to all the patients and hospital staff participating in this research. We acknowledge the assistance of the AptamerLab LCC (www.aptamerlab.com) and personally Mr. Vasily Mezko for the aptamer 3D structure optimization and financial and technical support. The authors thank Mr. Alexey Kichkailo, Dr. Arkady B. Kogan, and Dr. Rinat G. Galeev for their general support. Mrs. Valentina L. Grigoreva, and Irina V. Gildebrand for the help with histological staining. Technical and instrumental support was provided by the Multiple-Access Center at Tomsk State University; the Krasnoyarsk Inter-District Ambulance Hospital, named after N.S. Karpovich; John L. Holmes Mass Spectrometry Facility at the University of Ottawa; Federal Siberian Research Clinical Centre under the Federal Medical Biological Agency; Shared Core Facilities of Molecular and Cell Technologies at Krasnoyarsk State Medical University and Krasnoyarsk Regional Centre for Collective Use at the Federal Research Centre “KSC SB RAS”. The confocal fluorescence microscopy research was carried out with the equipment of the Tomsk Regional Core Shared Research Facilities Center of the National Research Tomsk State University. The Center was supported by the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation, grant no. 075-15-2021-693 (no. 13.RFC.21.0012). Acute toxicity studies were performed in a laboratory certified for preclinical studies, Laboratory of Biological Testing, Institute of Bioorganic Chemistry named after academics M.M. Shemyakin and Y.A. Ovchinnikov Russian Academy of Sciences. The authors are grateful to the Joint Super Computer Center of the Russian Academy of Sciences for providing supercomputers for computer simulations. Development of the glioma tumor model in immunosuppressed mice was supported by the Russian Science Foundation grant No. 22-64-00041 (M.A.D.), https://rscf.ru/en/project/22-64-00041/. Synthesis of 11C-aptamer and PET/CT visualization was funded by the Federal Medical Biological Agency; project 122041800132-2 (A.V.O.). Aptamer selection and their clinical applications were funded by the Ministry of Healthcare of the Russian Federation; project АААА-Б19-219090690032-5 (T.N.Z.). The Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation project FWES-2022-0005 (A.S.K.) supported aptamer characterization, molecular modelling, and in vivo experiments. Mass spectrometry analyses, DNA sequencing, and synthesis were supported by NSERC Discovery Grant (M.V.B.). We acknowledge the European Synchrotron Radiation Facility for SAXS experiments and thank Dr. Bart Van Laer for assistance in using a beamline BM29. SAXS measurements were supported by RFBR № 18-32-00478 for young scientists (R.V.M.). The synchrotron SEC-SAXS data for Gli-55 aptamer were also collected at beamline P12 operated by EMBL Hamburg at the PETRA III storage ring (DESY, Hamburg, Germany) . - ISSN 2162-2531
Аннотация: Here, we present DNA aptamers capable of specific binding to glial tumor cells in vitro, ex vivo, and in vivo for visualization diagnostics of central nervous system tumors. We selected the aptamers binding specifically to the postoperative human glial primary tumors and not to the healthy brain cells and meningioma, using a modified process of systematic evolution of ligands by exponential enrichment to cells; sequenced and analyzed ssDNA pools using bioinformatic tools and identified the best aptamers by their binding abilities; determined three-dimensional structures of lead aptamers (Gli-55 and Gli-233) with small-angle X-ray scattering and molecular modeling; isolated and identified molecular target proteins of the aptamers by mass spectrometry; the potential binding sites of Gli-233 to the target protein and the role of post-translational modifications were verified by molecular dynamics simulations. The anti-glioma aptamers Gli-233 and Gli-55 were used to detect circulating tumor cells in liquid biopsies. These aptamers were used for in situ, ex vivo tissue staining, histopathological analyses, and fluorescence-guided tumor and PET/CT tumor visualization in mice with xenotransplanted human astrocytoma. The aptamers did not show in vivo toxicity in the preclinical animal study. This study demonstrates the potential applications of aptamers for precise diagnostics and fluorescence-guided surgery of brain tumors.

Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Prof. V.F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University, 1 Partizana Zheleznyaka, Krasnoyarsk 660022, Russia
Federal Research Center “Krasnoyarsk Science Center of the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences,” 50 Akademgorodok, Krasnoyarsk 660036, Russia
Krasnoyarsk Inter-District Ambulance Hospital named after N.S. Karpovich, 17 Kurchatova, Krasnoyarsk 660062, Russia
Laboratory of Physics of Magnetic Phenomena, Kirensky Institute of Physics, 50/38 Akademgorodok, Krasnoyarsk 660036, Russia
Siberian Federal University, 79 Svobodny pr., Krasnoyarsk 660041, Russia
Department of Molecular Electronics, Federal Research Center “Krasnoyarsk Science Center of the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences”, 50 Akademgorodok, Krasnoyarsk 660036, Russia
National Research Center Kurchatov Institute, 1 Akademika Kurchatova, Moscow 123182, Russia
Laboratory of Advanced Materials and Technology, Siberian Physical-Technical Institute of Tomsk State University, 36 Lenina, Tomsk 634050, Russia
Krasnoyarsk Regional Pathology-Anatomic Bureau, 3d Partizana Zheleznyaka, Krasnoyarsk 660022, Russia
Department of Chemistry, Lomonosov Moscow State University, 1/3 Leninskie gory, Moscow 119991, Russia
Department of Chemistry, Kyungpook National University, 80 Daehak-ro, Buk-gu, Daegu, 702-701, South Korea
Nanoscience Center and Department of Chemistry, University of Jyväskylä, P.O. Box 35, Jyväskylä 40014, Finland
A.V. Shubnikov Institute of Crystallography of Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics” RAS, 59 Leninsky pr., Moscow, 119333, Russia
Federal Siberian Research Clinical Centre under the Federal Medical Biological Agency, Krasnoyarsk, Russia
Krasnoyarsk Regional Clinical Cancer Center, 16 1-ya Smolenskaya, Krasnoyarsk 660133, Russia
Institute of Chemistry and Chemical Technology SB RAS – The Branch of Federal Research Center “Krasnoyarsk Science Center of the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences”, 660036 Krasnoyarsk, Russia
Department of Chemistry and Biomolecular Sciences, University of Ottawa, 10 Marie-Curie, Ottawa, Ontario K1N6N5, Canada
Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences, 8 Lavrentyev Avenue, 630090 Novosibirsk, Russia

Доп.точки доступа:
Kichkailo, A. S.; Narodov, A. A.; Komarova, M. A.; Zamay, T. N.; Zamay, G. S.; Kolovskaya, O. S.; Erakhtin, E. E.; Glazyrin, Y. E.; Veprintsev, D. V.; Moryachkov, R. V.; Zabluda, V. N.; Заблуда, Владимир Николаевич; Shchugoreva, I.; Artyushenko, P.; Mironov, V. A.; Morozov, D. I.; Gorbushin, A. V.; Khorzhevskii, V. A.; Koshmanova, A. A.; Nikolaeva, E. D.; Grinev, I. P.; Voronkovskii, I. I.; Grek, D. S.; Belugin, K. V.; Volzhentsev, A. A.; Badmaev, O. N.; Luzan, N.; Lukyanenko, K. A.; Peters, G.; Lapin, I. N.; Лапин, И. Н.; Kirichenko, A. K.; Konarev, P. V.; Morozov, E. V; Mironov, G. G.; Gargaun, A.; Muharemagic, D.; Zamay, S. S.; Kochkina, E. V.; Dymova, M. A.; Smolyarova, T. E.; Sokolov, A. Е.; Соколов, Алексей Эдуардович; Modestov, A. A.; Tokarev, N. A.; Shepelevich, N.; Ozerskaya, A. V.; Chanchikova, N. G.; Krat, A. V.; Zukov, R. A.; Bakhtina, V. I.; Shnyakin, P. G.; Shesternya, P. A.; Svetlichnyi, V. A.; Petrova, M. M.; Artyukhov, I. P.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Berezovski, Maxim V.
}
Найти похожие

11.

