Библиотека института физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Главная

Базы данных

Труды сотрудников ИФ СО РАН - результаты поиска

Вид поиска

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН

Каталог журналов библиотеки ИФ СО РАН

Труды сотрудников ИФ СО РАН

Область поиска

в найденном

Найдено в других БД:

Каталог книг и брошюр библиотеки ИФ СО РАН (5)

Формат представления найденных документов:
полный	информационный	краткий

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>A=Томилин, Феликс Николаевич$<.>)

Общее количество найденных документов : 153
Показаны документы с 1 по 20

11C-radiolabeled aptamer for imaging of tumors and metastases using positron emission tomography-computed tomography / A. V. Ozerskaya, T. N. Zamay, O. S. Kolovskaya [et al.] // Mol. Ther. Nucl. Acids. - 2021. - Vol. 26. - P. 1159-1172, DOI 10.1016/j.omtn.2021.10.020. - Cited References: 44 . - ISSN 2162-2531
Кл.слова (ненормированные):
11C radiolabeling -- radiopharmaceuticals -- PET/CT -- in vivo imaging -- DNA aptamers -- Ehrlich ascites carcinoma -- metastasis
Аннотация: Identification of primary tumors and metastasis sites is an essential step in cancer diagnostics and the following treatment. Positron emission tomography-computed tomography (PET/CT) is one of the most reliable methods for scanning the whole organism for malignancies. In this work, we synthesized an 11C-labeled oligonucleotide primer and hybridized it to an anti-cancer DNA aptamer. The 11C-aptamer was applied for in vivo imaging of Ehrlich ascites carcinoma and its metastases in mice using PET/CT. The imaging experiments with the 11C-aptamer determined very small primary and secondary tumors of 3 mm2 and less. We also compared 11C imaging with the standard radiotracer, 2-deoxy-2-[fluorine-18]fluoro-D-glucose (18F-FDG), and found better selectivity of the 11C-aptamer to metastatic lesions in the metabolically active organs than 18F-FDG. 11C radionuclide with an ultra-short (20.38 min) half-life is considered safest for PET/CT imaging and does not cause false-positive results in heart imaging. Its combination with aptamers gives us high-specificity and high-contrast imaging of cancer cells and can be applied for PET/CT-guided drug delivery in cancer therapies.

Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Federal Siberian Research Clinical Centre Under the Federal Medical Biological Agency, Krasnoyarsk, Russian Federation
Krasnoyarsk State Medical University named after Prof. V.F. Voino-Yasenetsky, Krasnoyarsk, Russian Federation
Federal Research Center Krasnoyarsk Science- Center SB RAS, Krasnoyarsk, Russian Federation
Kirensky Institute of Physics, Krasnoyarsk, Russian Federation
Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russian Federation
Department of Chemistry and Biomolecular Sciences, University of Ottawa, Ottawa, Canada
Krasnoyarsk Regional Pathology-Anatomic Bureau, Krasnoyarsk, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Ozerskaya, A. V.; Zamay, T. N.; Kolovskaya, O. S.; Tokarev, N. A.; Belugin, K. V.; Chanchikova, N. G.; Badmaev, O. N.; Zamay, G. S.; Shchugoreva, I. A.; Moryachkov, R. V.; Морячков, Роман Владимирович; Zabluda, V. N.; Заблуда, Владимир Николаевич; Khorzhevskii, V. A.; Shepelevich, N.; Gappoev, S. V.; Karlova, E. A.; Saveleva, A. S.; Volzhentsev, A. A.; Blagodatova, A. N.; Lukyanenko, K. A.; Veprintsev, D. V.; Smolyarova, T. E.; Смолярова, Татьяна Евгеньевна; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Zamay, S. S.; Silnikov, V. N.; Berezovski, M. V.; Kichkailo, A. S.
}
Найти похожие

Исследование люминесцентных свойств ксантеновых красителей в комплексе с хитозаном / А. В. Рогова, Ф. Н. Томилин, М. А. Герасимова, Е. А. Слюсарева // Материалы XVIII молодежной конференции с международным участием по люминесценции и лазерной физике. - Иркутск, 2021. - С. 106. - Библиогр.: 2. - Работа поддержана грантом 19-02-00450-а. . - ISBN 978-5-9624-1943-5

Материалы конференции
Держатели документа:
Институт физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Доп.точки доступа:
Рогова, Анастасия Владимировна; Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Герасимова, М. А.; Слюсарева, Евгения Алексеевна; Молодежная конференция с международным участием по люминесценции и лазерной физике(18 ; 2021 ; 5-10 июля ; Иркутск); Научный совет по оптике и лазерной физике Российской академии наук; Научный совет по люминесценции Российской академии наук; Институт лазерной физики Сибирского отделения РАН; Институт геохимии Сибирского отделения РАНИркутский государственный университет; Иркутский научный центр Сибирского отделения РАН
}
Найти похожие

