Библиотека института физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Главная

Базы данных

Труды сотрудников ИФ СО РАН - результаты поиска

Вид поиска

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН

Каталог журналов библиотеки ИФ СО РАН

Труды сотрудников ИФ СО РАН

Область поиска

Формат представления найденных документов:
полный	информационный	краткий

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>K=молекулярная динамика<.>)

Общее количество найденных документов : 3
Показаны документы с 1 по 3

    Коршунов, Михаил Анатольевич.
    Исследование методом молекулярной динамики смектика C* 4-децилоксибензилиден-4'-амино-2-метилбутилциннамата в полимерной матрице при воздействии электрического поля / М. А. Коршунов, А. В. Шабанов, В. Я. Зырянов // Физич. мезомеханика. - 2015. - Т. 18, № 1. - С. 90-95. - Библиогр.: 22. - Работа выполнена частично при поддержке РФФИ (проект № 15-02-06924) и программы Президиума РАН (проекты №№ 24.29, 24.32) . - ISSN 1683-805X
   Перевод заглавия: Molecular dynamics study of smectic C*4-decyloxybenzylidene 4’-amino 2-methyl butyl cinnamate in a polymer matrix under applied electric field
Кл.слова (ненормированные):
молекулярная динамика -- нанокапсула -- жидкий кристалл -- сегнетоэлектрический смектик -- параметр порядка -- molecular dynamics -- nanocapsule -- liquid crystal -- ferroelectric smectic -- order parameter
Аннотация: Методом молекулярной динамики исследовано распределение молекул сегнетоэлектрического смектического жидкого кристалла 4-децилоксибензилиден-4''-амино-2-метилбутилциннамата в нанокапсуле с фиксированным приграничным слоем при воздействии внешнего электрического поля. Получена температурная зависимость параметра порядка (P 2) как при наличии внешнего электрического поля, так и без него. Вычислена температура перехода из смектической фазы С* в смектическую фазу A в капсуле при наличии поля. Обсуждается изменение распределения молекул и их конформации при воздействии поля.
A molecular dynamics method is used to study the distribution of molecules of a ferroelectric smectic liquid crystal 4-decyloxybenzylidene 4''-amino 2-methyl butyl cinnamate in a nanocapsule with a fixed near-boundary layer under an externally applied electric field. The temperature dependence of the order parameter is obtained both in the presence and in the absence of the external electric field. The temperature of the smectic-C* to smectic-A phase transition in the capsule in the presence of the electric field is calculated. The variation of molecule distribution and molecule conformation under an applied electric filed is discussed.

Смотреть статью,
РИНЦ,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
КНЦ СО РАН
ИФ СО РАН

Доп.точки доступа:
Шабанов, Александр Васильевич; Shabanov, A. V.; Зырянов, Виктор Яковлевич; Zyryanov, V. Ya.; Korshunov, M. A.
}
Найти похожие