Ca2+-triggered coelenterazine-binding protein Renilla: Expected and unexpected features / A. N. Kudryavtsev, V. V. Krasitskaya, M. K. Efremov [et al.] // Int. J. Mol. Sci. - 2023. - Vol. 24, Is. 3. - Ст. 2144, DOI 10.3390/ijms24032144. - Cited References: 24. - This research was supported by the state budget allocated to the fundamental research at the Russian Academy of Sciences, project No. 0287-2022-0002 and the Interagency Supercomputer Center of the Russian Academy of Sciences, MVS-100K and MVS-10P . - ISSN 1661-6596. - ISSN 1422-0067
Кл.слова (ненормированные):
Ca2+-triggered coelenterazine-binding protein -- coelenterazine -- furimazine -- luciferase NanoLuc -- B3LYP -- TDDFT -- fragmented molecular orbitals method -- DFTB3
Аннотация: Ca2+-triggered coelenterazine-binding protein (CBP) is a natural form of the luciferase substrate involved in the Renilla bioluminescence reaction. It is a stable complex of coelenterazine and apoprotein that, unlike coelenterazine, is soluble and stable in an aquatic environment and yields a significantly higher bioluminescent signal. This makes CBP a convenient substrate for luciferase-based in vitro assay. In search of a similar substrate form for the luciferase NanoLuc, a furimazine-apoCBP complex was prepared and verified against furimazine, coelenterazine, and CBP. Furimazine-apoCBP is relatively stable in solution and in a frozen or lyophilized state, but as distinct from CBP, its bioluminescence reaction with NanoLuc is independent of Ca2+. NanoLuc turned out to utilize all the four substrates under consideration. The pairs of CBP-NanoLuc and coelenterazine-NanoLuc generate bioluminescence with close efficiency. As for furimazine-apoCBP-NanoLuc pair, the efficiency with which it generates bioluminescence is almost twice lower than that of the furimazine-NanoLuc. The integral signal of the CBP-NanoLuc pair is only 22% lower than that of furimazine-NanoLuc. Thus, along with furimazine as the most effective NanoLuc substrate, CBP can also be recommended as a substrate for in vitro analytical application in view of its water solubility, stability, and Ca2+-triggering “character”.

Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Institute of Biophysics, Federal Research Center “Krasnoyarsk Science Center SB RAS”, 660036 Krasnoyarsk, Russia
School of Fundamental Biology and Biotechnology, School of Non-Ferrous Metals and Material Science, Siberian Federal University, pr. Svobodny 79, 660041 Krasnoyarsk, Russia
Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center “Krasnoyarsk Science Center SB”, 660036 Krasnoyarsk, Russia

Доп.точки доступа:
Kudryavtsev, Alexander N.; Krasitskaya, Vasilisa V.; Efremov, Maxim K.; Zangeeva, Sayana V.; Rogova, A. V.; Рогова, Анастасия Владимировна; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Frank, Ludmila A.
}
Найти похожие

12.

    Structure and vibrational spectroscopy of C82 fullerenol valent isomers: An experimental and theoretical joint study / F. N. Tomilin, P. V. Artyushenko, I. A. Shchugoreva [et al.] // Molecules. - 2023. - Vol. 28, Is. 4. - Ст. 1569, DOI 10.3390/molecules28041569. - Cited References: 57. - Synthesis and spectroscopic study of the Gd@C82OxHy complexes were supported by the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation under project FWES-2022-0005. Molecular design of the fullerene derivatives was supported by the National Research Foundation of the Republic of Korea, grant NRF 2021R1A2C1010455. DFTB3 electronic structure calculations were supported by Project FSWM-2020-0033 of the Russian Ministry of Science and Education . - ISSN 1420-3049
   Перевод заглавия: Структура и колебательная спектроскопия валентных изомеров фуллеренола C82: совместное экспериментальное и теоретическое исследование
Кл.слова (ненормированные):
C82 -- Gd endohedral complexes -- biomedical applications -- fullerenols -- DFTB3 electronic structure calculations -- IR spectra
Аннотация: Gd@C82OxHy endohedral complexes for advanced biomedical applications (computer tomography, cancer treatment, etc.) were synthesized using high-frequency arc plasma discharge through a mixture of graphite and Gd2O3 oxide. The Gd@C82 endohedral complex was isolated by high-efficiency liquid chromatography and consequently oxidized with the formation of a family of Gd endohedral fullerenols with gross formula Gd@C82O8(OH)20. Fourier-transformed infrared (FTIR) spectroscopy was used to study the structure and spectroscopic properties of the complexes in combination with the DFTB3 electronic structure calculations and infrared spectra simulations. It was shown that the main IR spectral features are formed by a fullerenole C82 cage that allows one to consider the force constants at the DFTB3 level of theory without consideration of gadolinium endohedral ions inside the carbon cage. Based on the comparison of experimental FTIR and theoretical DFTB3 IR spectra, it was found that oxidation of the C82 cage causes the formation of Gd@C82O28H20, with a breakdown of the integrity of the parent C82 cage with the formation of pores between neighboring carbonyl and carboxyl groups. The Gd@C82O6(OOH)2(OH)18 endohedral complex with epoxy, carbonyl and carboxyl groups was considered the most reliable fullerenole structural model.