Structure- and interaction-based design of anti-SARS-CoV-2 Aptamers / V. Mironov, I. A. Shchugoreva, P. V. Artyushenko [et al.] // Chem. - Eur. J. - 2022. - Vol. 28, Is. 12. - Ст. e202104481, DOI 10.1002/chem.202104481. - Cited References: 85. - The authors are grateful to JCSS Joint Super Computer Center of the Russian Academy of Sciences – Branch of Federal State Institution “Scientific Research Institute for System Analysis of the Russian Academy of Sciences” for providing supercomputers for computer simulations. The authors thank the RSC Group (www.rscgroup.ru) and personally Mr. Oleg Gorbachev for the constant support and establishment of “The Good Hope Net Project” (www.thegoodhope.net) multifunctional non-profit anti-CoVID research project. The authors also thank the Helicon Company (www.helicon.ru) and personally Olesya Kucenko, Alexander Kolobov, Leonid Klimov for instrumental support and help with conducting fluorescence polarization assays, which were performed on a demo instrument Clariostar Plus microplate reader (BMG LABTECH, Germany). We thank Dr. Yong-Zhen Zhang for providing the genome sequence of 2019-nCoV and Dr. Xinquan Wang for providing the crystal structure of the binding domain of the SARS-2 Spike protein. The authors are grateful to Aptamerlab LCC financial support (www.aptamerlab.com). Y.A.’s work at Argonne National Laboratory was supported by the U.S. Department of Energy, Office of Science, under contract DE-AC02-06CH11357. The work of D.M. and G.G. has been done as part of the BioExcel CoE (www.bioexcel.eu), a project funded by the European Union contracts H2020-INFRAEDI-02-2018-823830 and H2020-EINFRA-2015-1-675728. D.M. and G.G. also thank the CSC-IT center in Espoo, Finland, as well as PRACE for awarding access to resource Curie-Rome based in France at GENCI. V.M. thanks Russian Foundation for Basic Research (project number 19-03-00043). A.B.’s and N.K.’s work was supported by the Ministry of Science and Higher Education of Russian Federation (state assignment of the Research Center of Biotechnology RAS). V. deF. G.C., N.B and G.O. are grateful to FISR2020 _00177 Shield, Italian Ministry of Education and Research, for funding. GC is grateful to the European Union's Horizon 2020 research and innovation program under the Marie Skłodowska-Curie grant agreement: cONCReTE 872391; PRISAR2 872860. Use of the 13 A BioSAXS beamtime at the Taiwan Photon Source is acknowledged. The work of M.V.B was funded by the Canadian Institutes of Health Research grant OV1-170353. SAXS measurements and PIEDA analyses were funded by the Russian Science Foundation (project No 21-73-20240 for A.S.K.) . - ISSN 0947-6539. - ISSN 1521-3765

РУБ Chemistry, Multidisciplinary
Рубрики:
BIOLOGICAL MACROMOLECULES
   SOLUTION SCATTERING
   BINDING
   SPIKE
Кл.слова (ненормированные):
aptamers -- fragment molecular orbitals method -- molecular dynamics -- SARS-CoV-2 -- SAXS
Аннотация: Aptamer selection against novel infections is a complicated and time-consuming approach. Synergy can be achieved by using computational methods together with experimental procedures. This study aims to develop a reliable methodology for a rational aptamer in silico et vitro design. The new approach combines multiple steps: (1) Molecular design, based on screening in a DNA aptamer library and directed mutagenesis to fit the protein tertiary structure; (2) 3D molecular modeling of the target; (3) Molecular docking of an aptamer with the protein; (4) Molecular dynamics (MD) simulations of the complexes; (5) Quantum-mechanical (QM) evaluation of the interactions between aptamer and target with further analysis; (6) Experimental verification at each cycle for structure and binding affinity by using small-angle X-ray scattering, cytometry, and fluorescence polarization. By using a new iterative design procedure, structure- and interaction-based drug design (SIBDD), a highly specific aptamer to the receptor-binding domain of the SARS-CoV-2 spike protein, was developed and validated. The SIBDD approach enhances speed of the high-affinity aptamers development from scratch, using a target protein structure. The method could be used to improve existing aptamers for stronger binding. This approach brings to an advanced level the development of novel affinity probes, functional nucleic acids. It offers a blueprint for the straightforward design of targeting molecules for new pathogen agents and emerging variants.