    MD investigations of of heat flow throw interfaces in 1D systems / A. S. Fedorov, M. A. Visotin, O. A. Sosedkin, E. V. Eremkin // J. Sib. Fed. Univ. Math. Phys. - 2023. - Vol. 16, Is. 3. - P. 385-396 ; Журн. СФУ. Матем. и физ. - Cited References: 26 . - ISSN 1997-1397. - ISSN 2313-6022
   Перевод заглавия: МД исследования границ раздела теплового потока в одномерных системах
Кл.слова (ненормированные):
molecular dynamic -- thermal conductivity -- interface -- temperature jump -- молекулярная динамика -- теплопроводность -- скачок температуры интерфейса
Аннотация: Molecular dynamic calculations (MD) of heterogeneous 1D periodical systems are presented. It is proposed the new technique of direct calculations of thermal conductivity, where there is only one thermostat in one piece of unit cell as well as another piece where artificial friction forces act on atoms. With the help of this scheme, calculations of 1D heterogeneous systems having regions with atoms of different atomic masses are presented. It is shown that the difference in atomic masses in adjacent regions of the systems leads to a significant temperature jump at interfaces between these regions. This temperature jump exists independently of the mass ratio on both sides of the interface.The reasons for these jumps are discussed. It is also shown that, by changing the alternation of regions with different masses of atoms, it is possible to reduce the total thermal conductivity of the system by several times. On the base of these results, we can hope that for three-dimensional structures also, the thermal conductivity can be significantly reduced.
Представлены молекулярно-динамические расчеты (МД) гетерогенных одномерных периодических систем. Предлагается новая методика прямых расчетов теплопроводности, при которой в одном элементе элементарной ячейки находится только один термостат, а в другом элементе действуют силы искусственного трения на атомы. С помощью этой схемы представлены расчеты одномерных гетерогенных систем, имеющих области с атомами разной атомной массы. Показано, что различие атомных масс в соседних областях систем приводит к значительному скачку температуры на границах раздела между этими областями. Этот скачок температуры существует независимо от отношения масс по обе стороны от границы раздела. Обсуждаются причины этих скачков. Также показано, что, изменяя чередование областей с разной массой атомов, можно в несколько раз уменьшить общую теплопроводность системы. На основании этих результатов можно надеяться, что и для трехмерных структур теплопроводность может быть значительно снижена.

Смотреть статью,
РИНЦ,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Институт физики им. Л. В. Киренского СО РАН Федеральный исследовательский центр КНЦ СО РАН Красноярск, Российская Федерация
Сибирский федеральный университет Красноярск, Российская Федерация

Доп.точки доступа:
Fedorov, A. S.; Федоров, Александр Семенович; Visotin, M. A.; Высотин, Максим Александрович; Sosedkin, Oleg A.; Eremkin, Egor V.