Смотреть статью,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center KSC SB RAS, Krasnoyarsk 660036, Russia
School of Non-Ferrous Metals and Materials Science, Siberian Federal University, Krasnoyarsk 660041, Russia
Laboratory for Digital Controlled Drugs and Theranostics, Federal Research Center Krasnoyarsk Scientific Center of the Siberian Branch of the RAS, Krasnoyarsk 660036, Russia
Laboratory for Biomolecular and Medical Technologies, Prof. V.F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University, Krasnoyarsk 660022, Russia
Department of Physics, Tomsk State University, Tomsk 634050, Russia
Department of Chemistry, Kyungpook National University, Daegu 41566, Republic of Korea

Доп.точки доступа:
Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Artyushenko, P. V.; Shchugoreva, I. A.; Rogova, A. V.; Vnukova, N. G.; Внукова, Наталья Григорьевна; Churilov, G. N.; Чурилов, Григорий Николаевич; Shestakov, N. P.; Шестаков, Николай Петрович; Tchaikovskaya, O. N.; Ovchinnikov, S. G.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Avramov, P. V.
}
Найти похожие

13.

Discovery of DNA aptamers targeting SARS-CoV-2 nucleocapsid protein and protein-binding epitopes for label-free COVID-19 diagnostics / S. Poolsup, E. Zaripov, N. Huttmann [et al.] // Mol. Ther. Nucleic Acids. - 2023. - Vol. 31. - P. 731-743, DOI 10.1016/j.omtn.2023.02.010. - Cited References: 74. - M.V.B. thanks the Canadian Institutes of Health Research grant OV1-170353 for providing financial support. Molecular modeling and docking were supported by a grant from the Russian Science Foundation (project number 21-73-20240) for A.S.K. S.P. is thankful to Dr. Bob Dass, Dylan Tanner, and Dr. Degang Liu, Sartorius for generously providing excellent technical training and consumable support for binding assay on BLI, and Aldo Jordan for assisting with creating the figures. The authors also thank John L. Holmes’s mass spectrometry facility for providing access to perform nLC-MS/MS. Lastly, the authors thank the JCSS Joint Super Computer Center of the Russian Academy of Sciences for providing supercomputers for computer simulations . - ISSN 2162-2531
Кл.слова (ненормированные):
MT: Oligonucleotides: Diagnostics and Biosensors -- COVID-19 diagnosis -- SARS-CoV-2 nucleocapsid detection -- label-free optical aptasensor -- aptamer selection -- biolayer interferometry -- binding motif identification
Аннотация: The spread of COVID-19 has affected billions of people across the globe, and the diagnosis of viral infection still needs improvement. Because of high immunogenicity and abundant expression during viral infection, SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) protein could be an important diagnostic marker. This study aimed to develop a label-free optical aptasensor fabricated with a novel single-stranded DNA aptamer to detect the N protein. The N-binding aptamers selected using asymmetric-emulsion PCR-SELEX and their binding affinity and cross-reactivity were characterized by biolayer interferometry. The tNSP3 aptamer (44 nt) was identified to bind the N protein of wild type and Delta and Omicron variants with high affinity (KD in the range of 0.6–3.5 nM). Utilizing tNSP3 to detect the N protein spiked in human saliva evinced the potential of this aptamer with a limit of detection of 4.5 nM. Mass spectrometry analysis was performed along with molecular dynamics simulation to obtain an insight into how tNSP3 binds to the N protein. The identified epitope peptides are localized within the RNA-binding domain and C terminus of the N protein. Hence, we confirmed the performance of this aptamer as an analytical tool for COVID-19 diagnosis.