Смотреть статью,
Scopus,
WOS
Держатели документа:
Lomonosov Moscow State Univ, Dept Chem, Moscow 119991, Russia.
Kyungpook Natl Univ, Dept Chem, Daegu 702701, South Korea.
Fed Res Ctr KSC SB RAS, Lab Digital Controlled Drugs & Theranost, Krasnoyarsk 660036, Russia.
Natl Tsing Hua Univ, Dept Chem Engn, Hsinchu 30013, Taiwan.
Siberian Fed Univ, Sch Nonferrous Met & Mat Sci, Krasnoyarsk 660041, Russia.
IRCCS Neuromed Ist Neurol Mediterraneo Pozzilli, Via Atinense 18, I-86077 Pozzilli, Italy.
Krasnoyarsk State Med Univ, Lab Biomol & Med Technol, Krasnoyarsk 660022, Russia.
Univ Jyvaskyla, Nanosci Ctr, Jyvaskyla 40014, Finland.
Univ Jyvaskyla, Dept Chem, Jyvaskyla 40014, Finland.
Univ Naples Federico II, Dept Pharm, I-80138 Naples, Italy.
Univ Naples Federico II, Dept Mol Med & Med Biotechnol, I-80131 Naples, Italy.
Kirensky Inst Phys, Lab Phys Magnet Phenomena, Krasnoyarsk 660012, Russia.
Siberian Fed Univ, Sch Fundamental Biol & Biotechnol, Krasnoyarsk 660041, Russia.
Xiamen Univ, Coll Chem & Chem Engn, Dept Chem Biol, Xiamen 361005, Peoples R China.
State Res Ctr Virol & Biotechnol Vector, Koltsov 630559, Russia.
NRC Kurchatov Inst, Moscow 117259, Russia.
Russian Acad Sci, Siberian Branch, Inst Chem Biol & Fundamental Med, Novosibirsk 630090, Russia.
Russian Acad Sci, Res Ctr Biotechnol, AN Bach Inst Biochem, Lab Immunobiochem, Moscow 119071, Russia.
Tomsk State Univ, Lab Adv Mat & Technol, Tomsk 634050, Russia.
Altai State Univ, Barnaul 656049, Russia.
Fed Res Ctr KSC SB RAS, Dept Mol Elect, Krasnoyarsk 660036, Russia.
Krasnoyarsk State Med Univ, Dept Infect Dis & Epidemiol, Krasnoyarsk 660022, Russia.
Natl Pingtung Univ, Dept Appl Chem, Pingtung 900391, Taiwan.
Natl Synchrotron Radiat Res Ctr, Hsinchu Sci Pk, Hsinchu 30076, Taiwan.
Res Natl Council CNR, Inst Genet & Biomed Res IRGB, I-09042 Milan, Italy.
Shanghai Jiao Tong Univ, Sch Med, Renji Hosp, Inst Mol Med, Shanghai 200127, Peoples R China.
Natl Inst Adv Ind Sci & Technol, Res Ctr Computat Design Adv Funct Mat, Tsukuba, Ibaraki 3058560, Japan.
Hunan Univ, Coll Chem & Chem Engn, Changsha 410082, Hunan, Peoples R China.
Argonne Natl Lab, Computat Sci Div, Lemont, IL 60439 USA.
Dept Chem & Biomol Sci, Ottawa, ON K1N 6N5, Canada.

Доп.точки доступа:
Mironov, Vladimir; Shchugoreva, I. A.; Artyushenko, P. V.; Артюшенко, Полина Владимировна; Morozov, D. I.; Морозов, Дмитрий И.; Borbone, N.; Oliviero, G.; Zamay, T. N.; Замай, Т. Н.; Moryachkov, R. V.; Морячков, Роман Владимирович; Kolovskaya, .; Коловская О. С.; Lukyanenko, K. A.; Лукьяненко Кирилл А.; Song, Y. L.; Merkuleva, I. A.; Zabluda, V. N.; Заблуда, Владимир Николаевич; Peters, G.; Koroleva, L. S.; Veprintsev, D. V.; Glazyrin, Y. E.; Volosnikova, E. A.; Belenkaya, S. V.; Esina, T. I.; Isaeva, A. A.; Nesmeyanova, .; Shanshin, D. V.; Berlina, A. N.; Komova, N. S.; Svetlichnyi, V. A.; Silnikov, V. N.; Shcherbakov, D. N.; Zamay, G. S.; Замай, Галина Сергеевна; Zamay, S. S.; Замай, С. С.; Smolyarova, T. E.; Смолярова, Татьяна Евгеньевна; Tikhonova, E. P.; Chen, U. S.; Jeng, G.; Condorelli, V.; Franciscis, G.; Groenhof, C. Y.; Yang, A. A.; Moskovsky, D. G.; Fedorov, F. N.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Tan, Y.; Alexeev, M. V.; Berezovski, A. S.; Kichkailo, A.S.; Aptamerlab LCC; U.S. Department of Energy, Office of ScienceUnited States Department of Energy (DOE) [DE-AC02-06CH11357]; European UnionEuropean Commission [H2020-INFRAEDI-02-2018-823830, H2020-EINFRA-2015-1-675728, 872391, PRISAR2 872860]; CSC-IT center in Espoo, Finland; PRACE; Russian Foundation for Basic ResearchRussian Foundation for Basic Research (RFBR) [19-03-00043]; Ministry of Science and Higher Education of Russian Federation (state assignment of the Research Center of Biotechnology RAS); Italian Ministry of Education and ResearchMinistry of Education, Universities and Research (MIUR) [FISR2020 _00177]; Canadian Institutes of Health ResearchCanadian Institutes of Health Research (CIHR) [OV1-170353]; Russian Science FoundationRussian Science Foundation (RSF) [21-73-20240]
}
Найти похожие

Theoretical prediction of the structure and electronic properties M2AX phase (M=Fe, Cr, Mn; A=Al, Si; X=C) / F. N. Tomilin, V. V. Kozak, D. A. Ivanova [et al.] // International conference "Functional materials" : book of abstracts / ed. V. N. Berzhansky ; org. com. S. G. Ovchinnikov [et al.]. - Simferopol, 2021. - P. 91. - Библиогр.: 4 назв. - This study was supported by the Government of the Russian Federation, the Mega-grant for the Creation of Competitive World-Class Laboratories, agreement no. 075-15-2019-1886