}
Найти похожие

    Получение высокоселективных аптамеров к онколитическому вирусу VV-GMCSF-Lact. Теоретические и экспериментальные подходы / М. А. Дымова, Е. В. Кулигина, В. А. Рихтер [и др.] // Сиб. мед. обозрение. - 2023. - № 5. - С. 95-101 ; Sib. Med. Rev., DOI 10.20333/25000136-2023-5-95-101. - Библиогр.: 21. - Исследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда № 22-64-00041, https://rscf.ru/project/22-64-00041/. Работа также поддержана в рамках государственного задания ИХБФМ СО РАН No121030200173-6 (наработка вируса). Авторы благодарят Межведомственный суперкомпьютерный центр Российской академии наук (МСЦ РАН) за предоставление вычислительных мощностей . - ISSN 1819-9496. - ISSN 2500-0136
   Перевод заглавия: Obtaining highly selective aptamers to the VV-GMCSF-Lact oncolytic virus. Theoretical and experimental approaches
Кл.слова (ненормированные):
аптамеры -- SELEX -- онколитический вирус VV-GMCSF-Lact -- цитофлуориметрия -- молекулярная динамика -- компьютерное моделирование -- aptamers -- SELEX -- VV-GMCSF-Lact oncolytic virus -- cytofluorimetry -- molecular dynamics -- computer modelling
Аннотация: Введение. Деструкция злокачественных опухолей с помощью онколитических вирусов – один из наиболее эффективных и безопасных способов противоопухолевой терапии. Для получения доступа к опухолевым клеткам вирус должен длительное время циркулировать в кровотоке, избегая действия иммунной системы. Однако при введении вируса в организм он провоцирует выработку вируснейтрализующих антител, снижающих его противоопухолевый эффект. Наиболее эффективным способом защиты вируса от нейтрализующих антител является его экранирование, в частности, с помощью селективных к нему ДНК-аптамеров. Цель исследования. С помощью экспериментальных методов и теоретических расчётов разработать подходящие для создания противоопухолевого препарата на основе онколитического вируса VV-GMCSF-Lact ДНК-аптамеры, эффективно экранирующие вирусы и способные защитить их от вируснейтрализующих антител. Материал и методы. Моделирование вторичных структур аптамеров выполнено в программе для фолдинга нуклеиновых кислот mFold, моделирование соответствующих пространственных полноатомных структур аптамеров – в программах SimRNA и VMD. Расчёты молекулярной динамики проведены в программном пакете GROMACS 2018.8. Кластерный анализ полученных молекулярно-динамических траекторий выполнен в программе VMD. Оценка связывания Cy5-модифицированных аптамеров с вирусом проведена с помощью проточной цитометрии на цитофлуориметре BD FACSCanto II (Becton Dickinson, г. Франклин Лейкс, Нью-Джерси, США). Результаты. Модификация аптамеров, экспериментально полученных с помощью технологии SELEX, позволила получить пять укороченных олигонуклеотидов NV1t_72, NV4t_64, NV4t_53, NV14t_41 и NV14t_57, экранирующих онколитический вирус VV-GMCSF-Lact, самым эффективным из которых оказался аптамер NV14t_57. Теоретические расчёты показали, что аффинность аптамеров определяется их трёхмерной структурой, зависящей от способа модификации. Заключение. Получен высокоселективный аптамер NV14t_57, который является наиболее перспективным кандидатом для дальнейшей работы по созданию препарата для противоопухолевой терапии онкологических заболеваний на основе онколитического вируса осповакцины VVGMCSF-Lact.
Introduction. Destruction of malignant tumours with oncolytic viruses is one of the most effective and safe methods of antitumor therapy. To gain access to tumour cells, the virus must circulate in the bloodstream for a long time, avoiding the action of the immune system. However, when a virus is introduced into the body, it provokes the production of virus-neutralising antibodies that reduce its antitumor effect. The most effective way to protect a virus from antibodies that neutralise it is to screen it: in particular, using selective DNA aptamers. The aim of the research. Using experimental methods and theoretical calculations, to develop DNA aptamers suitable for creating an antitumor drug based on the VV-GMCSF-Lact oncolytic virus, which effectively screen viruses and can protect them from virus-neutralising antibodies. Material and methods. Modelling of the secondary structures of aptamers was performed using the mFold program for nucleic acid folding, modelling of the corresponding spatial full-atom structures of aptamers was performed using the SimRNA and VMD programs. Molecular dynamics calculations were carried out using the GROMACS 2018.8 software package. Cluster analysis of the obtained molecular dynamic trajectories was performed using the VMD program. Binding of Cy5-modified aptamers to the virus was assessed using flow cytometry on a BD FACSCanto II cytometer (Becton Dickinson, Franklin Lakes, New Jersey, USA). Results. Modification of aptamers experimentally obtained using the SELEX technology made it possible to obtain five truncated oligonucleotides NV1t_72, NV4t_64, NV4t_53, NV14t_41, and NV14t_57, which screen the oncolytic virus VV-GMCSF-Lact, the most effective of which was the NV14t_57 aptamer. Theoretical calculations have shown that the affinity of aptamers is determined by their three-dimensional structure, which depends on the method of modification. Conclusion. A highly selective aptamer NV14t_57 has been obtained, which is the most promising candidate for further work on the creation of a drug for antitumor therapy of oncological diseases based on the VV-GMCSF-Lact oncolytic vaccinia virus.

Смотреть статью,
РИНЦ,
Scopus
Держатели документа:
Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Новосибирск 630090, Российская Федерация
Красноярский государственный медицинский университет имени профессора В. Ф. Войно-Ясенецкого, Красноярск 660022, Российская Федерация
Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр» СО РАН, Красноярск 660036, Российская Федерация
Сибирский федеральный университет, Красноярск 660041, Российская Федерация
Институт физики им. Л. В. Киренского СО РАН, Красноярск 660036, Российская Федерация

Доп.точки доступа:
Дымова, М. А.; Кулигина, Е. В.; Рихтер, В. А.; Артюшенко, П. В.; Рогова, А. В.; Щугорева, И. А.; Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Кичкайло, А. С.; Замай, Т. Н.

}
Найти похожие