Смотреть статью,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Department of Chemistry and Biomolecular Sciences, University of Ottawa, Ottawa, ON K1N 6N5, Canada
John L. Holmes Mass Spectrometry Facility, Faculty of Science, University of Ottawa, Ottawa, ON K1N 6N5, Canada
Laboratory for Digital Controlled Drugs and Theranostics, Federal Research Center “Krasnoyarsk Science Center SB RAS”, Krasnoyarsk 660036, Russia
Prof. V.F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University, Krasnoyarsk 660022, Russia
Department of Chemistry, Siberian Federal University, Krasnoyarsk 660041, Russia
Laboratory of Physics of Magnetic Phenomena, Kirensky Institute of Physics, Krasnoyarsk 660036, Russia

Доп.точки доступа:
Poolsup, S.; Zaripov, E.; Huttmann, N.; Minic, Z.; Artyushenko, P. V.; Shchugoreva, I. A.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Kichkailo, A. S.; Berezovski, M. V.
}
Найти похожие

14.

Substitution effects in spin-polarized (Cr4-xFex)0.5AC (A = Ge, Si, Al) MAX phases / N. A. Fedorova, A. V. Kovaleva, Ju. S. Olshevskaya [et al.] // Magnetochemistry. - 2023. - Vol. 9, Is. 6. - Ст. 147, DOI 10.3390/magnetochemistry9060147. - Cited References: 59. - This study was supported by the Russian Science Foundation, project no. 21-12-00226. P.V.A. acknowledges the support of the National Research Foundation of the Republic of Korea, grant no. NRF 2021R1A2C1010455 . - ISSN 2312-7481
Кл.слова (ненормированные):
MAX phase -- density functional theory -- B3LYP -- spintronics -- magnetic properties -- electronic properties
Аннотация: The use of spintronic devices with a tunable magnetic order on small scales is highly important for novel applications. The MAX phases containing transition metals and/or magnetic ion-substituted lattices attract a lot of attention. In this study, the magnetic and electronic properties of (Cr4-xFex)0.5AC (A = Ge, Si, Al) compounds were predicted and investigated within the density functional theory. It was established that single-substituted (Cr3Fe1)0.5AC (A = Ge, Si, Al) lattices are favorable in terms of energy. An analysis of the magnetic states of the MAX phases demonstrated that their spin order changes upon substitution of iron atoms for chromium ones. It was found that mostly the (Cr4-xFex)0.5GeC and (Cr4-xFex)0.5AlC lattices acquire a ferrimagnetic state in contrast to (Cr4-xFex)0.5SiC for which the ferromagnetic spin order dominates. It was pointed out that the atomic substitution could be an efficient way to tune the magnetic properties of proposed (Cr4-xFex)0.5AC (A = Ge, Si, Al) MAX phases.

Смотреть статью,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center KSC SB RAS, 660036 Krasnoyarsk, Russia
Department of Physical and Inorganic Chemistry, Siberian Federal University, 660041 Krasnoyarsk, Russia
Department of Chemistry, College of Natural Sciences, Kyungpook National University, 80 Daehak-ro, Buk-gu, Daegu 41566, Republic of Korea

Доп.точки доступа:
Fedorova, Natalja A.; Федорова, Наталья А.; Kovaleva, Alena V.; Ковалева, Алена В.; Olshevskaya, Ju. S.; Ivanova, D. A.; Иванова, Дарья А.; Kozak, V. V.; Козак, Виктория Валерьевна; Shubin, A. A.; Tarasov, A. S.; Тарасов, Антон Сергеевич; Varnakov, S. N.; Варнаков, Сергей Николаевич; Ovchinnikov, S. G.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Moshkina, E. M.; Мошкина, Евгения Михайловна; Maximova, O. A.; Максимова, Ольга Александровна; Avramov, P. V.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич
}
Найти похожие

15.