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ

Доп.точки доступа:
Berzhansky, V. N. \ed.\; Бержанский, Владимир Наумович; Ovchinnikov, S. G. \org. com.\; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Kozak, V.V.; Ivanova, D. A.; Fedorova, N. A.; Shubin, A. A.; Ovchinnikov, S. G.; "Functional materials", International conference(2021 ; Oct. 4-8 ; Alushta, Russia); Крымский федеральный университет имени В.И. Вернадского
}
Найти похожие

The effect of iron substitution on the structure and electronic properties of Cr2SiC by theoretical method / J. Olshevskaya, A. Shubin, A. Kovaleva, F. N. Tomilin // International workshop on the properties of functional MAX-materials (2nd FunMax) : book of abstracts / org. com. M. Farle [et al.]. - 2021. - P. 42

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ

Доп.точки доступа:
Farle, M. \org. com.\; Ovchinnikov, S. G. \org. com.\; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Tarasov, A. S. \org. com.\; Тарасов, Антон Сергеевич; Smolyarova, T. E. \org. com.\; Смолярова, Татьяна Евгеньевна; Olshevskaya, J.; Shubin, A.; Kovaleva, A.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; International workshop on functional MAX-materials(2 ; 2021 ; Sept. 14-17 ; Krasnoyarsk (on-line)); Kirensky Institute of Physics; Siberian Federal Univercity
}
Найти похожие

Structural and electronic properties of the MAX-phase Mn2AlC finding by the hybrid functional B3LYP / V. Kozak, D. Ivanova, N. Fedorova [et al.] // International workshop on the properties of functional MAX-materials (2nd FunMax) : book of abstracts / org. com. M. Farle [et al.]. - 2021. - P. 38

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ

Доп.точки доступа:
Farle, M. \org. com.\; Ovchinnikov, S. G. \org. com.\; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Tarasov, A. S. \org. com.\; Тарасов, Антон Сергеевич; Smolyarova, T. E. \org. com.\; Смолярова, Татьяна Евгеньевна; Kozak, V.; Ivanova, D.; Fedorova, N.; Shubin, A.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; International workshop on functional MAX-materials(2 ; 2021 ; Sept. 14-17 ; Krasnoyarsk (on-line)); Kirensky Institute of Physics; Siberian Federal Univercity
}
Найти похожие

Structural and electronic properties of the heterostructures based on Me2AlC-phase predicted by quantum chemistry calculations / F. N. Tomilin, V. Kozak, D. Ivanova [et al.] // International workshop on the properties of functional MAX-materials (2nd FunMax) : book of abstracts / org. com. M. Farle [et al.]. - 2021. - P. 49

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ

Доп.точки доступа:
Farle, M. \org. com.\; Ovchinnikov, S. G. \org. com.\; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Tarasov, A. S. \org. com.\; Тарасов, Антон Сергеевич; Smolyarova, T. E. \org. com.\; Смолярова, Татьяна Евгеньевна; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Kozak, V.; Ivanova, D.; Fedorova, N.; Shubin, A.; International workshop on functional MAX-materials(2 ; 2021 ; Sept. 14-17 ; Krasnoyarsk (on-line)); Kirensky Institute of Physics; Siberian Federal Univercity
}
Найти похожие

Choice of the DFT functional for calculation electronic properties of (CrFe)SiC MAX phases / A. Shubin, J. Olshevskaya, A. Kovaleva, F. N. Tomilin // International workshop on the properties of functional MAX-materials (2nd FunMax) : book of abstracts / org. com. M. Farle [et al.]. - 2021. - P. 47

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ

Доп.точки доступа:
Farle, M. \org. com.\; Ovchinnikov, S. G. \org. com.\; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Tarasov, A. S. \org. com.\; Тарасов, Антон Сергеевич; Smolyarova, T. E. \org. com.\; Смолярова, Татьяна Евгеньевна; Shubin, A.; Olshevskaya, J.; Kovaleva, A.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; International workshop on functional MAX-materials(2 ; 2021 ; Sept. 14-17 ; Krasnoyarsk (on-line)); Kirensky Institute of Physics; Siberian Federal Univercity
}
Найти похожие

A quantum chemical study of the formation of 2-hydroperoxy-coelenterazine in the Ca2+-regulated photoprotein obelin / L. Y. Antipina [et al.] // Journal of Structural Chemistry. - 2011. - Т. 52, № 5. - P870-875 . - ISSN 0022-4766. - ISSN 1573-8779

РИНЦ
Держатели документа:
Institute of Biophysics,Siberian Division,Russian Academy of Sciences
L. V. Kirensky Institute of Physics,Siberian Division,Russian Academy of Sciences
M. F. Reshetnev Siberian State Aerospace University

Доп.точки доступа:
Antipina, L.Y.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Ovchinnikov, S.G.; Vysotskii, E.S.
}
Найти похожие

10.

Quantum chemical study of mechanism of active photoprotein generation / F. N. Tomilin [et al.] // Luminescence. - 2010. - Vol. 25, Is. 2. - P. 210-211. - Cited Reference Count: 4 . - ISBN 1522-7235
Рубрики:

WOS
Держатели документа:
Russian Acad Sci, Inst Biophys, Siberian Branch, Krasnoyarsk 660036, Russia
Siberian Fed Univ, Krasnoyarsk 660036, Russia
Russian Acad Sci, Inst Phys, Siberian Branch, Krasnoyarsk 660036, Russia

Доп.точки доступа:
Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Antipina, L Yu.; Антипина, Любовь Юрьевна; Eremeeva, E. V.; Еремеева, Елена Владимировна; Ovchinnikov, S. G.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Vysotski, E. S.; Высоцкий, Евгений Степанович
}
Найти похожие

11.

Моделирование образования активного фотопротеина обелина квантово-химическими методами / Ф. Н. Томилин, Л. Ю. Антипина, Е. С. Высоцкий, С. Г. Овчинников // VI Съезд Российского фотобиологического общества : материалы съезда. - Москва : ИФПБ РАН, 2011. - С. 194 . - ISBN 978-5-9562-0081-0

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Институт физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Доп.точки доступа:
Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Антипина, Любовь Юрьевна; Antipina, L. Yu.; Высоцкий, Евгений Степанович; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Ovchinnikov, S. G.; Съезд Российского фотобиологического общества(6 ; 2011 ; сент. ; 5-22 ; пос. Шепси, Краснодарский край); Российское фотобиологическое общество; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова; Российская академия наук; Российский фонд фундаментальных исследований
}
Найти похожие

12.

Structure and properties of exotic nano- and mesodiamonds with pentagonal symmetry / F. N. Tomilin, V. A. Pomogaev, Y. A. Melchakova [et al.] // Russ. Phys. J. - 2022. - Vol. 64, Is. 11. - P. 2046-2051, DOI 10.1007/s11182-022-02553-0. - Cited References: 16. - These results were obtained within the framework of the State Assignment of the Russian Ministry of Education and Science (No. 0721-2020-0033) . - ISSN 1064-8887
Кл.слова (ненормированные):
dodecahedral symmetry -- icosahedral symmetry -- twinned diamonds -- mesoparticles
Аннотация: A comprehensive critical survey of structures of exotic nano-, meso- and microdiamonds with dodecahedral and icosahedral symmetry (N/MDPS) is presented. Due to their high dodecahedral or icosahedral symmetry, the unique complex atomic and electronic structure of N/MDPS leads to transport and mechanical properties very promising for photonic, quantum, and nanomechanical applications. To explain the nature of diamonds, theoretical models have been proposed based on the formation of twinned structures consisting of either 5 or 20 symmetrically equivalent tetrahedral and prismatic fragments of the face-centered cubic lattice with the formation of star-shaped or icosahedral clusters, respectively. It has been shown that these twinned nano- and mesodiamonds have limited dimensions due to accumulation of uncompensated structural stresses arising from the deviation of the angles between diamond <111> facets from perfect 72° in tetrahedral fragments of the face-centered cubic lattice to 70.5° between five symmetrically equivalent twinned fragments.

Смотреть статью,
Scopus

Публикация на русском языке Структура и свойства экзотических нано- и мезоалмазов пентагональной симметрии [Текст] / Ф. Н. Томилин, В. А. Помогаев, Ю. А. Мельчакова [и др.] // Изв. вузов. Физика. - 2021. - Т. 64 № 11. - С. 55-60

Держатели документа:
L. V. Kirensky Institute of Physics of the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Krasnoyarsk, Russian Federation
Siberian Federal University, Krasnoyarsk, Russian Federation
National Research Tomsk State University, Tomsk, Russian Federation
Kyungpook National University, Daegu, South Korea
Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russian Federation
Institute of Solid State Chemistry and Mechanochemistry of the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russian Federation
Federal Research Center Boreskov Institute of Catalysis of the Siberian Branch of the Russian Academy of Siences, Novosibirsk, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Pomogaev, V. A.; Melchakova, Y. A.; Artyushenko, P. V.; Shubin, A. A.; Volodin, A. M.; Zilberberg, I. L.; Avramov, P. V.
}
Найти похожие

13.

Влияние электронных корреляций на структуру субстратов фотопротеинов / С. Г. Овчинников [и др.] // Письма в Журнал экспериментальной и теоретической физики. - 2010. - Т. 91, № 9. - С. 536-540 . - ISSN 0370-274X
Рубрики:

Аннотация: Электронная структура и полная энергия различных изомерных форм целентеразина и целентерамида рассчитаны методами квантовой химии как в одноэлектронном приближении, так и с учетом корреляционных эффектов. Показано, что учет электронных корреляций позволяет получить структуру целентерамида, наиболее близкую к экспериментальной, а также выбрать структуру целентеразина CLZ(1H) как наиболее вероятную из возможных изомерных форм.

РИНЦ
Держатели документа:
Институт физики им. Л.B. Киренского СО РАН
Сибирский федеральный университет

Доп.точки доступа:
Овчинников, Сергей Геннадьевич; Ovchinnikov, S. G.; Антипина, Любовь Юрьевна; Antipina, L. Yu.; Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Кузубов, Александр Александрович
}
Найти похожие

14.