Substitution effect of magnetic MAX-phases (Cr4-xFex)0.5AC (A = Ge, Si, Al) / S. G. Ovchinnikov, V. V. Kozak, N. A. Fedorova [et al.] // V International Baltic Conference on Magnetism. IBCM : Book of abstracts. - 2023. - P. 103. - РНФ № 21-12-00226

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center KSC SB RAS
Siberian Federal University
Sukhachev Institute of Forest, FRC KSC SB RAS

Доп.точки доступа:
Ovchinnikov, S. G.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Kozak, V. V.; Fedorova, N. A.; Olshevskaya, J.; Kovaleva, A. V.; Shubin, A. A.; Tarasov, A. S.; Тарасов, Антон Сергеевич; Ovchinnikova, T. M.; Овчинникова, Т. М.; Varnakov, S. N.; Варнаков, Сергей Николаевич; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; International Baltic Conference on Magnetism(5 ; 2023 ; Aug. 20-24 ; Svetlogorsk, Russia); Балтийский федеральный университет им. И. Канта
}
Найти похожие

16.

Ferromagnetism in the terminated Mn2C MXene / F. N. Tomilin, V. V. Kozak, N. A. Fedorova [et al.] // V International Baltic Conference on Magnetism. IBCM : Book of abstracts. - 2023. - P. 18. - Cited References: 1

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center KSC SB RAS
Siberian Federal University

Доп.точки доступа:
Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Kozak, V. V.; Fedorova, N. A.; Shubin, A.; Tarasov, A. S.; Тарасов, Антон Сергеевич; Varnakov, S. N.; Варнаков, Сергей Николаевич; Ovchinnikov, S. G.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; International Baltic Conference on Magnetism(5 ; 2023 ; Aug. 20-24 ; Svetlogorsk, Russia); Балтийский федеральный университет им. И. Канта
}
Найти похожие

17.

Effect of complexation with closo-decaborate anion on photophysical properties of copolyfluorenes containing dicyanophenanthrene units in the main chain / A. A. Yakimanskiy, K. I. Kaskevich, T. G. Chulkova [et al.] // Micro. - 2023. - Vol. 3, Is. 4. - P. 930-940, DOI 10.3390/micro3040063. - Cited References: 23. - This work was supported by the Russian Science Foundation, grant no. 23-43-00060 . - ISSN 2673-8023
Кл.слова (ненормированные):
CAM-B3LYP -- charge transfer -- copolyfluorene -- energy transfer -- hole-electron distribution -- nitrilium derivatives of closo-decaborate anions -- lambda-diagnostic -- luminescence -- phenanthrene-9,10-dicarbonitrile -- TD-DFT
Аннотация: The functionalization of copolyfluorenes containing dicyanophenanthrene units by closo-decaborate anion is described. Target copolyfluorenes were analyzed using SEM, UV-vis, luminescence, NMR, and Fourier-transform infrared (FTIR) spectroscopy. The effect of complexation with the closo-decaborate anion on the photophysical properties was studied both experimentally and theoretically. The PL data indicate an efficient charge transfer from fluorene to the dicyanophenanthrene units coordinated to the closo-decaborate. The coordination of closo-decaborate clusters to the nitrile groups of copolyfluorenes provides an important route to new materials for sensors and light-emitting devices while, at the same time, serving as a platform for further study of the nature of boron clusters.

Смотреть статью,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Institute of Macromolecular Compounds, RAS, Bolshoi Prospect of Vasilyevsky Island 31, Saint Petersburg 199004, Russia
Department of Chemistry, Lomonosov Moscow State University, Moscow 119991, Russia
Kurnakov Institute of General and Inorganic Chemistry, RAS, Moscow 119991, Russia
Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center KSC SB RAS, Krasnoyarsk 660036, Russia
Laboratory for Digital Controlled Drugs and Theranostics, Federal Research Center KSC SB RAS, Krasnoyarsk 660041, Russia

Доп.точки доступа:
Yakimanskiy, Anton A.; Kaskevich, Ksenia I.; Chulkova, Tatiana G.; Krasnopeeva, Elena L.; Savilov, Serguei V.; Voinova, Vera V.; Neumolotov, Nikolay K.; Zhdanov, Andrey P.; Rogova, Anastasia V.; Рогова, Анастасия Владимировна; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Zhizhin, Konstantin Yu.; Yakimansky, Alexander V.
}
Найти похожие

18.