538.915
Т 33


    Теоретическое исследование влияния деформации на электронную структуру монослоя гексагонального нитрида бора / М . В. Сержантова, А. А. Кузубов, А. С. Федоров [и др.] // Вестник Сибирского государственного аэрокосмического университета им. академика М.Ф. Решетнева. - 2011. - № 3. - С. 150-155 . - ISSN 1816-9724
   Перевод заглавия: Theoretical study of the influence of deformation on the electronic structure of a hexagonal boron nitride monolayer

ГРНТИ	29.19
УДК	538.915

Рубрики:

Кл.слова (ненормированные):
адатомы -- adatoms -- hexagonal boron nitride monolayer (h-bn) -- density functional theory (dft) -- electronic structure -- vacancies -- монослой гексагонального нитрида бора (h-bn) -- теория функционала плотности (dft) -- электронная структура -- вакансии
Аннотация: Работа посвящена исследованию влияния деформации на электронную структуру и свойства монослоя гексагонального нитрида бора, а также изучению поведения адатомов бора и азота на поверхности монослоя.
Work is devoted research of influence of deformation on electronic structure and properties of a monolayer hexagonal boron nitride, and also to behavior studying adatoms of boron and nitrogen on a monolayer surface.

РИНЦ
Держатели документа:
Институт физики имени Л. В. Киренского Сибирского отделения Российской академии наук
Институт цветных металлов и материаловедения Сибирского федерального университета
Сибирский государственный технологический университет

Доп.точки доступа:
Сержантова, Мария Викторовна; Serzhantova M.V.; Кузубов, Александр Александрович; Kuzubov, A. A.; Федоров, Александр Семенович; Fedorov, A. S.; Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Краснов, Павел Олегович; Krasnov P. O.
}
Найти похожие

15.

577.332
К 32


    Квантово-химическое исследование образования 2-гидроперокси-целентеразина в Са2+-регулируемом фотопротеине обелине [Текст] / Л. Ю. Антипина [и др.] // Журнал структурной химии. - 2011. - Т. 52, № 5. - С. 900-905 . - ISSN 0136-7463
   Перевод заглавия: A Quantum chemical study of the formation of 2-hydroperoxy-coelenterazine in the Са2+-regulated photoprotein obelin

ГРНТИ	31
УДК	577.332

Кл.слова (ненормированные):
целентеразин -- 2-гидроперокси-целентеразин -- obelia longissima -- renilla muelleri -- coelenterazine -- 2-hydroperoxy-coelenterazine
Аннотация: Са2+-регулируемый фотопротеин обелин определяет свечение морского гидроида Obelia longissima. Биолюминесценция инициируется кальцием и возникает вследствие окислительного декарбоксилирования связанного с белком субстрата целентеразина. Люцифераза светящегося морского коралла Renilla muelleri (RM) также использует целентеразин в качестве субстрата. Однако в биолюминесценцию этих животных in vivo вовлечено три белка: люцифераза, зеленый флуоресцентный белок и Са2+-регулируемый целентеразин-связывающий белок (coelenterazine-binding protein (СВР)). Фактически, ?субстратом? люциферазы RM в биолюминесцентной реакции in vivo является CBP, содержащий одну молекулу прочно связанного целентеразина. Целентеразин становится доступным для реакции с люциферазой и кислорода только после связывания с CBP ионов кальция. В отличие от Са2+-регулируемых фотопротеинов в молекуле CBP не происходит активации кислородом молекулы целентеразина. В работе с помощью квантово-химических методов исследовано поведение субстратов в данных белках. Показано, что целентеразин может образовывать различные таутомерные формы - CLZ(2H) и CLZ(7H). Исследован механизм образования 2-гидроперокси-целентеразина. Согласно полученным данным эти белки используют для реакции различные формы субстратов: в обелине субстрат находится в форме CLZ(2H), из которой и происходит образование гидроперекиси. В RM целентеразин находится в форме CLZ(7H), и поэтому активации кислородом в CBP не происходит.
The Са2+-regulated photoprotein obelin determines the luminescence of the marine hydroid Obelia longissima. Bioluminescence is initiated by calcium and appears as a result of the oxidative decarboxylation related to the coelenterazine substrate. The luciferase of the luminescent marine coral Renilla muelleri (RM) also uses coelenterazine as a substrate. However, three proteins are involved in the in vivo bioluminescence of these animals: luciferase, green fluorescent protein, and Са2+-regulated coelenterazine-binding protein (СВР). In fact, CBP that contains one strongly bound coelenterazine molecule is the RM luciferase substrate in the in vivo bioluminescent reaction. Coelenterazine becomes available for oxygen and the reaction with luciferase only after binding CBP with calcium ions. Unlike Са2+-regulated photoproteins, the coelenterazine molecule is not activated by oxygen in the CBP molecule. In this work, by means of quantum chemical methods the behavior of substrates in these proteins is analyzed. It is shown that coelenterazine can form different tautomers: CLZ(2H) and CLZ(7H). The formation of 2-hydroperoxy-coelenterazine is studied. According to the obtained data, these proteins use different forms of the substrates for the reaction. In obelin, the substrate is in the CLZ(2H) form that affords hydrogen peroxide. In RM, coelenterazine is in the CLZ(7H) form, and therefore, CBP is not activated by oxygen.

РИНЦ
Держатели документа:
Сибирский аэрокосмический университет
Учреждение Российской академии наук Институт биофизики СО РАН
Учреждение Российской академии наук Институт физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Доп.точки доступа:
Антипина, Любовь Юрьевна; Antipina L. Yu.; Томилин, Феликс Николаевич; Tomilin, F. N.; Высоцкий, Евгений Степанович; Vysotskii E.S.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Ovchinnikov S.G.
}
Найти похожие

16.

Quantum chemical modeling in the molecular ecology / S. G. Ovchinnikov, F. Tomilin // 7th European Conference on Ecological Modeling - ECEM. - 2011. - P124

Держатели документа:
Siberian Federal University, Krasnoyarsk 660041
Институт физики им. Л.В. Киренского СО РАН

Доп.точки доступа:
Ovchinnikov, S. G.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; European Conference on Ecological Modeling(7 ; 2011, 30 May - 2 June 2011 ; Riva del Garda (Trento, Italy))
}
Найти похожие

17.

Quantum chemical study of the spectral characteristics of fluorescein dyes bound to chitosan / A. V. Rogova, M. A. Gerasimova, F. N. Tomilin, E. A. Slyusareva // Proc. SPIE : SPIE, 2021. - Vol. 12086: 15th International Conference on Pulsed Lasers and Laser Applications (12 - 17 September 2021, Tomsk, Russia) Conference code: 176103. - Ст. 120861V, DOI 10.1117/12.2613980. - Cited References: 17. - This study was supported by the Russian Foundation for Basic Research, project no. 19-02-00450-а and by the Ministry of Science and High Education of Russian Federation, project no. FSRZ-2020-0008
Кл.слова (ненормированные):
chitosan -- density functional theory -- eosin Y -- erythrosin B -- fluorescein -- polarizable continuum model -- time-dependent procedure
Аннотация: Recently, there has been an increased interest in natural polysaccharides, in particular, chitosan, which are widely used in medicine and industry. Chitosan labeled with fluorescein dyes acquires additional optical properties that can be used in sensing and delivery systems. Mechanism of binding of a polymer to a label largely determines the field of its possible applications. The quantum chemical calculation using the B3LYP/aug-cc-pVDZ theory level has been made in order to contribute to the understanding of intermolecular interactions. The geometry of fluorescein, eosin Y, and erythrosin B in the dianionic, monoanionic, and neutral quinoid forms interacting with chitosan has been optimized and the absorption spectra have been calculated using the time-dependent density functional theory taking into account the solvent. The comparison of the calculated absorption spectra with the experimental data has shown a major role of the electrostatic mechanism in binding of anionic dyes to the protonated chitosan groups.

Смотреть статью,
Scopus
Держатели документа:
Siberian Federal University, Svobodny 79, Krasnoyarsk, 660041, Russian Federation
Kirensky Institute of Physics, KSC SB RAS, Akademgorodok 50/38, Krasnoyarsk, 660036, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Rogova, A. V.; Gerasimova, M. A.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Slyusareva, E. A.; International Conference on Pulsed Lasers and Laser Applications(15 ; 2021 ; Sept. ; Tomsk, Russia)
}
Найти похожие

18.

Atomic and electronic structure of MAX-phase Cr2AlC studied by DFT calculations / D. Ivanova, N. Fedorova, V. Kozak [et al.] // International workshop on the properties of functional MAX-materials (2nd FunMax) : book of abstracts / org. com. M. Farle [et al.]. - 2021. - P. 37

Материалы конференции,
Читать в сети ИФ

Доп.точки доступа:
Farle, M. \org. com.\; Ovchinnikov, S. G. \org. com.\; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Tarasov, A. S. \org. com.\; Тарасов, Антон Сергеевич; Smolyarova, T. E. \org. com.\; Смолярова, Татьяна Евгеньевна; Ivanova, D.; Fedorova, N.; Kozak, V.; Shubin, A.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; International workshop on functional MAX-materials(2 ; 2021 ; Sept. 14-17 ; Krasnoyarsk (on-line)); Kirensky Institute of Physics; Siberian Federal Univercity
}
Найти похожие

19.