    Получение высокоселективных аптамеров к онколитическому вирусу VV-GMCSF-Lact. Теоретические и экспериментальные подходы / М. А. Дымова, Е. В. Кулигина, В. А. Рихтер [и др.] // Сиб. мед. обозрение. - 2023. - № 5. - С. 95-101 ; Sib. Med. Rev., DOI 10.20333/25000136-2023-5-95-101. - Библиогр.: 21. - Исследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда № 22-64-00041, https://rscf.ru/project/22-64-00041/. Работа также поддержана в рамках государственного задания ИХБФМ СО РАН No121030200173-6 (наработка вируса). Авторы благодарят Межведомственный суперкомпьютерный центр Российской академии наук (МСЦ РАН) за предоставление вычислительных мощностей . - ISSN 1819-9496. - ISSN 2500-0136
   Перевод заглавия: Obtaining highly selective aptamers to the VV-GMCSF-Lact oncolytic virus. Theoretical and experimental approaches
Кл.слова (ненормированные):
аптамеры -- SELEX -- онколитический вирус VV-GMCSF-Lact -- цитофлуориметрия -- молекулярная динамика -- компьютерное моделирование -- aptamers -- SELEX -- VV-GMCSF-Lact oncolytic virus -- cytofluorimetry -- molecular dynamics -- computer modelling
Аннотация: Введение. Деструкция злокачественных опухолей с помощью онколитических вирусов – один из наиболее эффективных и безопасных способов противоопухолевой терапии. Для получения доступа к опухолевым клеткам вирус должен длительное время циркулировать в кровотоке, избегая действия иммунной системы. Однако при введении вируса в организм он провоцирует выработку вируснейтрализующих антител, снижающих его противоопухолевый эффект. Наиболее эффективным способом защиты вируса от нейтрализующих антител является его экранирование, в частности, с помощью селективных к нему ДНК-аптамеров. Цель исследования. С помощью экспериментальных методов и теоретических расчётов разработать подходящие для создания противоопухолевого препарата на основе онколитического вируса VV-GMCSF-Lact ДНК-аптамеры, эффективно экранирующие вирусы и способные защитить их от вируснейтрализующих антител. Материал и методы. Моделирование вторичных структур аптамеров выполнено в программе для фолдинга нуклеиновых кислот mFold, моделирование соответствующих пространственных полноатомных структур аптамеров – в программах SimRNA и VMD. Расчёты молекулярной динамики проведены в программном пакете GROMACS 2018.8. Кластерный анализ полученных молекулярно-динамических траекторий выполнен в программе VMD. Оценка связывания Cy5-модифицированных аптамеров с вирусом проведена с помощью проточной цитометрии на цитофлуориметре BD FACSCanto II (Becton Dickinson, г. Франклин Лейкс, Нью-Джерси, США). Результаты. Модификация аптамеров, экспериментально полученных с помощью технологии SELEX, позволила получить пять укороченных олигонуклеотидов NV1t_72, NV4t_64, NV4t_53, NV14t_41 и NV14t_57, экранирующих онколитический вирус VV-GMCSF-Lact, самым эффективным из которых оказался аптамер NV14t_57. Теоретические расчёты показали, что аффинность аптамеров определяется их трёхмерной структурой, зависящей от способа модификации. Заключение. Получен высокоселективный аптамер NV14t_57, который является наиболее перспективным кандидатом для дальнейшей работы по созданию препарата для противоопухолевой терапии онкологических заболеваний на основе онколитического вируса осповакцины VVGMCSF-Lact.
Introduction. Destruction of malignant tumours with oncolytic viruses is one of the most effective and safe methods of antitumor therapy. To gain access to tumour cells, the virus must circulate in the bloodstream for a long time, avoiding the action of the immune system. However, when a virus is introduced into the body, it provokes the production of virus-neutralising antibodies that reduce its antitumor effect. The most effective way to protect a virus from antibodies that neutralise it is to screen it: in particular, using selective DNA aptamers. The aim of the research. Using experimental methods and theoretical calculations, to develop DNA aptamers suitable for creating an antitumor drug based on the VV-GMCSF-Lact oncolytic virus, which effectively screen viruses and can protect them from virus-neutralising antibodies. Material and methods. Modelling of the secondary structures of aptamers was performed using the mFold program for nucleic acid folding, modelling of the corresponding spatial full-atom structures of aptamers was performed using the SimRNA and VMD programs. Molecular dynamics calculations were carried out using the GROMACS 2018.8 software package. Cluster analysis of the obtained molecular dynamic trajectories was performed using the VMD program. Binding of Cy5-modified aptamers to the virus was assessed using flow cytometry on a BD FACSCanto II cytometer (Becton Dickinson, Franklin Lakes, New Jersey, USA). Results. Modification of aptamers experimentally obtained using the SELEX technology made it possible to obtain five truncated oligonucleotides NV1t_72, NV4t_64, NV4t_53, NV14t_41, and NV14t_57, which screen the oncolytic virus VV-GMCSF-Lact, the most effective of which was the NV14t_57 aptamer. Theoretical calculations have shown that the affinity of aptamers is determined by their three-dimensional structure, which depends on the method of modification. Conclusion. A highly selective aptamer NV14t_57 has been obtained, which is the most promising candidate for further work on the creation of a drug for antitumor therapy of oncological diseases based on the VV-GMCSF-Lact oncolytic vaccinia virus.