    Potential energy surfaces of adsorption and migration of transition metal atoms on nanoporus materials: The case of nanoporus bigraphene and G-C3N4 / I. Melchakova, K. M. Nikolaeva, E. A. Kovaleva [et al.] // Appl. Surf. Sci. - 2021. - Vol. 540. - Ст. 148223, DOI 10.1016/j.apsusc.2020.148223. - Cited References: 39. - The authors would like to thank Joint Supercomputer Center of RAS, Moscow; Center of Equipment for Joint Use of Siberian Federal University, Krasnoyarsk; and Information Technology Centre, Novosibirsk State University for providing the access to their supercomputers. Publication was supported by Project FSWM-2020-0033 of Russian Ministry of Science and Education . - ISSN 0169-4332
   Перевод заглавия: Поверхностная потенциальная энергия адсорбции и миграции атомов переходных металлов на нанопористых материалах: случай нанопористого биграфена и G-C3N4
Кл.слова (ненормированные):
Bigraphene -- g-C3N4 -- Transition metal -- Adsorption -- Migration
Аннотация: First-row transition metal (TM) atoms adsorption and migration on nanoporus 2D materials like bigraphene with double vacancies and g-C3N4 as the active sites for TM nanocluster's growth was studied within the framework of density functional theory. Both thermodynamic and kinetic aspects of composite synthesis were discussed. It was found that potential barriers of adatom's migration from bigraphene's outer surface to the interlayer space through the double vacancy are rather low values. High potential barriers of TM migration along the carbon plane prevents TM clusterization due to enhanced chemical activity of double vacancies which gives a possibility to capture the surface adatoms. As was shown for the monolayer graphene, the decrease of vacancies concentration reduces the barrier of adatom migration along the surface while the second graphene sheet in bigraphene stabilizes the structure. The behavior of TM-atom regarding g-CN2 and g-CN1 nanosheets was investigated. Potential energy surfaces were obtained and discussed. The migration barriers were found surmountable that means high probability of migration of TM adatoms to global minima and formation of TM vacancies. Comparison of barriers values with Boltzmann factor demonstrated that just standalone temperature fluctuations cannot initiate structural transitions. The properties of designed structures can be of interest of catalysts and biosensors for biomedical applications.

Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Kyungpook National University, 80 Daehakro, Bukgu, Daegu, 41566, South Korea
Siberian Federal University, 79 Svobodny Pr., Krasnoyarsk, 660041, Russian Federation
Tomsk State University, 36 Lenin Ave., Tomsk, 634050, Russian Federation
Kirensky Institute of Physics, FRC KSC SB RAS, 50 Akademgorodok, Krasnoyarsk, 660036, Russian Federation

Доп.точки доступа:
Melchakova, I.; Nikolaeva, K. M.; Kovaleva, E. A.; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Ovchinnikov, S. G.; Овчинников, Сергей Геннадьевич; Tchaikovskaya, O. N.; Avramov, P. V.; Kuzubov, A. A.
}
Найти похожие

20.

Thermoelectric and Plasmonic Properties of Metal Nanoparticles Linked by Conductive Molecular Bridges / A. S. Fedorov, P. O. Krasnov, M. A. Visotin [et al.] // Phys. Status Solidi B. - 2020. - Vol. 257, Is. 12. - Ст. 2000249, DOI 10.1002/pssb.202000249. - Cited References: 53. - This study was supported by the Russian Science Foundation, project no. 16-13-00060 (thermoelectric properties), and by the Ministry of Science and High Education of the Russian Federation, project no. FSRZ-2020-0008 (plasmonic properties) . - ISSN 0370-1972. - ISSN 1521-3951

РУБ Physics, Condensed Matter
Рубрики:
POLYMERS
ARRAYS
RANGE
Кл.слова (ненормированные):
charge transfer plasmons -- density functional theory -- nanoparticles -- thermoelectric properties
Аннотация: Thermoelectric and plasmonic properties of systems comprising small golden nanoparticles (NPs) linked by narrow conductive polymer bridges are studied using the original hybrid quantum-classical model. The bridges are considered here to be either conjugated polyacetylene, polypyrrole, or polythiophene chain molecules terminated by thiol groups. The parameters required for the model are obtained using density functional theory and density functional tight-binding simulations. Charge-transfer plasmons in the considered dumbbell structures are found to possess frequency in the infrared region for all considered molecular linkers. The appearance of plasmon vibrations and the existence of charge flow through the conductive molecule, with manifestation of quantum properties, are confirmed using frequency-dependent polarizability calculations implemented in the coupled perturbed Kohn-Sham method. To study the thermoelectric properties of the 1D periodical systems, a universal equation for the Seebeck coefficient is derived. The phonon part of the thermal conductivity for the periodical -NP-S-C8H8- system is calculated by the classical molecular dynamics. The thermoelectric figure of meritZTis calculated by considering the electrical quantum conductivity of the systems in the ballistic regime. It is shown that forAu309nanoparticles connected by polyacetylene, polypyrrole, or polythiophene chains atT = 300 K, the ZTvalue is {0.08;0.45;0.40}, respectively.

Смотреть статью,
Scopus,
WOS,
Читать в сети ИФ
Держатели документа:
Siberian Fed Univ, Krasnoyarsk 660041, Russia.
RAS, Kirensky Inst Phys, KSC, SB, Krasnoyarsk 660036, Russia.
Tomsk State Univ, Tomsk 634050, Russia.

Доп.точки доступа:
Fedorov, A. S.; Федоров, Александр Семенович; Krasnov, Pavel O.; Visotin, M. A.; Высотин, Максим Александрович; Tomilin, F. N.; Томилин, Феликс Николаевич; Polyutov, Sergey P.; Russian Science FoundationRussian Science Foundation (RSF) [16-13-00060]; Ministry of Science and High Education of the Russian Federation; FSRZ-2020-0008 (plasmonic properties)
}
Найти похожие