Смотреть статью,
РИНЦ,
Scopus
Держатели документа:
Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Новосибирск 630090, Российская Федерация
Красноярский государственный медицинский университет имени профессора В. Ф. Войно-Ясенецкого, Красноярск 660022, Российская Федерация
Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр» СО РАН, Красноярск 660036, Российская Федерация
Сибирский федеральный университет, Красноярск 660041, Российская Федерация
Институт физики им. Л. В. Киренского СО РАН, Красноярск 660036, Российская Федерация

Доп.точки доступа:
Дымова, М. А.; Кулигина, Е. В.; Рихтер, В. А.; Артюшенко, П. В.; Рогова, А. В.; Щугорева, И. А.; Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Кичкайло, А. С.; Замай, Т. Н.

}
Найти похожие

19.

Щугорева, Ирина Андреевна.
Моделирование структуры и свойств синтетических олигомеров методами теории функционала плотности : специальность 1.3.8 "Физика конденсированного состояния" : автореферат диссертации на соискание ученой степени канд. физ.-мат. наук : защищена 13.10.2023 / И. А. Щугорева ; науч. рук. Ф. Н. Томилин ; офиц. опп.: В. В. Волков, Л. Ю. Сорокина ; Федер. исслед. центр "Краснояр. науч. центр Сиб. отд-ния Рос. акад. наук" [и др.]. - Красноярск, 2023. - 20 с. - Библиогр.

Смотреть автореферат,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Библиотека Института физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Доп.точки доступа:
Томилин, Феликс Николаевич \науч. рук.\; Tomilin, F. N.; Волков, Владимир Владимирович \офиц. опп.\; Сорокина, Любовь Юрьевна \офиц. опп.\; Федеральный исследовательский центр "Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук"; Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН; Южный федеральный университет
Свободных экз. нет}
Найти похожие

20.

   Г2
   Щ 93

    Щугорева, Ирина Андреевна.
    Моделирование структуры и свойств синтетических олигомеров методами теории функционала плотности [Рукопись] : специальность 1.3.8 "Физика конденсированного состояния" : диссертация на соискание ученой степени канд. физ.-мат. наук / И. А. Щугорева ; науч. рук. Ф. Н. Томилин ; Федер. исслед. центр "Краснояр. науч. центр Сиб. отд-ния Рос. акад. наук", Ин-т физики им. Л.В. Киренского. - Красноярск, 2023. - 96 с. - Библиогр. : 95. -

ГРНТИ

31.15.15

31.21

ББК Г239я031

Смотреть диссертацию,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Библиотека Института физики им. Л.В. Киренского СО РАН
Доп.точки доступа:
Томилин, Феликс Николаевич \науч. рук.\; Tomilin, F. N.; Федеральный исследовательский центр "Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук"; Институт физики им. Л.В. Киренского Сибирского отделения РАН
Экземпляры всего: 1
ДС (1)
Свободны: ДС (1)}
Найти похожие